INFORME PRACTICA SIMULACION DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA-SOSA PINO

1. 1 “AÑO DE LA UNIDAD, LA PAZ Y EL DESARROLLO” UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL INFORME: PRÁCTICA DIRIGIDA: TÉCNICAS MOLECULARES - ELECTROFORESIS DE ADN SIMULADO EN GEL DE AGAROSA CON EL PROGRAMA SNAPGENE. CURSO: BIOTECNOLOGIA DOCENTE: BLGO. SOTO GONZALES HEBERT HERNAN ESTUDIANTE: SOSA PINO, FLAVIA ANDREINA ILO, 05 DE JUNIO DEL 2023

2. 2 INDICE 1. INTRODUCCIÓN.....................................................................................................................3 2. OBJETIVOS...............................................................................................................................3 2.1. Objetivo general..................................................................................................................3 2.2. Objectivo específico............................................................................................................3 3. MARCO TEÓRICO..................................................................................................................3 3.1. Electroforesis....................................................................................................................3 3.2. Gel de Agarosa.................................................................................................................3 3.3. SnapGene.........................................................................................................................3 3.4. Nucleotido.........................................................................................................................3 3.5. Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI)............................................4 4. MATERIALES...........................................................................................................................4 5. MÉTODOLOGIA......................................................................................................................4 5.1. Procedimiento.....................................................................................................................5 6. RESULTADOS........................................................................................................................ 10 7. CONCLUSIONES....................................................................................................................11 8. RECOMENDACIONES..........................................................................................................11 9. BIBLIOGRAFÍA......................................................................................................................11 10. ANEXOS.................................................................................................................................12

3. 3 1. INTRODUCCIÓN. En el presente informe se explica cómo fue el paso a paso para el desarrollo de la práctica dirigida por el Blgo. Hebert Soto Gonzales en el Curso de Biotecnología, de igual manera se presentan algunos conceptos básicos ya sea de los instrumentos o páginas utilizadas y de los temas que se tocaron teóricamente en la práctica. Todas las moléculas de ADN tienen la misma cantidad de carga por masa. Debido a esto, la electroforesis en gel separa los fragmentos de ADN únicamente por su tamaño.La electroforesis nos permite ver cuántos fragmentos diferentes de ADN están presentes en una muestra y cuán grandes son unos con respecto a otros. El análisis de electroforesis se utiliza en medicina forense para comparar el ADN, en laboratorios médicos para realizar pruebas genéticas y en laboratorios de microbiología para identificar microorganismos . Además de analizar proteínas o ADN, la electroforesis también se usa para crear muestras purificadas de proteínas. La electroforesis es un proceso que permite la separación de las moléculas cargadas en función de su carga y tamaño sobre un gel con la ayuda de un gel de poliacrilamida o una malla de gel de agarosa de Liem. Esto es muy útil para nosotros ya que nos ayuda a determinar las propiedades de las moléculas que se están separando. Considere, por ejemplo, que la separación de las hebras de ADN permite la medición de sus tamaños. También ayuda en la visualización de la presencia de una molécula específica de interés

4. 4 2. OBJETIVOS. 2.1. Objetivo general. Realizar un Electroforesis de ADN en gel de agarosa de datos seleccionados sobre bacterias de un artículo, para trasladarlos al programa bioinformático SNAPGENE. 2.2. Objectivo específico. ● Elaborar de manera satisfactoria un Electroforesis de ADN en gel de agarosa. ● Aprender a manejar y reconocer las funciones de este programa bioinformático SNAPGENE. ● Lograr el objetivo de la práctica dirigida por el docente en la clase de Biotecnología - 2023. 3. MARCO TEÓRICO. 3.1. Electroforesis. La electroforesis es una técnica de laboratorio utilizada para separar moléculas de ADN, ARN o proteínas en función de su tamaño y carga eléctrica. Se utiliza una corriente eléctrica para mover las moléculas a través de un gel u otra matriz. Los poros en el gel o la matriz funcionan como un tamiz, lo que permite que las moléculas más pequeñas se muevan más rápido que las moléculas más grandes. Para determinar el tamaño de las moléculas en una muestra, se separan estándares de tamaños conocidos en el mismo gel y luego se comparan con la muestra. 3.2. Gel de Agarosa. La electroforesis en gel de agarosa ha demostrado ser una forma eficaz y eficiente de separar ácidos nucleicos . La alta fuerza de gel de la agarosa permite el manejo de geles

