Download
1 / 50
510 likes | 895 Views
Analisis de ligamiento. Gisella Orjeda. Desviaciones de la segregacion independiente.
E N D
Analisis de ligamiento Gisella Orjeda Genetica General 2006-II
Desviaciones de la segregacion independiente Una frecuencia de recombinantes significativamante menor de 50% indica que los genes estan ligados. Una frecuencia de 50% generalmente significa que los genes son independientes y residen en cromosomas separados Genetica General 2006-II
Alfred Sturtevant 1911 Genetica General 2006-II
A finales de 1911 en conversaciones con Morgan, de pronto me di cuenta que las variaciones en la fuerza del ligamiento, atribuidas ya por Morgan a diferencias en la separación espacial de los genes, ofrecía la posibilidad de determinar secuencias en la dimensión linear de un cromosoma. Fui a casa y pase la mayor parte de la noche produciendo el primer mapa cromosómico” Genetica General 2006-II
Mapas de ligamientoprincipio • A mayor distancia entre genes ligados, mayor probabilidad de ocurrencia de un cross-over y por lo tanto mayor proporcion de recombinantes. Genetica General 2006-II
Mapas de ligamiento: principio Genetica General 2006-II
Linkage mapsprinciple • A mayor distancia entre genes ligados, mayor probabilidad de ocurrencia de un cross-over y por lo tanto mayor proporcion de recombinantes. • Determinando la frecuencia de recombinantes podemos obtener una medida de la distancia entre los genes. Genetica General 2006-II
Cruce de tres puntos (1) Genetica General 2006-II
Cruce de tres puntos(2) v+/v+. cv/cv . ct/ct X v/v . cv+/cv+ . ct+/ct+ v+. cv. ct v . cv+ . ct+ F1 trihybrid v/v+ . cv/cv+ . ct/ct+ Genetica General 2006-II
P1 v+ . cv. ct v . cv+ . ct+v/v+ . cv/cv+ . ct/ct+ X v/v . cv/cv . ct/ct Genetica General 2006-II
v+. ct. cv v . ct+ . cv+ 13.2 6.4 Cruce de tres puntos (4) • v.cv 268/1448= 18.5 • v . ct 191/1448= 13.2 • cv . ct 93/1448= 6.4 v ct cv Genetica General 2006-II
13.2 6.4 Cruce de tres puntos (5) v+ . ct. cv v . ct+ . cv+ v ct cv 18.5 v . ct. cv+ v+ . ct+. cv Genetica General 2006-II
v+ . cv. ct v . cv+ . ct+v/v+ . cv/cv+ . ct/ct+ X v/v . cv/cv . ct/ct Genetica General 2006-II
13.2 6.4 Cruce de tres puntos (7) v+ . ct. cv v . ct+ . cv+ v ct cv 19.6 v . ct. cv+ 45+40+89+94+3+3+5+5= 284 v+ . ct+. cv 284/1448= 19.6 Genetica General 2006-II
Distancia de Haldane • Funcion aditiva que toma en cuenta la distancia considerando recombinantes multiples. Genetica General 2006-II
Cruce de tres puntos (8) • Crossovers se inhiben uno al otro en una interaccion que llamamos : • Interferencia Genetica General 2006-II
13.2 6.4 Como se mide la interferencia? • Si los crossing over son independientes podemos usar la regla del producto para predecir la frecuencia de dobles recombinantes. 0.132 x 0.064= 0.0084 0.84% of 1448 = 12 recombinantes pero solo observamos 8 Genetica General 2006-II
frecuencia observada o numero de dobles recombinantes I = 1- frecuencia esperada 8 4 1 I = 1- = 33% 12 12 3 = = Como se mide la interferencia? • Se calcula un termino llamado el coeficiente de coincidencia (cc) que es: Genetica General 2006-II
Coincidencia e interferencia La razón entre la frecuencia observada de CO dobles Y su frecuencia esperada 20,785 individuos examinados 0.0674 cross-overs sc-ec 0.0964 cross-overs entre ec-cv Pr CO (sc-ec) (ec-cv)= 0.0674 x 0.0964 = 0.00650 0.00650 x 20,785 = 135 CO observados: 5 CC: 5/135= 3.7 % CI= 1- CC 96.3 % de CO esperados no ocurrirán Genetica General 2006-II
Funcion de mapeo de Kosambi • La funcion de mapeo de Haldane asume que no existe interferencia lo cual incrementaria la proporcion de dobles crossovers. La funcion de mapeo de Kosambi esta basada en datos empiricos acerca de la proporcion de dobles crossovers en funcion de la variacion de la distancia fisica. Genetica General 2006-II
Usando los LOD scores para estimar el ligamiento • LOD score: Logarithm of the odds ratio • Calcula dos probabilidades diferentes de obtener un grupo de resultados. La primera es calculada asumiendo distribución independiente (0 = 0.5) y la segunda asumiendo un grado especifico de ligamiento (1 < 0.5). Luego la razón de las dos probabilidades se calcula y se obtiene el logaritmo de este numero. Genetica General 2006-II
LOD score Z() = log10 L(1) / L(0) LOD=2= ligamiento es 100 veces mas probable Que la independencia LOD 3= 1000 veces mas Genetica General 2006-II
mB1 mB1 MB2 mB1 mB1 mB1 MB2 mB1 mB2 mB1 MB2 mB1 MB2 mB1 MB2 mB1 MB2 mB1 MB2 mB1 mB1 mB1 R P P P P P P Genetica General 2006-II
P (recibir un gameto recombinante): /2P (recibir un gameto parental): (1-)/2 Genetica General 2006-II
Por ejemplo, si 1 =0,1 , el valor calculado es : el LOD score Z sera: La variacion del LOD score en funcion del valor de es: Genetica General 2006-II
1H 2H 3H 4H 5H 6H 7H Cumulative distance (cM) Genetica General 2006-II
mB1 mB1 Phase 1 2 mB1 mB1 mB2 MB1 MB2 mB1 mB2 mB1 MB2 mB1 MB2 mB1 MB2 mB1 MB2 mB1 MB2 mB1 mB1 mB1 R P P P P P P Phase 1 P R R R R R R Phase 2 Genetica General 2006-II
Si se desconoce la fase • Las dos fases son igualmente posibles excepto si hay desequilibrio gametico en la poblacion a la cual la familia pertenece Genetica General 2006-II
mB1 mB1 Phase 1 2 mB1 mB1 mB2 MB1 MB2 mB1 mB2 mB1 MB2 mB1 MB2 mB1 MB2 mB1 MB2 mB1 MB2 mB1 mB1 mB1 R P P P P P P Phase 1 P R R R R R R Phase 2 En la hipotesis de ligamiento genetico, el valor de la funcion de probabilidad (likelihood) para la familia observada Phase 1 Phase 2 Si hay independencia, el valor de probabilidad: Genetica General 2006-II
Descendencias mas usuales • Backcross o retrocruzas • F2 • Recombinant inbred lines Genetica General 2006-II
G1 G1 G1 G1 G1 G1 D1 D1 D1 D1 D1 D1 Backcross o retrocruza X G1 G2 D2 D1 Parental recurrente F1 D2 G2 G1 G2 D2 D1 G1 D1 Parentales: N-n r=n/N Recombinantes: n Genetica General 2006-II
RILs Genetica General 2006-II
Heterocigosis • Decrece en 1/2n donde n= es el numero de generaciones despues de la F1: • % del genoma fijado: • F5= 93.75 • F6= 96.88 • F7= 98.44 • F10=99.80 Genetica General 2006-II
