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Perfiles de expresión génica y diagnóstico/pronóstico en cáncer

Perfiles de expresión génica y diagnóstico/pronóstico en cáncer. Yanara Astudillo Silva Genómica y proteómica Curso 2011: 2012. Introducción. Perfil de expresión génica:. Expresión génica: Proceso por el cual la inf . almacenada en DNA es traducida a proteínas.

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Perfiles de expresión génica y diagnóstico/pronóstico en cáncer

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  1. Perfiles de expresión génica y diagnóstico/pronóstico en cáncer YanaraAstudillo Silva Genómica y proteómica Curso 2011: 2012

  2. Introducción • Perfil de expresión génica: • Expresión génica: Proceso por el cual la inf. almacenada en DNA es traducida a proteínas. • Perfil de expresión génica: medida de expresión de varios genes en una célula en un momento dado

  3. Técnicas • Gen reportero • Northernblot • Western blot • La hibridación fluorescente in situ • SAGE

  4. Aplicaciones • Estudio expresión de genes (sanos/enfermos, salvajes/mutantes, tratados/no tratados…) • Clasificación de enfermedades • Identificación de genes característicos en una patología • Predicción de respuestas a un tratamiento • Detección de mutaciones y polimorfismos de un único gen (SNP)

  5. Diagnóstico/ pronóstico Cáncer • Pulmón, hígado, mama, próstata, leucemia, etc. • Clasificación subtipos • Diagnóstico • Pronosticar • Medir respuesta tratamiento • Supervivencia paciente • Buscar nuevos targets

  6. Cáncer de pulmón • Producido por: • Proliferación incontrolada células • Causa: • Tabaco • Exp- carcinógenos • Genético • Exp. Minerales • Etc…

  7. Tipos: • Células no pequeñas • Carcinoma células escamosas   • Adenocarcinomas • Carcinoma de células grandes,  • carcinoma adenoescamoso • carcinoma no diferenciado. • Células pequeñas

  8. 967 muestras (x3) • 420 analizados • 1995-2008 • 30 mi RNA’s • Purificación RNA • Tratamiento heparina • Transcripción reversa • Amplificación • PCR cuantitativa

  9. Resultados • No hay correlación entre plasma y suero

  10. No hubo diferencias en plasma

  11. Suero plasma

  12. 99 casos adenocarcinoma • 58 casos células escamosas • No hay diferencias de expresión entre los dos tipos • Comparación controles: • AdenocarcinomamiR- 146b: reducido • Células escamosas: miR-221, mir-let- 7a: reducidos

  13. Materiales y métodos:

  14. Materiales y métodos: • Análisis Microarray: • Agilent: array de baja densidad de todo el genoma 44k • Hibridización: pool 65 muestras

  15. Resultados • 72 genes • Verde: bajaregulación • Rojo: altaregulación

  16. 72 genes • Verde: bajaregulación • Rojo: altaregulación

  17. Bibliografia • Bhattacharjee, A. et al. Classification of humanlung carcinomas bymRNAexpressionprofilingrevealsdistinctadenocarcinomasubclasses. Proc. Natl. Acad. Sci. USA98, 13790–13795 (2001). • Paul Roepman, JacekJassem, Egbert F. Smit, et al. An Immune Response Enriched 72-Gene Prognostic Profile for Early-Stage Non -Small-Cell Lung Cancer, ClinCancer Res 2009. • M. Teresa Agulló –Ortun, Fernando López-Ríos, Luis Paz-Ares, LungCancerGenomicSignatures. Journal of Thoracic Oncology • Volume 5, Number 10, October 2010 • Heegaard NH, Schetter AJ, WelshJA, Yoneda M, BowmanED, Harris CC (2011) CirculatingmicroRNAexpressionprofiles in earlystage non-smallcelllungcancer. Int J Cancer

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