1 / 18

Antibiotikumok fejlesztése a genomika segítségével

Antibiotikumok fejlesztése a genomika segítségével. Készítette: Terecskei Kata IV.biológus. Bevezetés:. 1940-1960-as évek: antibiotikumok ‘aranykora’ 1970-es évek: megnyertnek hitt csata 1985 óta: antibiotikum rezisztencia

emmly
Download Presentation

Antibiotikumok fejlesztése a genomika segítségével

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. Antibiotikumok fejlesztése a genomika segítségével Készítette: Terecskei Kata IV.biológus

  2. Bevezetés: 1940-1960-as évek: antibiotikumok ‘aranykora’ 1970-es évek: megnyertnek hitt csata 1985 óta: antibiotikum rezisztencia Methicillin-rezisztens Staphylococcus aureus (MRSA) Vancomycin-rezisztens Enterococcusok(VRA) Streptococcus pneumoniae Enterococcus faecalis Multidrog rezisztensMycobacterium tubercolosis Pseudomonasok

  3. Gram-negatív baktériumok antibiotikum rezisztenciája Magyarországon 1990-es évekig gyógyszeripar célja: meglevő szerek fejlesztése (pl: tetraciklinek cglicilciklinek kinolok cfluorokinolok) Genomika: új molekuláris targetek Escherichia coli, Bacillus subtilis modellek helyett direkt a patogénnel való munka.

  4. Genom szekvenálás: új target azonosításának alapja • Szekvenálás automatizálása • Első publikált megszekvenált teljes bakteriális genom: Haemophilus influenzae (1995) • Mai antibiotikumok célpontja: DNS, RNS, fehérje, sejtfal-szintézis c bővülhet a hatáskör • Klasszikus módszer: cidikus vagy sztatikus vegyület keresése n Ésszerűbb target-alapú stratégia • Genomika: szekvenálás + bioinformatikai analízis

  5. Target szelektálás Kritériumok: - emberben ne forduljon elő - esszenciális legyen a baktérium növekedéséhez vagy életképességéhez - expresszálódjon a fertőzés folyamán és fontos legyen abban • Target spektrum és szelektivitás: • ORF azonosítás • In silico vizsgálatok • Filogenetikai vizsgálatok (különböző fajokban, egy faj különböző izolátumaiban) In silico vizsgálat fontossága: UDP-N-acetil-glükóz-amin enolpyruvát transzferáz (MurA)

  6. Esszenciális génről van-e szó? met-tRNS szintetáz polipeptid deformiláz Gén-inaktiválás: - plazmid-beépítés - transzpozon-inszerciós mutagenezis - allél-replacement mutagenezis - in vitro kondícionálisan letális mutánsok izolálása(géntermék szintjének vagy aktivitásának csökkentése) Problémák: - kapcsolat kimutatása a target gátlása és az antimikrobiális hatás között - nonspecifikus hatások - nem várt toxicitás

  7. Transzkripció a fertőzés során • IVET (in vivo expression technology) • DFI (differential fluorescent induction) • STM (signature tagged mutagenesis) • microarray technika • RT-PCR alapú technika

  8. Ígéretes targetek • Amino-acil tRNS szintetázok: 20 van a prokarióta sejtben c 20 új target? Mupirocin - isoleucyl tRNS szintetázt gátolja cBactrobanTM • Polipeptid deformilázok: • A deformilálás kritikus lépés a bakteriális fehérje-szintézisben, Pdf esszenciális a baktérium növekedéséhez. Jól konzervált sok patogén esetében. • Actinonin - természetben előforduló antibiotikum, Pdf-et gátolja több patogén baktériumban (de nem jó a farmakokinetikája) • Zsírsav bioszintézis: • Baktérium - de novo zsírsav bioszintézis több enzimmel • Emlős - FAS (fatty acid synthase) komplex • Kettő közt alacsony szekvencia-homológia cszelektív inhibítorok (isoniazid, thiolactomycin)

  9. Antimikrobiális szerek fejlesztése a bakteriofágok genomjának segítségével

  10. Staphylococcus aureus • nosocomális fertőzések • vancomicin, methycillin rezisztencia • megszekvenált genom - esszenciális gének azonosítása - hőmérséklet-szenzitív mutánsok vizsgálata - gén inaktiválási vizsgálatok c új targetek • 26 Staphylococcus aureus fág vizsgálata • 31 polipeptid család -bakteriális növekedést gátolták

  11. Bakteriofágok: - bakteriális fehérjék inaktiválása - metabolikus folyamatok gátlása 77-es fág ORF104 és DnaI kölcsönhatása c kis molekulájú inhibítorok hatása

  12. S. aureus fág genom 150 dsDNS bakteriofág vizsgálata: Lítikus hatás 3 csoport <20 kbp (p68 fág C1) ~40 kbp (77-es fág B1/B2) >100 kbp (G1 fág A1) Funkcionális screenelés: 77-es fág - Arzenit indukálható promóter kontrollja alá helyezett fág ORF - S. aureus ars operonjáról - kis mennyiségű 77ORF104 termék esetén is gátlás - citolitikus polipeptidek (holin, amidáz) - több fág esetében is Dot screening

  13. S. aureus DnaI • 77ORF104 celluláris targetje • DNS replikáció iniciációja • 77ORF104-DnaI kölcsönhatás: DnaI azonosítása affinitás-kromatográfiával Far-western analízis Élesztő 2 hibrid analízis

  14. DnaI esszenciális S. aureusban RpLLReDnaI - genetikailag módosított törzs Spac promóter RN4220 - kontroll törzs pMJ8426 plazmid - LacI-t konstitutívan expresszál

  15. 77ORF104 expresszió gátolja a DNS szintézist • direkt és specifikus interakció DnaI-vel • ORF67 RNS szintézist gátol

  16. Antimikrobiális szerek hatása DnaI-re • 125000 vegyület tesztelése elérhető könyvtárakból • 36 hatással volt a DnaI-77ORF104 kölcsönhatásra • 11 igen hatásosan gátolta a bakteriális növekedést

  17. Összefoglalás • DnaI és DnaN • Sok potenciális target a DNS replikációs folyamatban • Antimikrobiális hatású fág ORF-ek azonosítása • További, DnaI-hez hasonló proteinek azonosítása • Screening: fág ORF-fel bakteriális target azonosítása • Kis molekulájú inhibítorok • További patogének vizsgálata: - Streptococcus pneumoniae - Pseudomonas aeruginosa

  18. Köszönöm a figyelmet!

More Related