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データ抽出

「診療録データの臨床研究利用のための仕組み」 内　容：１．「システムの概要」　　　　　　　　 松村泰志 　　　　　　　　２．「入力システムのデモ」　　　　　 藤井歩美 　　　　　　　　３．「データ抽出システムのデモ」　 村田泰三 　　　　　　　　大阪大学医学部附属病院医療情報部 MTE 世話人 : 松村泰志（大阪大学医学部附属病院） 　　　 主　催 : 日本医療情報学会関西支部. GW. データ抽出. データ変換. Data Warehouse (DW Ｈ ). 病院情報システム. データ構造が分析に適さない 日常業務がストールする心配がある.

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Presentation Transcript

  1. 「診療録データの臨床研究利用のための仕組み」内　容：１．「システムの概要」　　　　　　　　松村泰志　　　　　　　　２．「入力システムのデモ」　　　　　藤井歩美　　　　　　　　３．「データ抽出システムのデモ」　村田泰三　　　　　　　　大阪大学医学部附属病院医療情報部 MTE世話人: 松村泰志（大阪大学医学部附属病院）　　　 主　催:日本医療情報学会関西支部

  2. GW データ抽出 データ変換 Data Warehouse (DWＨ) 病院情報システム • データ構造が分析に適さない • 日常業務がストールする心配がある 分析に適したデータ構造 DWH データベース 処方 検査結果 入院歴

  3. DWHを利用した解析事例 • 糖尿病の疫学調査 • 降圧剤の変遷 • シスプラチンの腎毒性の評価 • アミノグリコシド系薬剤の腎毒性の評価 • ワーファリンの薬剤相互作用の評価 • 糖尿病性腎症におけるACE、ARB投与の実態と効果

  4. 臨床研究のテーマの例 食道癌におけるある化学療法の効果 変形性膝関節症に対する人工関節置換術の効果 拡張型心筋症に対するある薬剤の効果 必要な情報 癌症例におけるステージ分類、組織型 化学療法実施時の副作用（嘔吐、脱毛、皮膚所見、筋肉痛）の出現 整形外科的疾患での、関節可動域の測定結果 心臓疾患における左室拡張末期径、Ejection Fraction 入力テンプレートによるソリューション

  5. 氏名：＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿ 性：　○男性　　○女性 生年月日：＿＿　＿＿年＿＿月＿＿日 職業：　□医師　□看護婦（士）　□薬剤師　□検査技師　□事務　 入力テンプレート 電子カルテシステムが提示した項目に、ユーザが値を入れていく方式の入力支援ツール（プログラム） 例） 複雑な臨床データをテンプレート方式で入力できるのか？

  6. ダイナミックテンプレートによるソリューションダイナミックテンプレートによるソリューション • 階層構造を持つ 　異常所見に対して更に詳細な記述が可能 • 登録データを自然言語変換して読みやすく表示 　コンピュータは、厳密な木構造の表現が処理しやすい (machine processible) 人間は、推測可能な言葉は省略される方が、重要は情報を認識しやすい (human readable)

  7. 経過記録作成時のテンプレート呼び出し

  8. ダイナミックテンプレート

  9. テンプレートで入力したデータ テンプレートデータの自然言語変換

  10. フローシートへのテンプレート登録データの表示フローシートへのテンプレート登録データの表示

  11. テンプレートの例 表在リンパ節 腋窩リンパ節 右：腫大 小指頭大 硬い 表面凹凸不整 癒着あり 左：触知せず

  12. テンプレートの例 GCS： E4V5M5 COMA SCORE = 14

  13. 病院内の様々な文書

  14. 文書作成システム • 退院時サマリ • 検査レポート • 栄養評価 • 院内がん登録 etc • Wordファイルからテンプレート呼び出し • 患者基本情報の自動表示

