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二次構造予測

二次構造予測. http://pbil.ibcp.fr/htm/ index.php. NPS@ に、二次構造予測等いろいろなツールがある。. 様々な二次構造予測手法が提案されているが、 ここでは PHD 法を使ってみる。 “Secondary structure consensus prediction” で複数の予測手法の結果から 共通する構造を得ることもできる。. アミノ酸配列をペーストする。 “>” から始まるヘッダ行は取り除くこと。 Output width は、結果の表示幅（残基数）。 変えなくてもいい。.

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二次構造予測

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Presentation Transcript

  1. 二次構造予測 http://pbil.ibcp.fr/htm/index.php NPS@ に、二次構造予測等いろいろなツールがある。

  2. 様々な二次構造予測手法が提案されているが、様々な二次構造予測手法が提案されているが、 ここでは PHD 法を使ってみる。 “Secondary structure consensus prediction” で複数の予測手法の結果から 共通する構造を得ることもできる。

  3. アミノ酸配列をペーストする。 “>”から始まるヘッダ行は取り除くこと。 Output width は、結果の表示幅（残基数）。 変えなくてもいい。

  4. PDB (Protein Data Bank) http://www.rcsb.org/ ヘリックスやストランドの位置を PDBにある立体構造解析の結果と 比較してみよう。 αヘリックスはよく予測できるが、βストランドは難しい。

  5. パスウェイデータベース(KEGG) http://www.genome.jp/kegg/kegg_ja.html 代謝経路や遺伝子名、 関連する病気等が分かっていれば一覧から探す

  6. アミノ酸配列からパスウェイを検索 http://www.genome.jp/kegg/kegg_ja.html 画面下方の「解析ツール」にある BLAST を使う

  7. 準備ができたら右上の 「Compute」ボタンを押す。 各自のタンパク質の配列を貼り付ける。 “>”から始まるヘッダはあってもなくてもよい。 データベースは “KEGG GENES”。 必要なら nr (全データベース)等も選べる。 BLASTPになっていることを確認 (アミノ酸vsアミノ酸の検索) 結果をリストアップする個数。 5か10くらいに減らす。（少ないほど高速）

  8. BLAST検索結果 よく似ている遺伝子から順に表示される 配列（遺伝子）名 生物種:遺伝子ID hsaヒト ponオランウータン ptrチンパンジー mmuマウス sce出芽酵母　　... etc. E-value 偶然同程度に似た配列が、そのデータベースに 何本含まれるかという期待値。 小さいほどよく似ている（偶然の一致ではない）。 e-126 は 10-126を表す 配列の比較図（アライメント）や 相同性等の統計値が表示される。 今回は不要。 トップヒットの青字部分をクリックして KEGGエントリを見る。

  9. 遺伝子の一般名 遺伝子が関与する パスウェイ パスウェイのひとつをクリックする。 （もしもパスウェイが表示されていなければ、 　他の配列でBLAST検索からやり直してみてください。）

  10. KEGG パスウェイ 経路名 緑箱は各遺伝子 白箱はその生物が持っていない遺伝子 　　　　　　　小さな白丸は物質 遺伝子や物質、他の経路などは クリック可能 前の画面で選んだ遺伝子が 赤く強調表示される。 他の経路 へのリンク この経路はグルタチオン代謝系。 2.5.1.18 はRXにグルタチオンを転移させ無毒化する酵素。

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