1 / 16

Nanoporu DNS sekvenēšana

Nanoporu DNS sekvenēšana. Latvijas Universitātes Bioloģijas fakultātes 1. kursa maģistra students Autors: Gatis Avotiņš Apl.Nr. ga10021. Vēsture. 1940. gadā Wallace H. Coulter izgudroja šunu skaitītāju asins šūnu izmēra un skaita noteikšanai.

armand
Download Presentation

Nanoporu DNS sekvenēšana

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Nanoporu DNS sekvenēšana Latvijas Universitātes Bioloģijas fakultātes 1. kursa maģistra students Autors: Gatis Avotiņš Apl.Nr. ga10021

  2. Vēsture • 1940. gadā Wallace H. Coulter izgudroja šunu skaitītāju asins šūnu izmēra un skaita noteikšanai. • 1996. gadā Kasianowicz, Branton, Brandin un Deamer pirmo reizi demonstrēja nanoporu DNS noteikšanu izmantojot Staphylococcus aureus α - Hemoližinu (α-HL). • 2005. gadā Oksforda izveidoja “Oxford NanoLabs Ltd”. Kompānijas pamatlicēji ir Gordon Sanghera, Spike Willcocks, Professor Hagan Bayley. .

  3. Nanoporu veidi α – HL ( α – Hemolizīns (Staphylococcus aureus)) MspA (Mycobacterium smegmatis porin A) Solid state nanopore ( sintētiskā nanopora)

  4. Nanoporas uzbūve α-HL Heptamēra transmembrānas pora Sastāv no 7 identiskiem monomēriem Pamatuzbūve: Cepure Stumbrs Mala 1 2 3 http://laguna-design.jalbum.net/Laguna_Design_Showcase1/Space_filling_proteins_on_white/slides/Alpha_hemolysin_7ahl.html

  5. MspASarkans-pozitīvi lādētas aminoskābesZils-negatīvi lādētasaminoskābes Violets-polārasaminoskābes Dzeltens-hidrofobas- alifātiskas aminoskābes Oranžš- hidrofobas -aromātiskasaminoskābes Wanunu.M. 2012 Derrington.I.M. 2010

  6. Sintētiskā nanopora Sastāv no membrānā (SiNx vai SiO2 ) izveidota 10 nm cauruma. Wanunu.M. 2012

  7. Darbības principi https://www.nanoporetech.com/technology/introduction-to-nanopore-sensing/introduction-to-nanopore-sensing

  8. Butler T. 2007

  9. Izmantojamā iekārta GridION™  system Single use cartridge https://www.nanoporetech.com/technology/the-gridion-system/the-gridion-system

  10. MinION™  ierīce • https://www.nanoporetech.com/technology/the-minion-device-a-miniaturised-sensing-system/the-minion-device-a-miniaturised-sensing-system

  11. +/- - + • Ātra DNS sekvenēšana ( 1b/ µs) • Lēta ( ~ 1000 $ ) • Var noteikt DNS koncentrāciju poras tuvumā. • Nav nepieciešama polimerāze vai ligāze • Nolasīšanas garums (10,000 – 50, 000 nt ) • Var noteikt mutācijas DNS sekvencē. • DNS pārvietošanās ātrums cauri porai • Signāla troksnis samazina iespēju noteikt bāzes. • Jānodrošina poru tīrību • Poras var aizsprostoties • Nekvalitatīva izšķirtspēja.

  12. Piemērs

  13. Rezultāti

  14. Literatūra • Branton D., Deamer W. D., Marziali A., Bayley H. 2008. The potential and challenges of nanopore sequencing. Nature biotehnology 10, 1146 – 1153 pp. • Butler T. 2007. Nanopore Analysis of Nucleic Acid. 1-98 pp. • Clarke J., Hai-Chen Wu, Jayasinghe L., Patel A., Reid S., Bayley H. 2009. Continuous base identification for single-molecule nanopore DNA sequencing. Nature nanotehnoogy. Vol.4 265 – 270 pp. • Derrington I.M., Butler.T., Marcus D. C., Manrao E., Pavlenok M., Niederweis M., and Gundlach J. H. 2010. Nanopore DNA sequencing with MspA. PNSA 37, 16060 – 16065 pp. • Wanunu M. 2012. Nanopores: A journey towards DNA sequencing. Physics of Life Reviews 9,125–158 pp. • https://www.nanoporetech.com

  15. Paldies par uzmanību!

  16. Jautājums Kādā šķidumā atrodas silikona membrāna ar nanoporām?

More Related