1 / 19

Genoma 3D struktūras noskaidrošana ar hromosomu konformācijas fiksēšanas metodēm

Genoma 3D struktūras noskaidrošana ar hromosomu konformācijas fiksēšanas metodēm. Adrija Kalviša ak09487 Ģenētiskais Eksperiments 06.03.2014. Ievads. Translokācijas var būt patoloģiskas pat, ja neizsauc rāmja nobīdes mutāciju gēna kodējošā daļā

summer
Download Presentation

Genoma 3D struktūras noskaidrošana ar hromosomu konformācijas fiksēšanas metodēm

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Genoma 3D struktūras noskaidrošana ar hromosomu konformācijas fiksēšanas metodēm Adrija Kalviša ak09487 Ģenētiskais Eksperiments 06.03.2014

  2. Ievads • Translokācijas var būt patoloģiskas pat, ja neizsauc rāmja nobīdes mutāciju gēna kodējošā daļā • Translokācijas/delēcijas var izjaukt genoma telpisko organizāciju • Patoloģijas var attīstīties telpiski izjauktas ekspresijas regulācijas dēļ

  3. Ievads Ar slimībām asociēto SNP atrašanās vieta cilvēka genoma 1D kartē GWAS pārlūkā http://www.ebi.ac.uk/fgpt/gwas/

  4. Ievads Kā gēna atrašanās vieta kodolā var ietekmēt tā ekspresiju? Cremer&Cremer 2001

  5. Chromosome Conformation Capture Metode, kas «notver» fiziski tuvas DNS molekulas daļas, kas genoma kartē atrodas tālu viena no otras

  6. Nepieciešamā aparatūra Standarta laboratorijas aprīkojums (termostats, termocikleris) + Augstas caurlaidības laboratorijas aprīkojums (NGS iekārta vai čipi) + Dators

  7. Metodes princips http://en.wikipedia.org/wiki/Chromosome_conformation_capture

  8. Metodes atvasinājumi de Vit & de Laat 2012

  9. 4C de Vit & de Laat 2012

  10. 5C de Vit & de Laat 2012

  11. Hi-C de Vit & de Laat 2012

  12. ChIA-PET de Vit & de Laat 2012

  13. Pielietošanas piemērs

  14. Pielietošanas piemērs Zhang et al. 2012

  15. Galvenie šķēršļi • KONTROLES • Restrikcijas enzīmu specifiskums un izšķirtspēja • Nepieciešams liels daudzums šūnu • Nav līdz galam skaidrs, cik dinamiskas ir genoma 3D struktūras, sinhronizācijas vajadzība • Pastāv datu apstrādes ierobežojumi (statistika, ātrums, atmiņa)

  16. Skats nākotnē Ja 1D genoma kartēšana ļāva noteikt rekombinācijas hotspotus un veikt Linkage analysis, tad 3D genoma kartēšana ļaus iegūt pilnīgāku priekšstatu par epiģenētisko mainību, translokācijas faktoriem un to ietekmi uz organisma fenotipu

  17. Literatūra • Cremer&Cremer (2001) ChromosomeTerritories,NuclearArchitectureand GeneRegulationinmammalian cells • de Wit&de Laat (2012) A Decade of 3CTechnologies: InsightsIntoNuclearOrganization • Lanctot et al.(2007) Dynamic GenomeArchitecturein the NuclearSpace: Regulationof GeneExpressionin ThreeDimensions • Lieberman&Aiden (2009) Comprehensive Mappingof LongRangeInteractionsRevealsFoldingPrinciplesof the HumanGenome • Mirny (2011) The fractal Globule as a Modelof ChromatinArchitecturein the Cell • Zhang (2012) Spatial Organization of the MouseGenome and Its Role in RecurrentChromosomal Translocations

  18. paldies par uzmanību

  19. Jautājums Kādi ir galvenie Chromosome Conformation Capture metodes etapi?

More Related