PC クラスタの作り方 ( その２ )

PC クラスタの作り方(その２) 杉山耕一朗（北大理） 2009/02/06 epnetfan

PCクラスタとは • 複数台の PC をネットワーク接続することによって構築されるメモリ分散型の並列計算機

国立天文台 CfCA 汎用 PC システム

なぜ, PCクラスタ? • スパコンは性能当たりの価格が高い • 特注品よりも汎用品で「スーパーコンピューティングの将来」（牧野淳一郎）より抜粋 http://jun.artcompsci.org/articles/future_sc/note006.html#rdocsect5

クラスタ構築プロジェクト(kodama) • 最近立ち上げ • 機材一式を購入 • 組み立て終了 • でも卒論・修論のため，一時凍結 • 杉山が冬休みに遊んでみただけ

本日のお話 • クラスタの構成のおさらい • 実際にサーバの設定や計算ノードの追加方法を実演 • kodama プロジェクトの主力である４年生たちに，簡単に作れそうだという実感を持ってもらう • 教科書となる書籍は多分無い.

構成 • ログインノード • ユーザがログインして，ジョブを投入 • 台数は, １ないし少数 • 計算ノード • 投入されたジョブを実際に計算する • ディスクレス • 台数はお好きなだけ(9 台)

起動の流れ（計算ノード） • USB メモリから起動 • USB メモり内に, カーネルが存在 • ネットワークの設定 • root システムは，ログインノードのディスクを NFSroot するよう設定

作業1: ログインノードの構築 • Debian のインストール • 設定 • ネットワークの設定 (NIC 2 枚挿し) • 計算ノードは private IP を利用するので. • NFS の設定

作業2: 計算ノード用カーネルの作成 • 計算ノード用のカーネルを再構築 • NFSroot • IP: kernel level autoconfiguration • NIC のドライバをカーネルに組み込む

作業 3: 計算ノードのシステムを用意 • 計算ノード用のルートシステムを用意 • debootstrap --arch=amd64 lenny /home/kodama/001 • 計算ノード用のカーネルをインストール • nfs-common, sudo, ssh 等をインストール • /etc/hosts, /etc/fstab, /etc/hostname, /etc/network/interfaces を編集

作業 4: 起動用 USB ディスクを作成 • FAT16 にフォーマットして, syslinux をインストール． • fdisk 等でパーティション作成 • FAT16 でフォーマット • syslinux をインストール • カーネルを USB ディスクにコピー • syslinux 用の設定ファイルを用意 DEFAULT vmlinuz APPEND root=/dev/nfs rw nfsroot=192.168.90.100:/home/kodama/001 ¥ ip=192.168.90.1:192.168.90.100::255.255.255.0:::

実際に試してみる 構築メモを参考に

その他 • メモリテストしたら 1 枚不良があった（40枚中）． • スケジューラーの導入については, また後日. • MPI のインストールはこれから． • 早く DennouRuby の amd64 用の Debian パッケージを作って > 佐々木様

参考文献 • ディスクレスクラスタ • http://grape.mtk.nao.ac.jp/~makino/articles/diskless-note/doc/files/_/_diskless-note_cp.html • http://blog.asial.co.jp/329 • http://www.jp.debian.org/releases/stable/amd64/ch04s03.html.ja • http://www.linux.or.jp/JF/JFdocs/NFS-Root-Client.html • http://www.linux.or.jp/JF/JFdocs/NFS-Root.html

GCOE 観測ネットワークで,… • 大容量・低価格ファイルサーバを作ります • 1TB x 16, 2 台 • 誰か一緒に作りましょう国立天文台 CfCA 大容量・低価格ファイルサーバ

PC クラスタの作り方 ( その２ )

PC クラスタの作り方 ( その２ )

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