INFORME SIMULACIÓN MOLECULAR DE ADN USANDO SOFTWARE SNAPGENE - SUNMI YUNGURI HUAMANI

2. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL “Año de la unidad, la paz y el desarrollo” INFORME: “SIMULACIÓN MOLECULAR DE ADN USANDO SOFTWARE SNAPGENE” Trabajo Presentado por: Yunguri Huamani, Sunmi Miriam Curso: Biotecnología Docente: Soto Gonzales, Hebert Hernan ILO-PERU Junio, 2023

3. 1 INDICE INTRODUCCIÓN ............................................................................................................... 2 OBJETIVOS ........................................................................................................................ 3 Objetivo General ........................................................................................................... 3 Objetivos Específicos .................................................................................................... 3 MARCO TEÓRICO ........................................................................................................... 3 1. El ADN ................................................................................................................ 3 2. Secuencia del ADN .............................................................................................. 3 3. Nucleótidos .......................................................................................................... 4 4. Gel de Agarosa ..................................................................................................... 4 5. Software Snapgene............................................................................................... 4 6. NCBI .................................................................................................................... 5 METODOLOGÍA ............................................................................................................... 5 1) Materiales ............................................................................................................. 5 2) Procedimiento (paso a paso) ................................................................................ 5 CONCLUSIONES ............................................................................................................. 10 BIBLIOGRAFIA ............................................................................................................... 10

4. 2 INTRODUCCIÓN El estudio del ADN es fundamental para comprender los procesos biológicos y desentrañar los secretos de la herencia y la evolución. Con el advenimiento de la secuenciación de próxima generación, se ha generado una gran cantidad de datos genómicos. SnapGene ofrece una representación gráfica clara y concisa de las secuencias de ADN, lo que facilita su comprensión y manipulación. Los usuarios pueden cargar secuencias desde bases de datos públicas o ingresar sus propias secuencias personalizadas. El software permite la manipulación de secuencias mediante funciones como el corte y pegado, la inserción de fragmentos de ADN y la eliminación de segmentos no deseados. Además de la manipulación básica de secuencias, SnapGene ofrece herramientas avanzadas para el diseño de cebadores y sondas, el análisis de restricción y clonación, la simulación de la PCR y la creación de mapas de restricción. Estas funciones permiten a los científicos planificar y simular experimentos antes de realizarlos en el laboratorio, ahorrando tiempo y recursos. La capacidad de compartir secuencias y anotaciones con otros científicos también es una característica destacada de SnapGene. El software permite la exportación de secuencias y mapas de restricción en formatos estándar que se pueden compartir y colaborar con otros investigadores de manera eficiente. En resumen, el estudio del ADN es esencial en la investigación biológica y SnapGene se ha convertido en una herramienta indispensable en este campo. Su capacidad para visualizar, simular y analizar secuencias de ADN de manera eficiente ha simplificado la investigación genética y ha permitido a los científicos acelerar el diseño y la planificación de experimentos. Con su interfaz amigable y potentes herramientas de análisis, SnapGene ha facilitado el estudio y la comprensión del ADN en el contexto de la biología molecular.

5. 3 OBJETIVOS Objetivo General ●Desarrollar la electroforesis en gel de agarosa para evaluar su secuencia de ADN con el Software SnapGene con datos proporcionados de un artículo en específico. Objetivos Específicos ●Demostrar los conocimientos captados en clase sobre el uso del Software SnapGene ●Analizar las secuencias de ADN usando el Software SnapGene MARCO TEÓRICO 1.El ADN El ADN, o ácido desoxirribonucleico, es una molécula esencial presente en los seres vivos que lleva la información genética hereditaria. El ADN también es objeto de estudio en el campo de la biología molecular. Las técnicas de secuenciación del ADN permiten determinar el orden exacto de las bases nitrogenadas en un fragmento de ADN. Esto ha llevado al desarrollo de la genómica, que se encarga de estudiar los genomas completos de los organismos, y ha permitido avances significativos en la comprensión de la estructura y función de los genes, así como en el diagnóstico y tratamiento de enfermedades genéticas. 2.Secuencia del ADN La secuencia de ADN se refiere al orden específico de las bases nitrogenadas (adenina, timina, citosina y guanina) a lo largo de una cadena de ADN. Cada secuencia de ADN es única y codifica la información genética necesaria para el funcionamiento de un organismo. La secuencia de ADN se representa mediante una serie de letras que corresponden a las bases nitrogenadas. Por ejemplo, una secuencia de ADN podría ser: ATGCGCTAAGTC. Esta secuencia indica el orden en el que se encuentran las bases nitrogenadas en una cadena de ADN.

