1 / 51

Fylogenetika a taxonomie

Fylogenetika a taxonomie. Obsah. Základní pojmy a základní principy Kladogeneze a její rekonstrukce Vytváření taxonomického systému Základní taxonomické přístupy Monofylie Základy vědecké nomenklatury. Obsah. Základní pojmy a základní principy Kladogeneze a její rekonstrukce

rane
Download Presentation

Fylogenetika a taxonomie

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. Fylogenetika a taxonomie

  2. Obsah • Základní pojmy a základní principy • Kladogeneze a její rekonstrukce • Vytváření taxonomického systému • Základní taxonomické přístupy • Monofylie • Základy vědecké nomenklatury

  3. Obsah • Základní pojmy a základní principy • Kladogeneze a její rekonstrukce • Vytváření taxonomického systému • Základní taxonomické přístupy • Monofylie • Základy vědecké nomenklatury

  4. Základní pojmy a základní principy • Fylogeneze, kladogeneze, anageneze • Postupné odvětvování od společného předka, LUCA • Binární větvení?

  5. C B A R A B C

  6. Základní pojmy a základní principy • Fylogeneze, kladogeneze, anageneze • Postupné odvětvování od společného předka, LUCA • Binární větvení? • Splývání vývojových linií – syngeneze • symbiogeneze

  7. riziko evolučního rozpuštění stabilní symbióza

  8. Základní pojmy a základní principy • Fylogeneze, kladogeneze, anageneze • Postupné odvětvování od společného předka, LUCA • Binární větvení? • Splývání vývojových linií – syngeneze • symbiogeneze • hybridizace • hybridogeneze (skokan skřehotavý a s. krátkonohý, v západní Evropě v gametách jen DNA s. skřehotavého)

  9. Popis kladogeneze - dendrogram koncová větev uzel vnitřní větev kořen OTU – operačně taxonomická jednotka

  10. Typy dendrogramů • kladogram – schéma rozložení synapomorfií • schéma kladogeneze • fenogram • fylogenetický strom (fylogram) • zakořeněný fylogram

  11. Obsah • Základní pojmy a základní principy • Kladogeneze a její rekonstrukce • Vytváření taxonomického systému • Základní taxonomické přístupy • Monofylie • Základy vědecké nomenklatury

  12. Rekostrukce průběhu kladogeneze • Pouze anagenetické změny umožňují rekonstruovat kladogenezi • Úloha homologických znaků • homologie x homoplázie • relativita homologií (křídlo ptáků a netopýrů) • paleontologie, sesterská skupina, embryologie

  13. Určení homologií pomocí principu maximální parsimonie znak A druh 1: druh 2: druh 3: druh 4: 1 3 1 2 1 2 2 4 3 4 4 3 varianta I varianta II varianta III

  14. Určení homologií pomocí principu maximální parsimonie 1 3 1 2 1 2 2 4 3 4 4 3 1 3 1 2 1 2 2 4 3 4 4 3 1 3 1 2 1 2 homoplázie 2 4 3 4 4 3 1 3 1 2 1 2 2 4 3 4 4 3 varianta I 5 varianta II 7 varianta III 8

  15. Základní rozdělení homologií • Plesiomorfie (původní formy znaků) • Apomorfie (evolučně odvozené) • Role synplesiomorfií a synapomorfií v rekonstrukci kladogeneze B A E C D R

  16. B R R A C R A C B A A B C C B Zakořeněné a nezakořeněné stromy B A C NU = [(2N - 5)!]/[2N-3(N-3)!] NRi = NU(i + 1)

  17. Zakořeňování stromu • Známá či odhadnutá polarita změn • Paleontologie, sesterské taxony, ontogeneze (Haeckelovo pravidlo rekapitulace, von Baerův první embryologický zákon), maximální parsimonie • UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean – metoda párování pomocí nevážených aritmetických průměrů • outgroup

  18. Stejný kladogram může odpovídat různým schématům kladogeneze a) b) A B C D A D C B C A B A C D B D C A B D A B C D C B D A B A B C D D C A

  19. A B C D R Schémata kladogeneze a fylogenetické stromy schéma kladogeneze fylogenetický strom recent čas D B C A anageneze

  20. 1 2 3 A D C B B B C C D A D A G G E G E F F E F A 50% věnšinově A Striktně konsenzuální B B konsenzuální strom C strom C D D G G E F F E Multifurkace na dendrogramech Superstrom – konsenzuální strom vytvořený na základě stromů, z nichž každý obsahuje pouze některé OTU. Kondenzovaný strom – není vytvářen z většího počtu stromů, polytomie zde pouze označují místa, kde si nejsme jisti pořadím odvětvování.

