ORTHOMAM

1. B i o i n f o r m á t i c a ORTHOMAM Docente: Paulo Fazendeiro Ciências Biomédicas Ana Catarina Duarte, nº 25917 André Ferreira Moreira, nº 24987 Luís Daniel Costa, nº 24768

2. OrthoMam:Uma base de dados de marcadores genómicos ortólogos para mamíferos

3. Base de dados OrthoMan • Criada em 2007. • Projecto fruto da parceria de várias instituições … • InstitutodasCiênciasEvolutivas - Montpellier • UniversidadedasCiências e Técnicas de Montpellier (UMII) – Universidade de Montpellier 2 • Centro Nacional da Pesquisacientífica - Montpellier • Centre de recherche LGI2P de l'Ecole des Mines d'Alès • Montpellier SupAgro

4. Emmanuel J. P. Douzery • …e investigadores: • Vincent Ranwez • SylvieRanwez • FrédéricDelsuc • KhalidBelkhir • Marie-ka TILAK

5. Contribuição de cada investigador : • Emmanuel J. P. Douzery e Vincent Ranwez: • Iniciaram o estudo; • Conceberam e implementaram o “bioinformatic pipeline”. • Vincent Ranwez, SylvieRanwez e KhalidBelkhir: • Construíram a base de dados; • Desenharam a Web interface . • Marie-ka TILAK: • Efectuou amplificações e sequenciamento por PCR. • Emmanuel J. P. Douzery, FrédéricDelsuc e Marie-kaTILAK: • Realizaram as análises filogenéticas. • Vincent Ranwez, FrédéricDelsuc e Emmanuel J. P. Douzery: • Escreveram o manuscrito.

6. Objectivo / Finalidade - Criar uma base de dados útil na descodificação da árvore filogenética dos mamíferos placentários a diferentes níveis taxonómicos, de modo a obter uma melhor compreensão da dinâmica evolutiva dos seus genomas, isto é, sobre as forças que moldaram as sequências codificadas em termos de restrições selectivas. - O banco de dados OrthoMaMfornece, assim, uma interface intuitiva para consultar milhares de exões ortólogos de potencial uso na sistemática de mamíferos placentários.

7. Objectivo / Finalidade - Permite, também, uma fácil recuperação de grandes conjuntos de exões ortólogos, conservados entre o genoma de mamíferos, disponíveis para realizar análises filogenómicas. Os descritores evolutivos consideram que os marcadores candidatos são de particular interesse para a escolha do marcador filogenético e para a análise comparativa de evolução molecular na escala do genoma. - O “bioinformatic pipeline” permite vislumbrar que o banco de dados será atualizado dinamicamente numa base regular para acompanhar a evolução do Ensembl e, assim, assegurar a sua exatidão.

8. Evolução / Versões • Versão 1 - 2007 • Baseava-se na versão 41 da base EnsEMBL; • Possuía informação de 12 espécies. • Versão 2 - 2008 • Baseava-se na versão 42 da base EnsEMBL; • A base de dados alargou-se para 23 espécies; • Foram fornecidos alinhamentos dos aminoácidos; • No entanto, surgiram alguns problemas ao nível da conexão de web, o que provocou a perda de alguns dados. • Versão 3 - 2008 • Versão 49 do EnsEMBL; • 25 espécies; • Encontrou-se a solução e resolveu-se o erro anterior que afectava as versões anteriores, tendo os investigadores concluído em que alguns alinhamentos seria melhor propor sequências não órtologas.

9. Evolução / Versões • Versão 4 - 2008 • Inclui informação sobre CDS (região codificante do gene) /exões. • Versão 5 -2009 • Versão 54 da base EnsEMBL; • A base de dados alargou-se para 33 espécies; • Os marcadores podem ser consultados através do identificador do gene humano correspondente na base de dados EnsEMBL; • A legibilidade das árvores filogenéticas é aumentada pela coloração taxonómica; • Anotações de genes ficam disponíveis para cada marcador . • Versão 6a - 2010 • Versão 56 da base EnsEMBL; • A base de dados possui 36 espécies. • Versão 6 - 2010 • Foram feitas algumas melhorias e simplificações ao nível da acessibilidade à informação existente na base de dados.

10. Evolução / Versões • Versão 7 – Fevereiro de 2012 • (Actual) • Baseia-se na versão 65 da base EnsEMBL; • Possui informação sobre 39 espécies; • Melhoramento dos alinhamentos de sequência. • E, vários outros melhoramentos foram feitos.

11. Espécies A versão corrente inclui 6 611 exões e 13 111 alinhamentos CDS para as 39 espécies.

12. Exemplo utilização OrthoMan • http://www.orthomam.univ-montp2.fr/orthomam/html/

13. Bibliografia • http://www.orthomam.univ-montp2.fr/orthomam/html/