6. 4 La secuencia de ADN es esencial, ya que determina la secuencia de aminoácidos en una proteína, la cual a su vez desempeña un papel clave en la estructura y función de los organismos. La secuencia de ADN también puede contener regiones reguladoras que controlan la expresión de los genes, así como elementos repetitivos y secuencias no codificantes de función desconocida. 3.Nucleótidos Los nucleótidos son las unidades fundamentales que componen los ácidos nucleicos. Están compuestos por un grupo fosfato, un azúcar y una base nitrogenada. Los nucleótidos se unen entre sí para formar cadenas que conforman el ADN y el ARN, y la secuencia específica de las bases nitrogenadas en los nucleótidos es crucial para la codificación de la información genética y la función biológica de los ácidos nucleicos. 4.Gel de Agarosa El gel de agarosa es un medio sólido utilizado en la electroforesis en gel para separar y visualizar fragmentos de ADN, ARN y proteínas según su tamaño. Su estructura porosa permite la migración diferencial de las moléculas durante la electroforesis, lo que permite su separación y análisis. El gel de agarosa es una herramienta esencial en la investigación y la biología molecular para el estudio de fragmentos de ADN y ARN en diversos contextos, como la secuenciación genética, la detección de mutaciones y el análisis de expresión génica. 5.Software Snapgene SnapGene es un software de biología molecular ampliamente utilizado que permite a los científicos visualizar, simular y analizar secuencias de ADN. Se ha convertido en una herramienta indispensable en la investigación y el diseño de experimentos genéticos. Al proporcionar una interfaz intuitiva y potentes herramientas de análisis, SnapGene facilita la

7. 5 manipulación y comprensión de las secuencias de ADN. En este contexto, SnapGene se ha convertido en una herramienta esencial para los investigadores, ya que les permite visualizar y analizar estas secuencias de ADN de manera rápida y eficiente. 6.NCBI El NCBI (National Center for Biotechnology Information) es un centro de investigación y recursos en biología molecular y bioinformática. Fue creado por el Instituto Nacional de Salud de los Estados Unidos (NIH) y alberga una amplia variedad de bases de datos y herramientas utilizadas por la comunidad científica a nivel mundial. METODOLOGÍA 1)Materiales ●Laptop ●Sitio Web NCBI ●Software SnapGene 2)Procedimiento (paso a paso) A.El artículo a considerar lleva por título “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas –Perú” y consideraremos los siguientes datos.

8. 6 B.Buscamos la página web de NCBI e ingresamos los datos de la tabla 1. C.Damos click al primer resultado, luego seleccionamos la opción Send to, seleccionamos el archivo en formato FASTA y lo guardamos dando click en Create File.

9. 7 D.Hacemos el mismo proceso con todos los códigos de la tabla 1 y guardamos los archivos en una carpeta. E.Abrimos el software de SnapGene y seleccionamos en Open-Files, abrimos los archivos que guardamos para luego cambiar de formato y guardar en formato SnapGene ADN.

10. 8 F. Nos dirigimos en la parte superior y damos click en Tools, abrimos la ventana y seleccionamos Simulate Agarose Gel.

11. 9 G.Finalmente, hacemos lo mismo con las demás secuencias de ADN y obtenemos la simulación de Gel de Agarosa.

12. 10 CONCLUSIONES ●Se puede evidenciar que se logró llevar a cabo la simulación de electroforesis en Gel de Agarosa utilizando el programa de SnapGene de manera eficiente y sencilla debido a su comprensible manejo de herramientas para estas simulaciones. ●La aplicación de conocimientos ya aprendidos previamente en clase con el biólogo sobre las secuencias de ADN, así como, el uso de la página web NCBI fueron fundamentales para llevar a cabo el siguiente informe usando SnapGene. ●Los resultados obtenidos, nos han mostrado a detalle fragmentos de las secuencias de ADN en función a su tamaño de los diferentes nucleótidos. También, los datos concuerdan con los descubrimientos reportados en el artículo científico y nos asegura un buen proceso en la metodología desarrollada. BIBLIOGRAFIA  GSL Biotech LLC. (2020, 7 julio). SnapGene | Software for everyday molecular biology. SnapGene. https://www.snapgene.com/  Nucleótido. (s. f.). Genome.gov. https://www.genome.gov/es/genetics- glossary/Nucleotido  Secuenciación de ADN. (s. f.). Genome.gov. https://www.genome.gov/es/genetics- glossary/Secuenciacion-del-ADN  Electroforesis. (s. f.). Genome.gov. https://www.genome.gov/es/genetics- glossary/Electroforesis#:~:text=La%20electroforesis%20es%20una%20t%C3%A9 cnica,gel%20o%20de%20otra%20matriz.  Método: Gel de electroforesis Agarosa. (2017, 26 octubre). Conogasi.