1 / 15

SITRANS – Système d’information Transcriptome pour la plate-forme de la Genopole Rhône-Alpes

SITRANS – Système d’information Transcriptome pour la plate-forme de la Genopole Rhône-Alpes. Daniel CRISAN. http://liris.cnrs.fr/~sitrans. Contexte. Préparation des cibles. Analyse des données. Dessin de la puce. P. Marc – ENS - 1999. Hybridation. Besoins informatiques.

celine
Download Presentation

SITRANS – Système d’information Transcriptome pour la plate-forme de la Genopole Rhône-Alpes

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. SITRANS – Système d’information Transcriptome pour la plate-forme de la Genopole Rhône-Alpes Daniel CRISAN http://liris.cnrs.fr/~sitrans

  2. Contexte Préparation des cibles Analyse des données Dessin de la puce P. Marc – ENS - 1999 Hybridation

  3. Besoins informatiques • Saisie/Consultation des données • Bibliothèques de techniques utilisées au cours d’une expérience • Sauvegarde/importation des fichiers externes (spotter report, images, données brutes, etc.…) • Consultation d’une banque de gènes/oligonucléotides

  4. SITRANS - spécifications • Objectif : Suivi des expériences « puces à ADN » • Saisie • « Cahier de laboratoire » électronique • Publication • Diffusion Web • Compatibilité avec le format MIAME • Consultation • Valorisation des informations • Caractéristiques • Ergonomie • Importation des fichiers externes • Gestion des profils utilisateurs (chercheur, étudiant, visiteur, administrateur)

  5. Architecture n-tiers

  6. Schéma UML de la Base de Données

  7. Les couches applicatives Servlet S E Servlet S E E Servlet S E E S Servlet E

  8. La couche présentation

  9. La couche présentation

  10. La couche présentation

  11. Etat d’avancement • Fait • Choix de l’architecture de SITRANS • Conception de la Base de Données • Conception des couches applicatives « Saisie données » • En cours • Développement des couches applicatives «Saisie données» (échéance nov. 2003) • A faire • Conception et développement des couches applicatives «Consultation données» (échéance fév. 2004) • Tests de SITRANS (échéance mars 2004) • Formation des utilisateurs (échéance mars 2004) • Installation et configuration de SITRANS (échéance avril 2004)

  12. Gestion du projet • Réunions de projet • Bimensuelles avec l’équipe « Informatique » • Mensuelles avec l’équipe « Biologie » • Site Web : http://liris.cnrs.fr/~sitrans • Documents en accès public : description du projet, description d’une expérience « puces à ADN »… • Documents en accès restreint, limité aux membres du projet : maquette de l’interface, compte-rendu des réunions de projet, documents de développement, code source…

  13. Conclusion et perspectives • CDD • Finalisation du développement et mise en exploitation de SITRANS • Poursuite • Une thèse débute • visualisation de données de gros volumes • Un dépôt de projet à l ’ACI ImpBio :TransParNet • schéma commun pour le partage de données du transcriptome et d’outils de traitement • spécification d’une architecture de médiation

  14. Ingénieurs Bioinformatique et Modélisation UCBL INSA-Lyon Bioinformatique du transcriptome Data Mining données puce et SAGE SITRANS ROSO Design de sondes oligo pour puces à ADN http://pbil.univ-lyon1.fr/roso/Home.php TransParNet Pédagogie Recherche

  15. Biologie des Systèmes et Modélisation Cellulaire BSMC(http://prisma.insa-lyon.fr/bsmc) UMR 203 INRA/INSA, BF2IBiologie Fonctionnelle UMR CNRS/UCBL 5534, CGMC Biologie Cellulaire et Moléculaire UMR CNRS/UCBL/INSA/ECL 5585, MAPLY Mathématiques Appliquées Laboratoire INSA/UCBL/ULL PRISMa Informatique Bioinspirée et Vie Artificielle FRE CNRS/INSA/UCBL/ULL/ECL 2672, LIRIS Systèmes d’Information et Data Mining  Problématiques biologiques : - Symbiose et Evolution - Autorenouvellement Cellulaire  Outils bioinformatiques et de modélisation : - Puce à ADN (6400 plots) dédiée à Buchnera (DTAMB/ECL) - Base de données SAGE - Identitag - Data mining des données d’expression - Etude qualitative des réseaux : Emergence de la complexité - Modèle RBF-Gene : Evolution structurelle des génomes bactériens - Modèle SMA : Emergence de structures multiprotéiques

More Related