5. 5 de bajo porcentaje para la separación de grandes fragmentos de ADN.Las ventajas son que el gel se vierte fácilmente y no desnaturaliza las muestras . Las muestras también se pueden recuperar. 3.3. SnapGene. SnapGene proporciona la forma más fácil y segura de planificar, visualizar y documentar sus procedimientos cotidianos de biología molecular. Ventanas elegantes y ricas en información para simular métodos comunes de clonación y PCR. Los esquemas visuales claros le permiten ver exactamente cómo se armará su construcción. SnapGene lo ayuda a identificar y evitar errores comunes al realizar un seguimiento de detalles como la metilación y la fosforilación del ADN. 3.4. Nucleotido. Elemento fundamental de los ácidos nucleicos (las moléculas del interior de las células que transmiten información genética). Los nucleótidos están unidos por sus extremos para formar los ácidos nucleicos ADN y ARN. También se llama mononucleótido. 3.5. Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI) El sitio del NCBI, conformado por un amplio y diverso banco de bases de datos, herramientas y otros medios, posibilita la exploración integral de sus recursos mediante un sistema de recuperación (un gran motor de búsqueda) de interfaz única denominado Entrez, es posible acceder, tanto a las principales bases de datos de secuencias de proteínas y ADN disponibles como Nucleotide, dbSNP, Proteins, PubChem Substance, Gene, entre otras como a una gran parte de la mejor literatura biomédica mundial procesada por bases como PubMed-Medline. El NCBI agrupa sus bases de datos

6. 6 esenciales en tres grandes sectores: Literature Databases, Molecular Databases y Genomes. 4. MATERIALES. DATOS DEL ARTÍCULO NCBI LAPTOP SNAPGENE

7. 7 5. MÉTODOLOGIA. 5.1. Procedimiento. ● Como primer paso debemos copiar los códigos de accesión de agua contaminada y suelo contaminado del artículo otorgado por el docente. ● Después entramos a la página del NCBI para colocar los códigos del articulo y teniendo que cambiar la opción y buscar “Gene” al ser primera vez luego nos saldrá “Nucleotide”.

8. 8 ● Nos dará el resultado y verificamos si es el código deseado, le damos click para entrar. Luego para guardar nuestras secuencias le damos en “Send to” la opción file y siempre en formato FASTA. Como podemos observar en la imagen. ● Debemos crear una carpeta para poder guardar todas nuestras secuencias realizadas.

9. 9 ● Entramos al programa “SnapGene” y damos click en la primera opción para abrir todas las secuencias ● Aquí podremos observar nuestros mapas genéticos lineales. ● De igual manera se puede observar todas las Secuencias.

10. 10 ● Se vuelve a guardar cada secuencia pero ahora en formato SnapGene DNA para que pueda ser añadido a la simulación de gel de agarosa. ● Después agregamos en Choose DNA Sequences las 13 secuencias guardadas en el tipo de formato correcto.

11. 11 6. RESULTADO. Como parte final de la práctica se observaron las 13 secuencias en el programa. Y se observa los diferentes comportamientos de cada nucleótido incluido en la electroforesis con la simulación del gel de agarosa.

12. 12 7. CONCLUSIONES. ● Conocer las indicaciones necesarias para esta práctica fue crucial para establecer correctamente los objetivos, el procedimiento paso a paso y por ende las conclusiones finales de la práctica de electroforesis. ● Se reconoció al programa SnapGene como útil y fácil de manipular con las respectivas indicaciones del docente y los datos del artículo otorgado, nos permitió dar a conocer el gráfico de las bandas sin ningún inconveniente, la asimilación del gel agarosa , igualmente se pudo reconocer las secuencias de genes específicas identificadas en el proceso final. ● También es importante reconocer la utilidad de la página del NCBI, la cual nos proporciona los genes o ADN para poder utilizarlos en distintos procedimientos. 8. RECOMENDACIONES. ● Contar con un internet estable para poder trabajar con el programa y mantenerse activo en la clase. ● Estar atento a la clase del Docente para poder seguir con los pasos indicados y evitar perdernos o no saber la secuencia para lograr el objetivo. 9. BIBLIOGRAFÍA. ● Electrophoresis.(s.f.).Genome.gov. https://www.genome.gov/genetics-glossary/Electrophoresis ● Lee, P. C., Costumbrado, J., Hsu, C., & Kim, Y. J. (2012). Agarose Gel Electrophoresis for the Separation of DNA Fragments. Journal of Visualized Experiments, 62. https://doi.org/10.3791/3923

13. 13 ● Llc, G. B. (s. f.). Features - SnapGene. SnapGene. https://www.snapgene.com/features ● Diccionario de cáncer del NCI. (s. f.). Instituto Nacional del Cáncer. https://www.cancer.gov/espanol/publicaciones/diccionarios/diccionario-cancer/def /nucleotido ● Cañedo Andalia, R., Rodríguez Labrada, R., & Vázquez Mojena, Y. (2009). Centro Nacional para la Información Biotecnológica de los Estados Unidos: un palacio de la información para la medicina molecular. Acimed, 19(4), 0-0. 10. ANEXOS. Anexo 1. Evidencia de Trabajo en Clase.