  15. 患者基本情報から取得 テンプレート入力

  16. テンプレートマスタの具体例 <ATOM-LIST> <ATOM-STYLE /> <ATOM> <ATOM-TYPE CODE="A908100100" NAME="心音のI音" CATEGORY="汎用項目" FIRST="0" SEQUENCE="0" ADD="no"/> <DISPLAY-STRING ITALIC="off" BOLD="off" LEVEL="0" TITLEWIDTH="5" RETURN="off" SHOWTITLE="yes" TITLERETURN="yes" TITLEITALIC="no" TITLEBOLD="no" xml:space="preserve">I音：</DISPLAY-STRING> <DOCUMENT-STRING> <DOC-BODY RETURN="on" xml:space="preserve"></DOC-BODY> <DOC-PREFIX RETURN="off" xml:space="preserve"> I音：</DOC-PREFIX> <DOC-CONJUNCTION RETURN="off" xml:space="preserve"></DOC-CONJUNCTION> <DOC-SUFFIX RETURN="off" xml:space="preserve"></DOC-SUFFIX> </DOCUMENT-STRING> <VALUE-LIST> <VALUE-STYLE TYPE="CheckBox" ITEMWIDTH="0" ITEMHEIGHT="0" SPECIAL="" CODE="" NUMBER="0 " RETURN="on" MANDATORY="no"/> <VALUE SAMEABOBE="no"> <VALUE-TYPE CODE="V908100101" NAME="純" SELECTED="no" MAPPOINTER="" SEQUENCE="0" /> <DISPLAY-STRING ITALIC="off" BOLD="off" LEVEL="0" TITLEWIDTH="2" RETURN="off" SHOWTITLE="yes" TITLERETURN="yes" TITLEITALIC="yes" TITLEBOLD="no" xml:space="preserve">純</DISPLAY-STRING> <DOCUMENT-STRING> <DOC-BODY RETURN="off" xml:space="preserve">純</DOC-BODY> <DOC-PREFIX RETURN="off" xml:space="preserve"></DOC-PREFIX> <DOC-CONJUNCTION RETURN="off" xml:space="preserve"></DOC-CONJUNCTION> <DOC-SUFFIX RETURN="off" xml:space="preserve"></DOC-SUFFIX> </DOCUMENT-STRING> </VALUE> <VALUE SAMEABOBE="no"> <VALUE-TYPE CODE="V908100102" NAME="亢進" SELECTED="no" MAPPOINTER="" SEQUENCE="1" /> <DISPLAY-STRING ITALIC="off" BOLD="off" LEVEL="0" TITLEWIDTH="4" RETURN="off" SHOWTITLE="yes" TITLERETURN="yes" TITLEITALIC="yes" TITLEBOLD="no" xml:space="preserve">亢進</DISPLAY-STRING> <DOCUMENT-STRING> <DOC-BODY RETURN="off" xml:space="preserve">亢進</DOC-BODY> <DOC-PREFIX RETURN="off" xml:space="preserve"></DOC-PREFIX> <DOC-CONJUNCTION RETURN="off" xml:space="preserve"></DOC-CONJUNCTION> <DOC-SUFFIX RETURN="off" xml:space="preserve"></DOC-SUFFIX> </DOCUMENT-STRING> </VALUE> <VALUE SAMEABOBE="no"> <VALUE-TYPE CODE="V908100103" NAME="減弱" SELECTED="no" MAPPOINTER="" SEQUENCE="2" /> <DISPLAY-STRING ITALIC="off" BOLD="off" LEVEL="0" TITLEWIDTH="4" RETURN="off" SHOWTITLE="yes" TITLERETURN="yes" TITLEITALIC="yes" TITLEBOLD="no" xml:space="preserve">減弱</DISPLAY-STRING> <DOCUMENT-STRING> <DOC-BODY RETURN="off" xml:space="preserve">減弱</DOC-BODY> <DOC-PREFIX RETURN="off" xml:space="preserve"></DOC-PREFIX> <DOC-CONJUNCTION RETURN="off" xml:space="preserve"></DOC-CONJUNCTION> <DOC-SUFFIX RETURN="off" xml:space="preserve"></DOC-SUFFIX> </DOCUMENT-STRING> </VALUE> </ATOM>

  17. 入力テンプレート 呼び出し Template Template データベース Template データ分析 データ ウェアハウス 患者 データベース データ登録 Template ＋患者データ HIS端末 Template ＋患者データ Template ＋患者データ

  18. 心音 データ ウェアハウス 心雑音 収縮期雑音 大きさ 最強点 III 心尖部 1 value 1 recordのデータベースファイル

  19. 統計解析ソフトで解析 臨床研究で求められる要件 • プロジェクトで収集したデータ群を一つのファイルで欲しい　　　　　　 • １ケースが１レコードとなるデータ構造が望ましい

  20. 一般的な方法 データベースファイル 入力テンプレート テンプレート１ テンプレートの個数分データベースファイルが必要 運用の途中でテンプレートの変更が難しい テンプレート１用DB AAA: BBB: ○XX, ○YYY, ○ZZZ CCC: □PP、□QQ DD： テンプレート２ テンプレート２用DB GG: ○XX, ○YYY, ○ZZZ HHH: □PP、□QQ III： JJJ：○RR, ○SSS, ○TT 一般記述に適応しにくい テンプレート３用DB テンプレート３ KKK: ○NN, ○OOO, HHH: □PP、□QQ LLL： MMM：○UUU, ○VV, ○WWW 入力テンプレート毎にデータベースファイルを定義

  21. 臨床研究用 データベースファイル 入力テンプレート 無構造データベース テンプレート１ 臨床研究１ AAA: BBB: ○XX, ○YYY, ○ZZZ CCC: □PP、□QQ DD： テンプレート２ 臨床研究２ GG: ○XX, ○YYY, ○ZZZ HHH: □PP、□QQ III： JJJ：○RR, ○SSS, ○TT 臨床研究３ テンプレート３ KKK: ○NN, ○OOO, HHH: □PP、□QQ LLL： MMM：○UUU, ○VV, ○WWW • テンプレートがデータベース構造に非依存 → テンプレートの新規作成・修正が簡単 • 必要なデータを後付けで収集することができる • 複数のテンプレートのデータを１つのデータベースファイルに格納できる • １つのテンプレートのデータを複数のデータベースファイルに格納できる

  22. データウェアハウス 1 value 1 record　→　1 case 1 record　に変換 特定領域の臨床研究データベースファイル

  23. 各プロジェクト別臨床研究用データベース 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　へのデータ移行 1 value 1 record 1 case 1 record データ抽出 XMLパース 電子カルテ サーバ データ ウェアハウス 各プロジェクト別 臨床研究用 データベース GW １ GW ２ データ 閲覧・集計 データ登録 操作用PC 操作用PC

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