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このスペクトルを PC 上で処理したい

このスペクトルを PC 上で処理したい. 1. VnmrJ は FID データ のみ保存 (default) /export/home/vnmr1/ vnmrsys/data/??/ の下に (?? は任意 ) SBR-test-207Pb.fid などのように名前がついた directory を作成して、 その下に fid log procpar text の４つのファイルを保存. FID を転送してきて、 PC 上で FT する。 （竹 NMR （無料）や市販の科学系のアプリケーション）

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このスペクトルを PC 上で処理したい

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Presentation Transcript

  1. このスペクトルをPC上で処理したい 1

  2. VnmrJはFIDデータ のみ保存 (default) /export/home/vnmr1/ vnmrsys/data/??/の下に(??は任意) SBR-test-207Pb.fidなどのように名前がついたdirectoryを作成して、 その下に fid log procpar text の４つのファイルを保存 • FIDを転送してきて、PC上でFTする。 • （竹NMR（無料）や市販の科学系のアプリケーション） • マクロのwritespecを使って、欲しい領域をアスキー型に変換。 • FTしたデータをPC上に転送（ちょっと工夫が必要）。 • マクロのsvspecを使って、FIDをFTした後のデータをバイナリ型で保存。 Linuxでは/home/vnmr1/vnmrsys/??となります。 2

  3. FIDを転送してきて、PC上でFTする。（竹NMR） VnmrJはFIDデータ のみ保存 (default) /export/home/vnmr1/ vnmrsys/data/??/の下に(??は任意) SBR-test-207Pb.fidなどのように名前がついたdirectoryを作成して、 その下に fid log procpar text の４つのファイルを保存 StyleでVNMRを選択 バイナリ転送 xxxx.vnd xxxx.vnp アスキー転送 化学シフト値は計算してくれないので、目安のピークの化学シフト値をメモっておく。 FTするときにはpoint数を2の累乗に修正する！ 3

  4. writespec(‘test20091001.vdt’) /export/home/vnmr1/の下に作成。 もっと使いやすくする ためにはDr. 芦田に聞く。 4 • マクロのwritespecを使って、欲しい領域をアスキー型に変換。 まずは拡大 この時の、cr（左端のppm）とcr+delta（右端のppm）がテキストファイル中の1行目と2行目に書き込まれます。 y軸方向の強度データはvsに依存します。

  5. 左端（１点目）の化学シフト値 右端（Ｎ点目）の化学シフト値 １点目からＮ点目までの強度データ（Ｙ軸の値） こいつをPC上にアスキー転送 します。 Dr.芦田 修正版 5

  6. 読み込んだ例 6

  7. 3. FTしたデータをPC上に転送（ちょっと工夫が必要）。 /export/home/vnmr1/vnmrsys/ あるいは /home/vnmr1/vnmrsys/ の下にexp18というフォルダが あります。 7

  8. FT後のpointの４倍 /export/home/vnmr1/vnmrsys/ あるいは /home/vnmr1/vnmrsys/ ところが、exp18のデータを取得したいときにVnmrJ上のviewpointの中にexp18を読み込んでいると、FT後のpointの4倍になりません！ そこで、FTしたら、viewpointからexp18をはずします。 8

  9. viewpoint1に例えばexp19のデータを読み込む Exp18以外ならなんでもOK Exp18のデータをviewpoint1に読み込んでいます。 全てのviewpointからexp18を除く必要があります。 9

  10. curpar => xxxx.vnp phasefile => xxxx.vnj FT後のpointの４倍 ２つのファイルをPC上にFTP転送する。 curparはパラメータでtext型なので、アスキーで転送する。 phasefileはFT後のデータでbinary型で転送。 10

  11. svspec(‘test’) 4. マクロのsvspecを使って、FIDをFTした後のデータをバイナリ型で保存。 svspec もっと使いやすくする ためにはDr. 芦田に聞く。 /export/home/vnmr1/の下に通常の保存と同様、test.fidというディレクトリ（フォルダ）を作成し、その下にfid, log, procpar, textを作成します。さらにspectrumというFT後のデータファイルも作成。 11

  12. /export/home/vnmr1/ あるいは /home/vnmr1/ ２つのファイルをPC上にFTP転送する。 procparはパラメータでtext型なので、アスキーで転送する。 spectrumはFT後のデータでbinary型で転送。 procpar => xxxx.vnp spectrum => xxxx.vnj 12

  13. 転送後、PC上の適当なディレクトリに入れる。転送後、PC上の適当なディレクトリに入れる。 13

  14. おまけ 使っているマクロ "writespec - write a (portion of a) spectrum into an ASCII file" " S.L.Patt, 30 March 1993" "usage: writespec('filename') writes the spectrum from sp+wp to sp" " into a file in an ASCII format" " modified to write start and end 2006-04-10 JA " $start=0 $end=0 $sp=sp $wp=wp cr = $sp+$wp delta = $wp $start=cr/sfrq $end=(cr-delta)/sfrq f $dd=sw-wp wp=$wp sp=$sp $res=sw/(fn/2) if $dd<$res/2 then $res=sw/(fn/2-1) endif if ($#<1) then write('error','Usage: writespec(\'filename\')') else mark('reset') write('line3','Creating file %s...',$1) write('reset',$1) write('file',$1,'%f',$start) write('file',$1,'%f',$end) $delta=$res $f=sp+wp repeat mark($f):$ht write('file',$1,'%f',$ht) $f=$f-$delta until $f<sp write('error','Done!') endif Maclibディレクトリ中に例えば p というファイルを作って axis=‘p’と書いておく。 p; axis='p' /* change scale unit to ppm */ h; axis='h' /* change scale unit to Hz */ k; axis='k' /* change scale unit to kHz */ lr0; lp=0 rp=0 /* reset phase ph0=0 and ph1=0 */ ds0; dscale(0) /* reset vertical position of scale to zero */ ff; ds('expand') full /* expand spectrum to full scale (horizontal) */ d; dssh dssl /* display series of spectra with # */ a; vsadj ds /* vertical adjustment of maximum peak to 80% of display size */ st1; dll fp t1 center expl /* calculate T1 */ 芦田さんが修正したwritespec シェルコマンドの変更 例えば _cshrcというファイルを用意して、中に alias dir 'ls -alF' alias rm 'rm -i' alias dire 'dir | more' などと書いておく。で、.cshrc ファイルの中（最後の行の下に書くのがわかりやすい）に # alias by A.Asano, 2006/Apr/13 # dir, rm, dire if ( -f /export/home/vnmr1/_cshrc ) then source /export/home/vnmr1/_cshrc endif コメント行 などと書いておくと、Terminalを開くと例えばそれまでは ls –alF とコマンドを打つのが dir で代用されます。 14

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