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MODULOME

MODULOME. Recherche des CRISPRs : Résultats. Christine ROUSSEAU. Recherche des CRISPR. Observés chez les archéas et les bactéries Rôle supposé : mémoire immunitaire. Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat. CRISPR : vers un modèle. Unités régulièrement espacées

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Presentation Transcript

  1. MODULOME Recherche des CRISPRs : Résultats Christine ROUSSEAU

  2. Recherche des CRISPR Observés chez les archéas et les bactéries Rôle supposé : mémoire immunitaire Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat

  3. CRISPR : vers un modèle Unités régulièrement espacées Présence d'un leader en amont ou aval du CRISPR à une distance variable Présence d'un gène CAS Gène CAS

  4. Méthode Extraire les λµ local maximal repeat Recherche des λµ local maximal repeat chevauchants et régulièrement espacés Alignement multiple pour déterminer le consensus. Etude des régions flanquantes

  5. Etape 1 : Extraction des λµ local maximal repeat Objectif : n'extraire que les répétitions localement répétées. Position min = 25 Position max = 189 λ= scope = position max – position min = 164

  6. Etape 1 : Extraction des λµ local maximal repeat µ partitions contenant au moins 2 éléments scope1= 81 scope2= 8 µ=2, scope = moyenne des scopes locales = 44,5

  7. Etape 1 : Extraction des λµ local maximal repeat µ partitions contenant au moins 2 éléments scope1= 4 scope3= 8 scope2 = 27 µ=2, scope = moyenne des scopes locales = 44,5 µ=3, scope = 13

  8. Etape 1 : Extraction des λµ local maximal repeat µ partitions contenant au moins 2 éléments scope1= 4 scope3= 2 scope2 = 27 scope4= 4 µ=2, scope = moyenne des scopes locales = 44,5 µ=3, scope = 13 µ=∞, scope = 9

  9. Etape 1 : Extraction des λµ local maximal repeat Et pour les CRISPRs ? μ = ∞ = 50 λ = 500

  10. Etape 2 : rechercher les λµ LMR régulièrement espacés Calcul de la période dans une fenêtre de taille = nombre minimum d’occurrences.On augmente la taille de la fenêtre tant que l'on a la même période.

  11. Etape 2 : rechercher les λµ LMR régulièrement espacés Calcul de la période dans la fenêtre : P = médiane des distances entre 2 unités Toutes les distances entre unités = P +/- 25% Si vrai, on augmente la taille de la fenêtre Sinon on recalcule la période en supposant la présence d’un parasite.

  12. Etape 3 : alignement multiple des unités

  13. Pyrococcus abyssi GE5

  14. Détection des CRISPRs chez les thermococcales : résultats • Pyrococcus abyssi : 3 CRISPRs • Pyrococcus horikoshii : 6 CRISPRs • Pyrococcus furiosus : 7 CRISPRs • Thermococcus kodakarensis : 3 CRISPRs

  15. Détection des CRISPRs chez les thermococcales :Analyse des spacers Blast contre banques virales et plasmids

  16. Détection des CRISPRs chez les thermococcales : Comparaison des résultats avec les autres méthodes

  17. Etape 4 : leader et gène CAS ? Propriétés connues : Emplacement +/- 1.000 Bp d’un CRISPR Domaines conservés Idée : Rechercher les maximal repeat au voisinage des régions CRISPR isolées et présents seulement dans ce voisinage (δ neighbour)

  18. Pyrococcus horikoshii

  19. Vers une base de données CRISPR • génome • coordonnées • séquence consensus + logo • unités / spacers • image Pygram • gènes CAS si connus

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