1 / 54

MBV3040

Forelesningsplan. NukleotidmetabolismeDNA-struktur, -topologi,- manipuleringOrganisering av kromatin/bakterielt nukleoid. Protein-DNA-interaksjoner. DNA-polymeraserDNA-replikasjon i E. coliDNA-replikasjon i eukaryote cellerDNA-reparasjon, DNA-metyleringVirusMobilt DNA, retrotransposonerTrans

gasha
Download Presentation

MBV3040

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

    1. MBV3040 Nukleinsyrenes biokjemi http://www.uio.no/studier/emner/matnat/molbio/MBV3040/v04/

    2. Forelesningsplan Nukleotidmetabolisme DNA-struktur, -topologi,- manipulering Organisering av kromatin/bakterielt nukleoid. Protein-DNA-interaksjoner. DNA-polymeraser DNA-replikasjon i E. coli DNA-replikasjon i eukaryote celler DNA-reparasjon, DNA-metylering Virus Mobilt DNA, retrotransposoner Transkripsjon i prokaryote og eukaryote celler Transkripsjonskontroll, transkripsjonsfaktorer, DNA-bindingsmotiv RNA-spleising, snRNA, ribozym, RNA-editering, RNAi tRNA, genetisk kode, mRNA, ribosomer, Translasjon, translasjonskontroll

    3. Nukleotiders funksjoner Utgjør byggesteinene i nukleinsyrer Energikilde (ATP, GTP i proteinsyntese+, UTP for sukkeraktivering, CTP i lipidmetabolisme) Regulering av metabolske veier, cAMP og cGMP for intracellulær signaloverføring Adeninnukleotider som byggesteiner i koenzymer

    4. Terminologi Norske betegnelser: Adenin Adenosin Adenylsyre/adenosinmonofosfat Guanin Guanosin Guanylsyre/guanosinmonofosfat Cytosin Cytidin Cytidylsyre/cytidinmonofosfat Uracil Uridin Uridylsyre/uridinmonofosfat Tymin Tymidin Tymidylsyre/tymidinmonofosfat Norske betegnelser: Adenin Adenosin Adenylsyre/adenosinmonofosfat Guanin Guanosin Guanylsyre/guanosinmonofosfat Cytosin Cytidin Cytidylsyre/cytidinmonofosfat Uracil Uridin Uridylsyre/uridinmonofosfat Tymin Tymidin Tymidylsyre/tymidinmonofosfat

    5. Tetrahydrofolsyre Sulfonamider – p-aminobenzoesyre (PABA) Navnet avledet fra latin folia = blad Pteroinsyre - pteroylglutaminsyreSulfonamider – p-aminobenzoesyre (PABA) Navnet avledet fra latin folia = blad Pteroinsyre - pteroylglutaminsyre

    6. Syntese av forskjellige C1-derivater av tetrahydrofolsyre, og bruk av disse

    7. Syntese av purin-og pyrimidinnukleotider De novo syntese Redningsveier (salvage pathways)

    8. De novo syntese av purinnukleotider. Hvor kommer atomene fra? Tre av atomene kommer fra samme glycinmolekyl, resten blir satt inn ett og ettTre av atomene kommer fra samme glycinmolekyl, resten blir satt inn ett og ett

    9. Purinbiosyntese: Forenklet reaksjonsskjema Start med ribose – nukleotidet syntetiseres direkteStart med ribose – nukleotidet syntetiseres direkte

    11. Syntese av fosforibosylpyrofosfat (PRPP) Pyrofosfatgruppen i alfa-orienteringPyrofosfatgruppen i alfa-orientering

    12. Syntese av ß-5-fosforibosylamin: purinatom N9 Aminogruppen med beta-orienteringAminogruppen med beta-orientering

    13. Glycinamidribotid (GAR): purinatom C4, C5 og N7

    14. Formylglycinamid ribotid (FGAR): purinatom C8

    15. Formylglycinamidin: purinatom N3

    16. 5-aminaimidazol ribotide (AIR): dannelse av purinets imidazolring

    17. Karboksyaminoimidazolribotid (CAIR): purinatom C6

    18. 5-aminoimidazol-4-(N-suksinylokarboksamid)-ribotid (SACAIR): purinatom N1

    19. 5-aminoimidazol-4-karboksamidribotid (AICAR): eliminering av fumarat

    20. 5-formaminoimidazol-4-karboksamidribotid (FAICAR): purinatom C2

    21. Syklisering for dannelse av IMP

    22. Syntese av AMP og GMP fra IMP

    23. Regulering av purinbiosyntesen

    24. De novo syntese av pyrimidinnukleotider. Hvor kommer atomene fra?

    25. Biosyntese av pyrimidiner

    26. Syntese av karbamoylfosfat

    27. Syntese av karbamoylaspartat: Det forpliktende trinn

    28. Syklisering: dannelse av dihydroorotat

    29. Oksidasjon av dihydroorotat til orotat

    30. Innføring av ribosefosfat: OMP

    31. Dekarboksylering for dannelse av UMP

    32. Syntese av UTP og CTP

    33. Enzymene som deltar i pyrimidinsyntesen Hos bakterier: 6 uavhengige proteiner Hos dyr: De tre første aktivitetene (karbamoylfosfat syntetase II, ATCase og dihydroorotase) foreligger i en enkelt polypeptidkjede på 210 kD. Også overføring av ribosefosfat til orotat og dekarboksylering til UMP katalyseres av en enkelt polypeptidkjede

    34. Regulering av pyrimidinmetabolismen

    35. Dannelse av deoksyribonukleotider

    36. Ribonukleotid reduktase Det finnes 4 velkarakteriserte klasser av ribonukleotid reduktaser: Klasse I med tyrosylradikal som stabiliseres av et binukleært Fe(III)-kompleks med okso-bro. Bred fordeling blant prokaryoter og nesten alle eukaryoter Klasse 2 med kofaktoren 5’-deoksyadenosylkobalamin (koenzym B12). Prokaryoter Klasse 3 med [3Fe-4S]- eller [4Fe-4S]-kluster som krever SAM og NADPH for aktivitet. Anaerobe prokaryoter som ikke kan syntetisere koenzym B12 Klasse 4: Mn(II)-holdige proteiner

    37. Ribonukleotid reduktase

    38. Dannelse av et radikal i det aktive sete i RNR

    39. Regulering av RNR

    40. Ribonukleotid reduktase: en mulig mekanisme

    41. Reduksjon av RNR

    42. Tymidinnukleotider I: dannelse av dUMP

    43. Tymidinnukleotider II: omsetning av dUMP

    44. Gjendannelse av N5,N10-metylen-THF fra DHF

    45. Hemming av DHF reduktase

    46. Nukleotidmetabolisme: en grov oversikt

    47. Nedbrytning av puriner

    48. Videre nedbrytning av urinsyre

    49. Purinnukleotidsyklus

    50. Nedbrytning av pyrimidiner

    51. Sykdommer forbundet med purinmetabolismen

    52. Sykdommer forbundet med pyrimidinmetabolismen

    53. Syntese av NAD(P)+

    54. Syntese av FMN og FAD

    55. Syntese av CoA

More Related