  21. Obsah • Základní pojmy a základní principy • Kladogeneze a její rekonstrukce • Vytváření taxonomického systému • Základní taxonomické přístupy • Monofylie • Základy vědecké nomenklatury

  22. Taxonomické systémy • Návaznost taxonomie na fylogenetiku • Umělé systémy • Otevřené a uzavřené systémy, determinační schémata • subjektivita • Monotetické x polytetické systémy (taxon lze vymezit na základě vzájemně zastupitelných znaků) • Přirozené systémy – nejen smysluplně uspořádat pro praktické a didaktické účely, ale i respektovat přirozené vztahy – možnost predikce • Původně strukturalistické systémy, nyní – systémy respektující fylogenezi (historické)

  23. Obsah • Základní pojmy a základní principy • Kladogeneze a její rekonstrukce • Vytváření taxonomického systému • Základní taxonomické přístupy • Monofylie • Základy vědecké nomenklatury

  24. Základní přístupy • Fenetika numerická taxonomie, molekulární fenetika • Kladistika – vytváří systém výhradně na základě příbuznosti (nikoli podobnosti), studium anageneze slouží pouze k identifikaci synapomorfií • Eklektická (evoluční) systematika – při vytváření taxonů bere v úvahu kladogenezi i anagenezi, příbuznost i podobnost

  25. Shody a rozdíly kladistiky a eklektické systematiky a) b) A B C D A B C D c) d) A B C D A B C D

  26. Problémy eklektického přístupu • Technický problém – rozpoznání homologií a homoplázií • Vysoká subjektivita systémů – každý systematik si může vymezit taxony jinak • Antropocentrický přístup • Přílišný důraz na didaktičnost

  27. Problémy kladistického přístupu • Technický problém – rozpoznání apomorfií a plesiomorfií (příbuznost určujeme na základě podobnosti) • Nízká didaktičnost systémů • nelze používat formální ranky • „taxony“ klady (monofyla) nemusí odrážet naší přirozenou zkušenost • „nekonečný počet“ kladů

  28. Nekonečný počet kladů ABCDEFGHIJK K ABCDEFGHIJ IJ ABCDEFGH EFGH EF GH ABCD A BCD B CD A B C D E F G H I J K

  29. Kmenové linie a linie korunové skupiny a) b)

  30. Obsah • Základní pojmy a základní principy • Kladogeneze a její rekonstrukce • Vytváření taxonomického systému • Základní taxonomické přístupy • Monofylie • Základy vědecké nomenklatury

  31. Monofyletický taxon • zahrnuje nebo v minulosti zahrnoval pouze jediný druh, jehož bezprostřední předek nebyl příslušníkem tohoto taxonu • musí zahrnovat výhradně druhy, které jsou si vzájemně příbuznější, než je kterýkoli z nich příbuzný s libovolným druhem řazeným do taxonu jiného • dva druhy navzájem příbuznější než kterýkoli z nich s druhem třetím tehdy, když sdílejí společného předka, který zároveň není předkem druhu třetího

  32. Monofyletický taxon • zahrnuje nebo v minulosti zahrnoval pouze jediný druh, jehož bezprostřední předek nebyl příslušníkem tohoto taxonu • musí zahrnovat výhradně druhy, které jsou si vzájemně příbuznější, než je kterýkoli z nich příbuzný s libovolným druhem řazeným do taxonu jiného • dva druhy navzájem příbuznější než kterýkoli z nich s druhem třetím tehdy, když sdílejí společného předka, který zároveň není předkem druhu třetího

  33. a) b) A B C D A B C D c) d) A B C D A B C D Holofylie, parafylie a polyfilie

  34. Eklektické pojetí monofyletického taxonu • Monofyletické taxony dělíme na taxony holofyletické a parafyletické • Monofyletický taxon je takový taxon A, do kterého patří jeho předek a všichni nebo jen někteří jeho potomci. Nejbližší společný předek druhů, které jsme případně vyřadili z taxonu A do samostatného taxonu B, přitom nesmí být zároveň předkem některého druhu řazeného do taxonu A.

