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Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima

Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima. Conceito de verossimilhança ( Likelihood ) Cálculo da verossimilhança Busca de árvores ótimas

luther
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Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima

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Presentation Transcript

  1. Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima • Conceito de verossimilhança (Likelihood) • Cálculo da verossimilhança • Busca de árvores ótimas Objetivos: Compreender como o critério de verossimilhança pode ser aplicado na inferência de árvores filogenética e, também, a necessidade de busca de árvores ótimas.

  2. Método de verossimilhança máxima 1. Conceito de verossimilhança 181

  3. Métodos de distâncias 1. Distâncias genéticas 181

  4. Métodos de distâncias Sequências alinhadas Árvore Comprimentos dos ramos Modelos de substituição 1. Distâncias genéticas • Inferência filogenética por verossimilhança máxima Verossimilhança (L)  Probabilidade (Amostra | Hipóteses)

  5. Método de verossimilhança máxima T 1. Conceito de verossimilhança 183

  6. Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima • Conceito de verossimilhança (Likelihood)  • Cálculo da verossimilhança • Busca de árvores ótimas

  7. Método de verossimilhança máxima 2. Cálculo da verossimilhança

  8. Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima • Conceito de verossimilhança (Likelihood)  • Cálculo da verossimilhança  • Busca de árvores ótimas

  9. Método de verossimilhança máxima 3. Busca de árvores ótimas 183

  10. Método de verossimilhança máxima 3. Busca de árvores ótimas 189

  11. Método de verossimilhança máxima 3. Busca de árvores ótimas The number of (unrooted) binary tree topologies increases tremendously with the number of taxa (n), which can be computed according to 190

  12. Número de possíveis árvores filogenéticas Número de árvores com raiz com bifurcações, NR, para n OTUs Número de árvores sem raiz com bifurcações, NU, para n OTUs Método de verossimilhança máxima 3. Busca de árvores ótimas

  13. 945 945

  14. Método de verossimilhança máxima 3. Busca de árvores ótimas 6.4.2 Full-tree rearrangement Full-tree rearrangement operations change the structure of a given tree with n leaves. They employ the following principle. From a starting tree a number of trees (the neighborhood of the starting tree) are generated according to specified rules. 190

  15. 191

  16. Método de verossimilhança máxima 3. Busca de árvores ótimas 190

  17. Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima • Conceito de verossimilhança (Likelihood)  • Cálculo da verossimilhança  • Busca de árvores ótimas 

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