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The Universal Protein Resource: UniProtKB

http://www.uniprot.org/. The Universal Protein Resource: UniProtKB. El consorcio UniProtKB. Las bases de datos de UniProtKB. UniProtKB: http://www.uniprot.org/. http://www.expasy.org/. Pincha aquí para entrar en UniProtKB. UniProtKB: Acceso desde ExPASy. http://pir.georgetown.edu/.

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The Universal Protein Resource: UniProtKB

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Presentation Transcript

  1. http://www.uniprot.org/ The Universal Protein Resource: UniProtKB

  2. El consorcio UniProtKB

  3. Las bases de datos de UniProtKB

  4. UniProtKB: http://www.uniprot.org/

  5. http://www.expasy.org/ Pincha aquí para entrar en UniProtKB UniProtKB: Acceso desde ExPASy

  6. http://pir.georgetown.edu/ Pincha en el logo para entrar en UniProtKB UniProtKB: Acceso desde PIR

  7. Las anotaciones en UniProtKB

  8. Las anotaciones en UniProtKB

  9. Conexiones de UniProtKB con otras bases de datos

  10. La última versión (6-2-2013) contiene 539.165 registros El crecimiento de UniProtKB/Swiss-Prot

  11. Distribución taxonómica de las secuencias

  12. La longitud media de la secuencias es de 453 aa La más corta tiene 2 aa La más larga tiene 35213 aa Distribución de la longitud de las secuencias

  13. Composición de aminoácidos en las secuencias

  14. La última versión (6-2-2013) contiene 29.769.971 registros El crecimiento de UniProtKB/TrEMBL

  15. Otras aplicaciones Animación que te enseña a hacer búsquedas Aquí se introduce el término que queremos buscar: dUTPase Aquí se escoge la base de datos que se quiere consultar Inicio de la búsqueda Instrucciones básicas para empezar y diversas herramientas para el análisis de secuencias Búsquedas en UniProtKB

  16. Opciones para hacer búsquedas de texto en UniProtKB

  17. 6242 secuencias encontradas Búsqueda avanzada Esta búsqueda no ha sido muy productiva Voy a hacer una búsqueda avanzada Resultados de la búsqueda en UniProtKB

  18. Selecciona un operador lógico Inicio de la búsqueda Selecciona un campo con información adicional: organismo [OS] Introduce el término de búsqueda: Escherichia coli Búsquedas avanzadas en UniProtKB

  19. 213 secuencias encontradas Puedes agrupar los resultados según diversos criterios Te puedes descargar los resultados de la búsqueda Filtra los resultados para ver sólo los de UniProtKB/Swissprot (anotados manualmente) Pincha aquí para acceder al registro de UniProtKB Resultados de la búsqueda avanzada

  20. 36 secuencias almacenadas en UniProtKB/Swiss-Prot Pincha aquí para acceder al registro de UniProtKB Filtrado de los resultados de la búsqueda avanzada

  21. Puedes visualizar el registro según diversos formatos: pincha en “text” Puedes poner la información del registro en el orden que quieras Salta directamente a los datos del registro que te interesan Un registro de UniProtKB: P06968

  22. Un registro de UniProtKB en formato texto

  23. Estructura de un registro de UniProtKB

  24. 1.- Entry information 2.- Names and origin 3.- Protein attributes 4.- Alternative products 5.- Comments 6.- Ontologies 7.-Binary interactions 8.- Features 9.- Sequences 10.- Cross- references 11.- References 12.- Web resources 13.- Relevant documents Los registros de UniProtKB constan de 13 apartados No todos los registros contienen todos los apartados Secciones de un registro de UniProtKB

  25. 1.- 2.- Secciones de un registro de UniProtKB (2)

  26. 3.- 4.- Secciones de un registro de UniProtKB (3)

  27. 5.- Secciones de un registro de UniProtKB (4)

  28. Las anotaciones generales (comentarios) no dependen de la posición en la secuencia Anotaciones incluidas en los Comentarios

  29. 6.- Secciones de un registro de UniProtKB (5)

  30. Pincha aquí para obtener la secuencia completa en formato FASTA 7.- 8.- Secciones de un registro de UniProtKB (6)

  31. Busca secuencias parecidas con BLAST secuencia completa en formato FASTA secuencia completa en código de una letra (60 aa por línea) Secuencia de un registro de UniProtKB

  32. Las anotaciones específicas (características) dependen de la posición en la secuencia Anotaciones de las características

  33. Herramientas adicionales para analizar la secuencia: Blast, Prot Param, ProtScale, Compute pI/MW, ProtScale, Peptide Mass, Peptide Cutter 9.- Obtén la secuencia en formato FASTA Bases de datos con información relacionada con la secuencia 10.- Enlace que te lleva a la secuencia del gen en GenBank Enlaces que te llevan a la estructura 3D de la proteína en el PDB Secciones de un registro de UniProtKB (7)

  34. 11.- Enlace que te permite ver el Abstract del artículo Enlace que te lleva al artículo en PubMed Secciones de un registro de UniProtKB (8)

  35. 12.- 13.- Secciones de un registro de UniProtKB (9)

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