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Purl 設計 打ち合わせ資料

Purl 設計 打ち合わせ資料. 2012 年 5 月 30 日. アジェンダ. Purl 設計の基本方針（案 ） Purl アプリケーションの機能、操作紹介 Purl の使用例. 資料. Purl のマニュアル、ヘルプ http://purl.jp/docs/help.html. Purl 設計の基本方針（案）. “http://purl.jp” の 以下（ドメイン名など）は、後述のルールに則り、ユーザ（各研究開発グループ）が自由に設計、デザインできるようにする。 ルール１．

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Presentation Transcript

  1. Purl設計打ち合わせ資料 2012年5月30日

  2. アジェンダ • Purl設計の基本方針（案） • Purlアプリケーションの機能、操作紹介 • Purlの使用例

  3. 資料 • Purlのマニュアル、ヘルプ • http://purl.jp/docs/help.html

  4. Purl設計の基本方針（案） • “http://purl.jp”の以下（ドメイン名など）は、後述のルールに則り、ユーザ（各研究開発グループ）が自由に設計、デザインできるようにする。 • ルール１． • “http://purl.jp”　の直後に、必ずドメイン名を付けるようにする。識別記号、番号はドメイン名の後ろに付ける。 • 例、http://purl.jp/nbdc/term0000000001 • ルール２． • “http://purl.jp”　の直後のドメイン名に、一般的な名称を付けることを避ける。 • 例、http://purl.jp/compound/0000000001　（compoundが一般名称のため不適切） • ドメイン名　ontologyは？ • ルール３． • ドメイン名は、管理者（NBDC）の承認の後、使用できるものとする。 • ルール４． • ドメイン名は、後ろに複数のサブドメインを持つことを認める。 • 例、http://purl.jp/nbdc/ontology/test/0000000001

  5. Purlの各部分の名称 • http://purl.jp/docs/help.html#overview jp

  6. Purlアプリケーションの機能、操作紹介

  7. Purlアプリケーションの操作概要 • ユーザー登録（ID, PWなど） • 管理者によるユーザー登録の承認 • 新規ドメインの作成 • 作成したドメインは指定するユーザーのみ使用可能 • 管理者によるドメイン名の承認 • Purlとターゲット（オリジナル）URIの設定

  8. ユーザー登録

  9. 管理者によるユーザー登録の承認

  10. 新規ドメインの作成 jp

  11. 管理者によるドメイン名の承認

  12. PurlとターゲットURIの設定 Purl “http://purl.jp/nbdc/test/term0000000001” ⇒ Target URI “http://wg.biosciencedbc.jp”

  13. 片山先生からの提案 • RDF を生成するにあたり大量の URL を新規に生成する必要があるが、名前空間を指定するとまだ使われていない ID を返してくれるようなサービスがあれば便利で付加価値にもなる。 • 「http://purl.jp/名前空間/」を指定して API に問い合わせすると、まだ使われていないIDを生成・予約して「http://purl.jp/名前空間/新規ID」を返してくれるイメージ。

  14. Create an Advanced PURLhttp://purl.jp/docs/help.html#purladvcreate

  15. Advanced PURLPartial PURL • PURLs設定 • （PURL） http://localhost:8080/net/partialexample/ • （Target） http://example.com/partialtest/ • 処理例１ • (PURL) http://localhost:8080/net/partialexample/foo/bar/baz • (Target) http://example.com/partialtest/foo/bar/baz • 処理例2 • (PURL) http://localhost:8080/net/partialexample/foo?bar=baz • (Target) http://example.com/partialtest/foo?bar=baz

  16. Advanced PURLPartial-append-extension • PURLs設定 • （PURL）http://localhost:8080/net/partialappendextension/（Target） http://example.com/partialappendtest/ • 処理例１ • (PURL) http://localhost:8080/net/partialappendextension/foo/bar/bam?id=fizzle • (Target) http://example.com/partialappendtest/bar/bam.foo?id=fizzle • 拡張子を、クエリーストリングの前に付与する

  17. Advanced PURLPartial-ignore-extension • PURLs設定 • （PURL）http://localhost:8080/net/partialignoreextension/（Target） http://example.com/partialignoretest/ • 処理例１ • (PURL) http://localhost:8080/net/partialignoreextension/foo.html • (Target) http://example.com/partialignoretest/foo • 拡張子を取り除く

  18. Advanced PURLPartial-replace-extension • PURLs設定 • （PURL） http://localhost:8080/record/ • （Target） http://example.com/records/ • 処理例１ • (PURL) http://localhost:8080/record/htm/foo/bar.html • (Target) http://example.com/records/foo/bar.htm • 拡張子の入れ替え。

  19. バッチ処理 • APIによるバッチ処理機能がある。 • 確認中 • http://purl.jp/docs/help.html#purls • http://code.google.com/p/persistenturls/wiki/PURLBatchUploadingVersionOne • http://code.google.com/p/persistenturls/wiki/PURLRESTAPI <!-- Type 302.  Simple redirection to a target URL --><purl id="/tld/subdomain/test302" type="302"><maintainers><uid>uche</uid></maintainers><target url="http://example.com/test302target/"/></purl> <!-- Type partial.  Partial-redirect PURL --> … </purl>

  20. Purlの使用例

  21. UniProtのURI例 • http://purl.uniprot.org/uniprot/P12345 • http://purl.uniprot.org/enzyme/1.3.1.47 • http://purl.uniprot.org/go/0000953 • http://purl.uniprot.org/journals/3523 • http://purl.uniprot.org/keywords/90 • http://purl.uniprot.org/locations/476 • http://purl.uniprot.org/tissues/2 • http://purl.uniprot.org/unipathway/611 ドメイン PURLネーム ホスト名 PURLid

  22. Allie • http://purl.org/allie/id/shortform/165493 • http://purl.org/allie/id/longform/694079 • http://purl.org/allie/ontology/201102# ドメイン PURLネーム ホスト名 PURLid

  23. BioPortalのURI例（オントロジー） • http://purl.bioontology.org/ontology/tJADNI2/beta_amyloid Bioportalontology共通 オントロジー登録時に入力した情報（ ONTOLOGY ABBREVIATION ） オントロジーのクラス名 ドメイン PURLネーム ホスト名 PURLid

  24. オントロジーの例 • 例３．National Drug Files ontologyhttp://purl.bioontology.org/ontology/NDFRT/N0000001689 • 例４．Cell type ontologyhttp://purl.org/obo/owl/CL#CL_0000610 ドメイン PURLネーム ホスト名 PURLid

  25. PDB/RDFのURI例 Subject:http://pdbj.org/rdf/1GOF/entity/1 Property:PDBo:link_to_enzyme Object:http://purl.uniprot.org/enzyme/1.1.3.9 ドメイン PURLネーム ホスト名 PURLid

  26. タイムスケジュール ・2012年3月19日 purlのテスト環境提供(http://purl.biosciencedbc.jp/)・5月7日 purl.jpサーバー立ち上げ。purl.jp運用準備完了。・5月中旬 URI設計の基本方針検討（NBDC内部）実務者連絡会メーリングリストでURI設計について意見募集・5月30日 URI設計方針の打ち合わせ（実務者連絡会有志）・6月中旬までに purl.jp設計の基本方針決定・6月中旬から下旬 purl.jp運用開始

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