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「画像科学」夏の学校　 2012.09.25 - 28 於　岐阜県土岐市　核融合科学センター ImageJ の基礎からマクロの書き方まで 分子・細胞イメージングセンター (CMCI)

「画像科学」夏の学校　 2012.09.25 - 28 於　岐阜県土岐市　核融合科学センター ImageJ の基礎からマクロの書き方まで 分子・細胞イメージングセンター (CMCI) 欧州分子生物学研究所（ EMBL ） ハイデルベルク 三浦耕太. - 経歴 - ICU ヤクザルの生態調査、キュウリの発生 阪大 真性粘菌　単細胞の運動、極性の自己形成 ミュンヘン大学 細胞性粘菌　多細胞の運動　走光性 EMBL 走光性・光学流動法　＞　画像解析. Image Analysis in Biology. R ecursive Model.

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「画像科学」夏の学校　 2012.09.25 - 28 於　岐阜県土岐市　核融合科学センター ImageJ の基礎からマクロの書き方まで 分子・細胞イメージングセンター (CMCI)

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  1. 「画像科学」夏の学校　2012.09.25 - 28 於　岐阜県土岐市　核融合科学センター ImageJの基礎からマクロの書き方まで 分子・細胞イメージングセンター(CMCI) 欧州分子生物学研究所（EMBL） ハイデルベルク 三浦耕太 - 経歴 - ICU ヤクザルの生態調査、キュウリの発生 阪大真性粘菌　単細胞の運動、極性の自己形成 ミュンヘン大学細胞性粘菌　多細胞の運動　走光性 EMBL 走光性・光学流動法　＞　画像解析

  2. Image Analysis in Biology Recursive Model Project Model 1 Experiments -> Microscopy -> Image Processing -> Image Analysis Project Model 2 Microscopy Image Analysis Experiments Image Processing

  3. EMBL Units Groups EMBL Units Groups Centre for Molecular and Cellular Imaging (CMCI) @EMBL The Concept of CMCI network Facilities e.g. ALMF Research Units 1. Tree-like human resources structure in EMBL 2. Association of researchers crossing over different labs and units  “CMCI as a meta-system, network” Cell Bio. & Biophysics Dev. Bio. Genome C M C I Kota Miura (miura@embl.de)

  4. Overview of CMCI … Promoting Image Processing and Analysis • Teaching Courses • Organize seminars • Consulting • Collaborations、Research • Developments Teaching in many places: EU (EMBO courses), Germany, France, Belgium, Switzerland, Austria, Italy, Finland, Sweden, Singapore, Spain →see web site: cmci.embl.de

  5. 画像解析のプラットフォーム (私の場合) NIHimage (ScionImage) 1993 – 2002? IgorPro, C 1999 - 2004 ImageJ 2003 – 現在 • 他のポピュラーなプラットフォーム • Matlab • Amira

  6. ImageJ の利点・欠点 • 利点 • 　オープンソース • 　膨大な人数の開発者コミュニティ • 20年来の蓄積 • 　プラットフォーム・フリー • 　多様なスクリプト言語 • GUI　＆　CUI • 欠点 • 　プラグインのコードの信頼性 • 　機能が多すぎる（複雑＋未整理） • 　速度 • 一般化 vs 特殊化 Wayne, 2012.05 @ Barcelona

  7. チュートリアル　必要事項 Fiji のインストール fiji.sc/Downloads/ sample image loader pluginのインストール cmci.embl.de/downloads/sampleimageloader (あとでよい) ParticleTracker cmci.embl.de/downloads/ … 若干速めに進行します。

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