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K-means 的運用

K-means 的運用. 指導 老師： 盧瑞山 組 員：郭柏林 D10016216 陳柏佑 D10016217 鄭竹君 D10016230. 本週學習任務. step1 . 上網 查找「 K-means 」的 opensource 工具。 step2. 找尋 範例資料 檔。 step3. 使用 所找到的工具 軟體，做 分群練習 。.

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K-means 的運用

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Presentation Transcript

  1. K-means 的運用 指導老師：盧瑞山 組 員：郭柏林 D10016216 陳柏佑 D10016217 鄭竹君 D10016230

  2. 本週學習任務 step1.上網查找「K-means」的opensource 工具。 step2.找尋範例資料檔。 step3.使用所找到的工具軟體，做分群練習。

  3. K-means 問題探討 Question： 1.軟體如何找到的？ 2.軟體的範例測試。 3.試用安裝教學。

  4. 找到的工具1 (Gene Cluster 3.0)

  5. 1.軟體如何找到的? • 搜尋 k-means download 關鍵字

  6. 2.軟體的範例測試 1.輸入的數據形式如下

  7. 2.讀入數據

  8. 3.讀入數據後，看你是否要對數據進行Log轉換，這裡建議轉換，然後點擊Apply3.讀入數據後，看你是否要對數據進行Log轉換，這裡建議轉換，然後點擊Apply

  9. 4.其次是對數據進行數據，後面MaxVal-MinVal>=1.0,對應的就是Fold change>2.0

  10. 5.為了畫出紅綠的漂亮圖，選擇center genes下，選擇Apply

  11. 6.這個時候會出現，2-3个文件，有一个 *.cdt文件就是热图文件，使用Treeview打开6.這個時候會出現，2-3个文件，有一个 *.cdt文件就是热图文件，使用Treeview打开 7.這個時候可以輸出熱圖，但是必須單獨輸出colourbar.

  12. 1.軟體如何找到的? • 搜尋 k-means clusterling關鍵字 • 找到 hierarchical clustering download

  13. 3.試用安裝及範例測試。 • 輸入以下找到的網址：http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940101nxvt.html • 看到第三點，需要安裝的軟件(Gene Cluster 3.0 、Java TreeView都必須安裝)。

  14. 找到的工具2 (HCE3.5)

  15. 2.軟體的範例測試 1.輸入的數據形式如下

  16. 3.試用安裝及範例測試。 (1)軟體安裝的載點：http://www.cs.umd.edu/hcil/hce/power/power.html

  17. 1.解壓縮後，開啟此檔

  18. 2.開啟後第一個頁面

  19. 點選開啟舊檔圖示，匯入數據檔

  20. 選取OK

  21. 完成後，會出現此畫面

  22. 選取K-means，點選右鍵，選Do K-means clustering

  23. 選取K-means，點選右鍵，選Do K-means clustering

  24. 選擇Ok後，便會出現此畫面

  25. 再按右鍵，選取Export clustering Result

  26. 存檔

  27. 原本很亂的資料

  28. 變成整理好的資料

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