Intro Seminář ZS 2014-2015

1. Intro Seminář ZS 2014-2015

2. Sněhurka • Výpočetní cluster pro rozsáhlejší simulace • 96 výpočetních jader • Lze využít až 288 GB RAM • K dispozici až 12 TB na úložném prostoru http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

3. Jak se stát uživatelem • Kontakty: • Dr. Martin Mádlík : Martin.Madlik@mff.cuni.cz • Dr. Oldřich Ulrych : Oldrich.Ulrych@mff.cuni.cz • Web • http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/jak-se-stat-uzivatelem/ Uvést kontaktní email, školitele, … Přihlášení pod stejným heslem jako do emailu http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

4. Softwarové vybavení • PuTTY – freeware SSH klient (spouštěč kódu) • download: http://www.putty.org/ • není třeba instalovat • WinSCP – freeware SFTP klient (správa dat) • download: http://winscp.net/eng/docs/lang:cs • přenášení dat mezi serverem a lokálním PC • instalace http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

5. WinSCP http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

6. WinSCP http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

7. WinSCP http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

8. PuTTY http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

9. PuTTY Při psaní hesla se nezobrazují žádné znaky **** nebo  Kurzor bliká na stejném místě! http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

10. PuTTY http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

11. Příprava skriptu Program1.R ... Your R code ... write( Stat[q], "/srv/groot/dvorakm/vypocty/result.txt",append=TRUE ) Nelze použít většinu knihoven v R http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

12. Příprava úlohy #!/bin/bash #PBS -q queue1 #PBS -m abe #PBS -M dvorakm@karlin.mff.cuni.cz #PBS -N Test1 export PBSBINDIR="/usr/local/sbin" module load R/3.0.3-gnu-mkl cd vypocty R --no-readline --save < program1.R savefile as Uloha1.txt http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

13. Spuštění úlohy http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/ qsub uloha1.txt