1 / 12

RAZPOREDITEV AMINOKISLIN V INTEGRALNIH MEMBRANSKIH PROTEINIH

RAZPOREDITEV AMINOKISLIN V INTEGRALNIH MEMBRANSKIH PROTEINIH. Katarina Logar. INTEGRALNI MEMBRANSKI PROTEINI. Približno 30% genov lahko kodira membranske proteine. β -sodčkasti proteini ( zunanja mem. Gram negativnih bakterij, celična stena

gavivi
Download Presentation

RAZPOREDITEV AMINOKISLIN V INTEGRALNIH MEMBRANSKIH PROTEINIH

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. RAZPOREDITEV AMINOKISLIN V INTEGRALNIH MEMBRANSKIH PROTEINIH Katarina Logar

  2. INTEGRALNI MEMBRANSKI PROTEINI • Približno 30% genov lahko kodira membranske proteine. β-sodčkasti proteini (zunanja mem. Gram negativnih bakterij, celična stena Gram pozitivnih bakterij, zunanje membrane mitohondrijev in kloroplastov) α-helikalni proteini (v vseh drugih tipih bioloških membran) • razporeditev AK v TM delih • primerjava razporeditve AKmed TM α-heliksi in β-trakovi

  3. Določanje razporeditve aminokislin v TM delu • 1. SEKVENČNA METODA: temeljina zaporedjih vseh strukturno znanih α-heliksov in β-trakov (izračuna se frekvenco pojavljanja vsake aminokisline na določeni poziciji v TM α-heliksu oz. β-traku) • 2. STRUKTURNA METODA: temelji na Cαkoordinatah aminokislin glede na center domnevnega lipidnega dvosloja

  4. Porazdelitev aminokislin vzdolž dvosloja Ulmschneider MB & Sansom MSP (2001) Amino acid distributions in integral membrane protein structures. BBA 1512, 1-14

  5. Aminokislinska sestava TM dela α-helikalnih in β-sodčkastih proteinov • hidrofobneAK (Ala, Ile, Leu,Val)predstavljajo1/3 (34%) vseh AK v α-helikalnih proteinih in 28% v β-sodčkastih proteinih Št. AK Ulmschneider MB & Sansom MSP (2001) Amino acid distributions in integral membrane protein structures. BBA 1512, 1-14

  6. Pogostnost aminokislin v TM delih za α-helikalne in β-sodčkaste membranske proteine • nabite AK bolj pogosto v TM delu β-sodčkov, medtem ko hidrofobnebolj pogosto v TM delu α-helikalnihproteinov • Leu 2x bolj pogosto v α- helikalnih proteinih (močan tvorec heliksa) kot vβ-sodčkih • Val, Ilebolj pogosta v TM delih α-helikalnihproteinov Ulmschneider MB & Sansom MSP (2001) Amino acid distributions in integral membrane protein structures. BBA 1512, 1-14

  7. Polarni nabiti ostanki (Arg, Asp, Glu, Lys) • α-helikalni proteini:na površini proteinovv interfazi lipidi/voda (interagirajo z lipidnimi glavami) • β-sodčki: pogosto se pojavljajo tudi v sredini TM dela Polarni nenabiti ostanki 2 različna tipa “obnašanja”: • Asn, Gln – izogibanje TM regiji • Ser, Thr – ne kažeta preference za transmembranski ali zunaj membranski del

  8. Hidrofobni ostanki • Hidrofobni alifatski ostanki (Ala, Ile, Leu, Val) locirani v TM delu tako pri α-helikalnih proteinih kot pri β-sodčkih Leu - kaže največjo preferenco za TM del pri obeh tipih proteinov - 2x več na površini proteina v primerjavi z ostalim delom proteina pri β-sodčkih

  9. Hidrofobni ostanki Ulmschneider MB & Sansom MSP (2001) Amino acid distributions in integral membrane protein structures. BBA 1512, 1-14

  10. Aromatski ostanki • v TM delu skriti v proteinu, na koncih TM dela usmerjeni proti glavam lipidov (v interfazi) • Tyr in His - v obeh interfazah očitni vrhovi • Trp bolj na ne-citoplazemski strani • Phe je razporejen po celotni TM regiji • “aromatski pasovi” so v β-sodčkih bolj blizu skupaj kot pri α-helikalnih proteinih (ožji dvosloj zunanjih membran Gram negativnih bakterij) Ulmschneider MB & Sansom MSP (2001) Amino acid distributions in integral membrane protein structures. BBA 1512, 1-14

  11. ZAKLJUČKI HIDROFOBNI OSTANKI- v TM delu • β-sodčki: na površini proteina (izjema Ala) • α-helikalni membranski proteini: enakomerno porazdeljeni med notranjostjo in površino proteina AROMATSKI OSTANKI - skriti v notranjosti proteina v TM delu, na površini proteinovv interfazah lipidi/voda (sedlasti tip distribucije) NABITI OSTANKI - na površini proteinovvinterfazah lipidi/voda, pogosto tudi v TM delu β-sodčkov (vodi dostopne površine)

More Related