1 / 17

癌旁肺组织基因表达谱与 肺鳞癌进展的相关性研究

癌旁肺组织基因表达谱与 肺鳞癌进展的相关性研究. 曹邦荣，冯林，刘宇，高燕宁，张开泰，程书钧 北京协和医学院肿瘤医院肿瘤研究所，病因及癌变研究室，北京 100021. 研究背景. 慢性炎症与肿瘤 癌旁组织广泛存在炎症反应。 炎症反应诱发局部 DNA 损伤，诱导 EMT ，诱导血管生成。 慢性炎症与肝癌，胃癌，结直肠癌，肺癌的发生具有重要关系。 癌旁组织与某些肿瘤的预后相关 肝癌癌旁组织的基因表达谱肝癌预后相关（ Budhu et al. ， 2006 ）。 肺腺癌癌旁组织中 15 个细胞因子的表达谱与肺腺癌转移相关（ Seike et al. ， 2007 ）。.

maisie-mcconnell
Download Presentation

癌旁肺组织基因表达谱与 肺鳞癌进展的相关性研究

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. 癌旁肺组织基因表达谱与肺鳞癌进展的相关性研究 曹邦荣，冯林，刘宇，高燕宁，张开泰，程书钧 北京协和医学院肿瘤医院肿瘤研究所，病因及癌变研究室，北京100021

  2. 研究背景 • 慢性炎症与肿瘤 • 癌旁组织广泛存在炎症反应。 • 炎症反应诱发局部DNA损伤，诱导EMT，诱导血管生成。 • 慢性炎症与肝癌，胃癌，结直肠癌，肺癌的发生具有重要关系。 • 癌旁组织与某些肿瘤的预后相关 • 肝癌癌旁组织的基因表达谱肝癌预后相关（ Budhu et al.，2006）。 • 肺腺癌癌旁组织中15个细胞因子的表达谱与肺腺癌转移相关（ Seike et al.，2007）。

  3. 研究目的： • 探索癌旁肺组织与肺鳞癌发生发展的关系 • 样本 • 15例非癌症病人外周肺组织。 • 60例原发性肺鳞癌病人癌旁肺组织。 • 技术手段 • Agilent 4×44k 基因表达谱芯片分析。 • 基于表达谱的基因网络分析。 • 现有Pathway的GSEA分析。 实验方案：

  4. 研究目的： • 探索癌旁肺组织与肺鳞癌发生发展的关系 • 样本 • 15例非癌症病人外周肺组织。 • 60例原发性肺鳞癌病人癌旁肺组织。 • 技术手段 • Agilent 4×44k 基因表达谱芯片分析。 • 基于表达谱的基因网络分析。 • 现有Pathway的GSEA分析。 实验方案：

  5. 实验结果 • 癌旁肺组织与非癌症病人肺组织基因表达谱差异分析 • 肺鳞癌癌旁组织中基因共表达网络分析 • 针对Pathway的GSEA分析

  6. 实验结果 癌旁肺组织与非癌症病人肺组织基因表达谱差异分析 经过非配对T检验，校正P值为6×10-5，得到2595个差异探针。 聚类分析

  7. 肺鳞癌癌旁组织中基因共表达网络分析 实验结果 • 表达数据预处理 • 标准化。 • 同一个基因选取表达均值最大的探针。 • 选取在60例肺鳞癌癌旁组织中表达变异最大的前2000个基因进行网络分析。 • “WGCNA”分析 • 根据拓扑结构建立基因之间的Sub network。 • Scan free network 。

  8. 实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析 参数设定 13 modules: 13 sub networks

  9. 基因网络概况 实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析

  10. 各基因网络与临床表形的相关性 实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析

  11. 实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析 Module pink 结构信息 87 genes

  12. 实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析 Module pink 基因功能分析 GO terms KEGG pathways

  13. 实验结果 针对Pathway的GSEA分析 • 根据基因表达谱建立 的基因网络显示与淋巴结转移、临床分期相关。 • 直接考察现有的基因Pathway与淋巴结转移的关系，是否仍有类似的结果？

  14. bioCarta; CXCR4 Signaling Pathway 实验结果：针对Pathway的GSEA分析 淋巴结转移 KEGG： ECM-receptor interaction

  15. 实验结果：针对Pathway的GSEA分析 与淋巴结转移显著相关的信号通路 KEGG： ECM-receptor interaction bioCarta; CXCR4 Signaling Pathway

  16. 小结 • 肺鳞癌癌旁肺组织中基因表达谱与肺癌症病人肺组织相比，发生了明显的改变。 • 肺鳞癌癌旁肺组织中，血管生成因子、细胞因子、免疫分子的基因表达谱与淋巴结转移以及TNM分期具有显著相关性。 • 利用癌旁组织作为研究材料，有助于进一步探索肿瘤发生发展的分子机理。

More Related