  35. Eklektické pojetí monofyletického taxonu

  36. Kladistické pojetí monofyletického taxonu • Pouze holofyletické taxony jsou monofyletické, pouze monofyla mají místo v systému • Monofyletický taxon je takový taxon, do kterého patří jeho předek a všichni jeho potomci

  37. Vymezování taxonu • Subjektivní výběr anagenetické novinky • Problém s revertanty k původní formě znaku • Problém s paralelním vývojem téhož znaku (homoplasie) – preadaptace?

  38. z anagenetická novinka y x

  39. Vymezování taxonu • Subjektivní výběr anagenetické noviky • Problém s revertanty k původní formě znaku

  40. A B

  41. Vymezování taxonu • Subjektivní výběr anagenetické noviky • Problém s revertanty k původní formě znaku • Problém s paralelním vývojem téhož znaku (homoplasie) – preadaptace?

  42. Vymezení taxonu na základě výskytu preadaptace

  43. Základní požadavek – bezrozpornost systému • Námi vytvořený systém nemusí být správný (správnost nemůžeme zaručit) • Námi vytvořený systém však musí být v dané době (při daném stupni vědění) bezrozporný • Rozpornost systému – tj. přítomnost polyfyletického taxonu, lze zjistit, a to i když neznáme formu znaků u předků, nelze však vždy určit, o který taxon se jedná

  44. bezrozporný bezrozporný rozporný A B C B A B C D A ? ? ? ?

  45. Parafyletické taxony a punktuacionalistická evoluce Gradualistická evoluce (není důvod předpokládat, že by druh A měl více společného s druhy CDE než s druhem B) Punktuacionalistická evoluce (je důvod předpokládat, že by druh A měl více společného s druhy CDE než s druhem B – neprodělal přinejmenším jedno rozmrznutí) A B E B C A D E C D R Důsledek – objektivní existence rodu. Rod je skupina individuí sdílející genofond v období mezi dvěma evolučními rozmrznutími. R

  46. Obsah • Základní pojmy a základní principy • Kladogeneze a její rekonstrukce • Vytváření taxonomického systému • Základní taxonomické přístupy • Monofylie • Základy vědecké nomenklatury

  47. Vědecká nomenklatura I • Vytváření a užívání jmen taxonů má svá pevná pravidla • V případě živočichů jsou závazná pouze od úrovně poddruhu do nadčeledi, pro jednotlivé taxony (rostliny, houby, bakterie) se v detailech liší • Každý druh má dvouslovný, zpravidla latinský nebo latinizovaný název složený ze jména rodu do kterého patří a jména druhu

  48. Vědecká nomenklatura II • Jména vyšších taxonů jsou jednoslovná, jména podrodůtrojslovná • Rodová, podrodová i druhová jména se v textu píšou kurzívou • Jméno rodu, podrodu, stejně jako jména vyšších taxonů s velkým počátečním písmenem a druhá část jména druhu písmenem malým

  49. Vědecká nomenklatura III • Za jménem se může psát jméno autora a rok, ve kterém byl druh popsán. V případě, že ho daný autor popsal původně pod jiným rodovým jménem, píšou se tyto údaje v závorce • Jestliže druh popsalo a pojmenovalo nezávisle na sobě několik autorů, má přednost název, pod kterým byl tento druh popsán nejdříve • jestliže by návrat k formálně správnějšímu staršímu názvu způsoboval v odborné literatuře chaos, může mezinárodní nomenklatorická komise povolit užívání mladšího jména.

  50. Vědecká nomenklatura IV • Jména druhová jsou pokud možno vázána na určitý typový exemplář • Jména vyšších taxonů jsou jednoslovná a jsou opět vázána na jména některého jejich vnitřního taxonu nižší úrovně – typového taxonu • Názvy taxonů jednotlivých úrovní (například v zoologickém systému však pouze do úrovně nadčeledí) mají své specifické koncovky podle nichž je možno rozpoznat, o taxon jaké úrovně se jedná

More Related