1 / 14

Podstawy i zastosowania bioinformatyki

Podstawy i zastosowania bioinformatyki. Marek Kudła. Sekwencje. Nukleotydowe 4 nukleotydy 4 = 2^2 2 bity informacji Aminokwasowe 20 aminokwasów 2^4 < 20 < 2^5 < 5 bitów informacji Widzimy zatem, że przy translacji zachodzi de facto utrata informacji

eden
Download Presentation

Podstawy i zastosowania bioinformatyki

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Podstawy i zastosowania bioinformatyki Marek Kudła

  2. Sekwencje • Nukleotydowe • 4 nukleotydy 4 = 2^2 2 bity informacji • Aminokwasowe • 20 aminokwasów 2^4 < 20 < 2^5 < 5 bitów informacji Widzimy zatem, że przy translacji zachodzi de facto utrata informacji Kodon – 3 nt = 6 bitów -> aminokwas <5 bitów

  3. Podobieństwo • Sekwencje nukleotydowe • Zawartość identycznych pozycji między dwoma sekwencjami - % identyczności • Długość porównywanych sekwencji • Czy identyczne pozycje są zgrupowane, czy też rozproszone w alignmencie • Sekwencje białkowe Wszystkie powyższe, plus: • Podobieństwo pod względem właściwości fizykochemicznych lub kodonów, którymi są kodowane • Reszty na konserwatywnych pozycjach – przewidzianych domenach, miejscach katalitycznych.

  4. Alignment • Pairwise alignment – ścisłe rozwiązanie możliwe ATTCAGCTCCATGC |||| ||| || || ATTCGGCTACA-GC • MSA - multiple sequence alingment ATTCAGCT-CCATGC ATTCGGCT-CCA-GC TTTGAGCTTCCATGC

  5. Macierz podstawień • PAM • BLOSSUM

  6. Algorytmy tworzenia alignmentów i wyszukiwania sekwencji • Needleman-Wuensch `70 • Smith-Waterman `70 • dotplot • BLAST `90 • SSAHA • BLAT • FASTA

  7. NEEDLEMAN WUENSCH Nic . : |

  8. Needleman-Wuensch a Smith-Waterman wyjściowo ||||||:|||.||||:||||| Smith-Waterman Alignment lokalny Needleman-Wuensch Alignment globalny ||||||:|||.||||:||||| |..| .| :.:.

  9. BLAST

  10. Sekwencja 2 Dotplots ATTCAGCTCCATGCT ATTCA-GCTCCATGCTCCATGC Sekwencja 1

  11. Sekwencja z domenami powtórzonymi – to samo białko na obu osiach Drosophila melanogaster SLIT

  12. Domeny konserwowane ewolucyjnie Sekwencja na osi horyzontalnej to ludzki antygen powierzchniowy MS2. Sekwencja na osi pionowej to adamalizyna II – metaloproteaza z jadu Crotalus adamanteus. Obie sekwencje posiadają domenę cynkowej proteazy.

  13. Wykrywanie egzonów i intronów Sekwencja na osi horyzontalnej – sekwencja nukleotydowa kalmoduliny z Apergillus nidulans translowana w trzech ramkach odczytu. Na osi pionowej – sekwencja białkowa tegoż białka.

  14. Regiony niskiej złożoności

More Related