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Patrick CLARYSSE, CR CNRS Pierre CROISILLE, MCUPH Isabelle MAGNIN, DR Inserm Jo l SCHAERER, doctorant 2004 Bertrand DEL

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Patrick CLARYSSE, CR CNRS Pierre CROISILLE, MCUPH Isabelle MAGNIN, DR Inserm Jo l SCHAERER, doctorant 2004 Bertrand DEL

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Presentation Transcript

    1. 1

    2. 2

    3. 3 Segmentation 3D d’IRM de petit animal [CINC 05] Géométrie extraite (fin de diastole)

    4. 4 Segmentation 3D: Développement du gabarit déformable élastique non linéaire [Rouchdy-thèse, 2005], [Rouchdy, Inv. Pb, 2007, accepted] Initialisation semi-interactive, IRM de marquage tissulaire (Collaboration avec L. Axel (New York Univ.) et D. Metaxas (Rutgers Univ)) [Schaerer, SA2PM-MICCAI, 2006] Champ de forces [Schaerer, CINC, 2005] + stagiaires 2007 Segmentation 3D+t: approche ‘naïve’ pour l’instant: report du résultat de t à t+1

    5. 5 Implantation C++, vtk, itk, PETC, MPI Initialisation automatique ou semi-automatique (Désignation de repères) Temps calcul Version MPI lancée sur cluster de PC 4-5min/noeuds/instants Données humaines et petit animal Version MPI, lancé sur le cluster. 4-5 minutes/noeuds/instants. Reduction possible avce multi-resolution sur le maillage. Xnbinstants, indépendant pour l’instant. Evolution avec la contrainte temporelle (idee 50 fois plus de calcul en 1D!) Version MPI, lancé sur le cluster. 4-5 minutes/noeuds/instants. Reduction possible avce multi-resolution sur le maillage. Xnbinstants, indépendant pour l’instant. Evolution avec la contrainte temporelle (idee 50 fois plus de calcul en 1D!)

    6. 6

    7. 7 Estimation et suivi de mouvement spatio-temporel: Recalage spatio-temporel paramétrique [Delhay, SA2PM-MICCAI, 2006] Contrainte de lissage et périodicité du mouvement Méthode: forme d’état et filtre de Kalman Implantation en 2D+t Évaluation sur séquences de synthèse Parallèlisation du code C++, itk Parallèlisation des recalages, version multi-thread : découpage en blocs, exécution sur architecture SMP Allocation/désallocation des threads Version parallèle MPI opérationnelle sur cluster mais moins efficace que la version multi-threads Version MPI lancée sur cluster. Pour l’instant, les résultats sont moins bons que pour le multi-threads. 12 proc en Multithreads et 14 proc en cluster. Perte au niveau de la communication entre les noeuds. Intérêt d’adapter la charge en fonction des performances des noeuds.Version MPI lancée sur cluster. Pour l’instant, les résultats sont moins bons que pour le multi-threads. 12 proc en Multithreads et 14 proc en cluster. Perte au niveau de la communication entre les noeuds. Intérêt d’adapter la charge en fonction des performances des noeuds.

    8. 8 Résultats: trajectoire d’un point matériel 2D

    9. 9 Production 2006 B. Delhay, ‘Estimation spatio-temporelle de mouvement et suivi de structures déformables. Application à l’imagerie dynamique du coeur et du thorax’. Thèse soutenue le 16/12/2006 B. Delhay, P. Clarysse, C. Pera, I. E. Magnin, A spatio-temporal deformation model for dense motion estimation in periodic cardiac image sequences, accepted to the Special Session on From Statistical Atlases to Personalized Models: Understanding Complex Diseases in Populations and Individuals, MICCAI, Copenhagen, October 2006 J. Schaerer, Z. Qian, P. Clarysse, D. Metaxas, L. Axel, I. E. Magnin, Fast and automated creation of patient-specific 3D heart model from tagged MRI, accepted to the Special Session on From Statistical Atlases to Personalized Models: Understanding Complex Diseases in Populations and Individuals, MICCAI, Copenhagen, October 2006 Y. Rouchdy, J. Pousin, J. Schaerer, P. Clarysse, A nonlinear elastic deformable template for soft structure segmentation. Application to the heart segmentation in MRI, accepted Inverse Problem.

    10. 10 Segmentation spatio-temporelle Base de données d’images médicales sécurisée (projet avec IN2P3, Lyon) Analyse interactive d’un examen Besoin d’une forte réactivité Contrainte temporelle pour la segmentation dans la séquence Segmentations de masse Grande capacité de stockage, BP réseau Processus automatique & robuste nécessaire Version MPI, lancé sur le cluster. 4-5 minutes/noeuds/instants. Reduction possible avce multi-resolution sur le maillage. Xnbinstants, indépendant pour l’instant. Evolution avec la contrainte temporelle (idee 50 fois plus de calcul en 1D!) Version MPI, lancé sur le cluster. 4-5 minutes/noeuds/instants. Reduction possible avce multi-resolution sur le maillage. Xnbinstants, indépendant pour l’instant. Evolution avec la contrainte temporelle (idee 50 fois plus de calcul en 1D!)

    11. 11 Modélisation ST de mouvement Adaptation locale de la complexité du modèle B. Delhay, P. Clarysse, I. E. Magnin, ‘Locally adapted spatio-temporal deformation model for dense motion estimation in periodic cardiac image sequences’, soumis à FIMH’2007 3D+t: d=3 6859x6859 blocs!!3D+t: d=3 6859x6859 blocs!!

    12. 12 Traitement de matrices creuse & blocs - Matrices de 19d x d blocs au max. Exemple d=2: 722 x 722 blocs. La taille des blocs varie de 1 à 9. - Structure de données adaptée - Opérations de base: multiplication de matrices, inversion Extension en 3D+t ... 3D+t: d=3 6859x6859 blocs!!3D+t: d=3 6859x6859 blocs!!

    13. 13 Parallélisation de codes et grille de calcul Parallélisation des opérations d’algèbre linéaire de la prédiction Portail d’execution distante sur cluster et grille (avec projet SIMRI, printemps 2007?) Workflows (ANR GWENDIA): fusion des 2 approches Portage sur la grille: Configuration compte en cours. Configuration de l’application sur la grille (bibliothèques ITK, notamment...)?Portage sur la grille: Configuration compte en cours. Configuration de l’application sur la grille (bibliothèques ITK, notamment...)?

    14. 14

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