1 / 9

Odvození zarovnání více řetězců z párového zarovnání, SP-skóre

Odvození zarovnání více řetězců z párového zarovnání, SP-skóre. Ondřej Kazík 2008. Zarovnání více řetězců. Nalézt konsensuální řetězec x: AC-GCGG-C y: AC-GC-GAG z: GCCGC-GAG Možnost 1: zpětný běh vícerozměrného algoritmu dyn. programování

josh
Download Presentation

Odvození zarovnání více řetězců z párového zarovnání, SP-skóre

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Odvození zarovnání více řetězců z párového zarovnání, SP-skóre Ondřej Kazík2008

  2. Zarovnání více řetězců • Nalézt konsensuální řetězec x: AC-GCGG-C y: AC-GC-GAG z: GCCGC-GAG • Možnost 1: zpětný běh vícerozměrného algoritmu dyn. programování • Složitost O(2knk) porovnání k bází o délce n • Lze odvodit vícerozměrné zarovnání z párového?

  3. Profil • Reprezentace konsesuálního řetězce • Na každé pozici četnost báze/vynechání - 0 0 2 0 0 2 0 1 0 A 2 0 0 0 0 0 0 2 0 C 0 3 1 0 3 0 0 0 1 G 1 0 0 3 0 1 3 0 2 T 0 0 0 0 0 0 0 0 0 • Každá sekvence je převoditelná na profil • Jak porovnávat dvojici profilů? • Jak sloučit dva profily?

  4. Globální zarovnání profilů • Obdoba algoritmu globálního zarovnání (např. s afinními pokutami za mezery) • Změna ve výpočtu δ(vi, wj)profilů – součet všech δ(a,b) kde a je z vi a b je z wj • Například δ({’-’,3x’A’},{‘-’,’A’,’C’})=δ(-,-)+4δ(-,A)+δ(-,C)+3δ(A,A)+3δ(A,C) • Při insertu k pozic do prvního profilu přičítáme: –4(ρ+kσ) • Do druhého: –3(ρ+kσ)

  5. Vytvoření společného profilu • Zpětný chod nejlepší cesty grafem • Pro každý uzel: • Pro match/replace: sloučit profily (sečíst odpovídající četnosti) • Pro insert/replace: sloučit profil s odpovídajícím počtem mezer Union({’-’,3x’A’},{‘-’,’A’,’C’})=[‘-’,4x’A’,’C’]

  6. Algoritmus zarovnání: hladový přístup • Odvození zarovnání mnoha řetězců z párového není možné jednoznačně • Heuristiky • Hladový algoritmus: • Převést sekvence na profily • Spočítat skóre pro vš. profilypi, pj, i<j • Vymazat profily s největším skórem a přidat společný profil • Opakovat 2 – 3 dokud není jen jeden profil

  7. Hladový algoritmus: příklad

  8. SP-Skóre • Předpokládáme aditivní skóre • SP (součet párů) na zarovnání více řetězců: součet všech skóre na indukovaných párových zarovnání s(a1,…,ak) = Σi,j s*(ai, aj) • Alternativa: součet SP-skóre přes všechny sloupce zarovnání – na každé pozici sčítám d přes všechny dvojice G 1 Score = 1 – 2m -m C G -m Column 3

  9. SP-skóre profilu • Skóre je odvoditelné přímo z profilu • Posloupnosti: S1: ATG S2: ATG S3: A__ S4: _T_ • Profil: [{3x’A’,’-’},{3x’T’,’-’},{2x’G’,2x’-’}] • Skóre: SP-score=SP-score(A,A,A,-)+SP-score(T,T,T,-)+ SP-score(G,G,-,-)=-3-3-4=-13

More Related