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GBIF 發布生物多樣性資料 Darwin Core Archive 格式與 IPT2 資料發布平台介紹

GBIF 發布生物多樣性資料 Darwin Core Archive 格式與 IPT2 資料發布平台介紹. 賴昆祺 中央研究院生物多樣性研究中心. 2013/11/21. 大綱. 四個 資料分享流程 六個 非用 Darwin core 的理由 十分鐘 教你看懂 Darwin core 八個 使用 Darwin core archive 要注意的事情 一個 好工具分享 --IPT 介紹 一個 用 DwC -A 經典範例 --Data paper 投稿範例. 先別說這個了 ， 你 聽 過 Darwin core 嗎 ？. 是. 否.

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GBIF 發布生物多樣性資料 Darwin Core Archive 格式與 IPT2 資料發布平台介紹

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Presentation Transcript

  1. GBIF 發布生物多樣性資料 Darwin Core Archive 格式與 IPT2 資料發布平台介紹 賴昆祺 中央研究院生物多樣性研究中心 2013/11/21

  2. 大綱 • 四個資料分享流程 • 六個非用Darwin core 的理由 • 十分鐘教你看懂Darwin core • 八個使用Darwin core archive要注意的事情 • 一個好工具分享--IPT 介紹 • 一個用DwC-A經典範例--Data paper投稿範例

  3. 先別說這個了， 你聽過Darwin core嗎？ 是 否

  4. 你聽過Darwin coreArchive嗎？ 是 否

  5. 您認為這麼辛苦整理資料， 是為了？ 給其他有需要的人看，方便閱讀 給機器看，加速資料分享 計畫要求

  6. 學名檢查工具 http://taibif.tw/BDTools

  7. 地理座標檢核 • 上傳EXCEL檔案，檔案中包含三個欄位資訊，分別為loc(地點文字說明)、x(經度)、y(緯度)

  8. 資料發佈流程 Darwin core Archive 資料分享工具 52 country participants, 38 international organizations; 417,529,910 indexed records, 10,004 datasets, 464 publishers

  9. 利用IPT上傳研究成果中名錄資料/出現記錄 從Word/ Excel 檔整理

  10. 利用IPT上傳研究成果中名錄資料/出現記錄 參考Darwin core 定義與說明 • 利用EXCEL • 建檔

  11. 利用IPT上傳研究成果中名錄資料/出現記錄 • 工具的檢查

  12. 利用IPT上傳研究成果中名錄資料/出現記錄 • IPT • 資料發佈

  13. Darwin core Archive 的重要性 • 1.生物多樣性資料分享的國際標準 • ABCD • > 1200 詞彙（欄位） • Shared via BioCase • Darwin core (v 1.2) • 48 詞彙（欄位） • Shared via by DiGIR • Darwin Core (v. 1.4) • 46 詞彙（欄位） • Shared via Tapir • Darwin Core (TDWG Standard, since 2009) • 172詞彙（欄位) BY Kyle Braak

  14. Darwin core Archive 的重要性 • 1. 生物多樣性資料分享的國際標準 By GBIF Annual Report 2012

  15. 有哪些組織在用Darwin core • 美國生物多樣性典藏數位化計畫(Advancing Digitization of Biodiversity Collections) • 澳洲生物地圖集（Atlas of Living Australia, ALA) • 台灣數位典藏國家型計畫

  16. Darwin core Archive 的重要性 • 1. 生物多樣性資料分享的國際標準 • 2. 結構化資料 台灣石珊瑚誌

  17. Darwin core Archive 的重要性 • 1. 生物多樣性資料分享的國際標準 • 2. 結構化資料 台灣真菌誌

  18. Darwin core Archive 的重要性 • 1. 生物多樣性資料分享的國際標準 • 2. 結構化資料 台灣蝽象誌

  19. 學名 圖檔名稱 描述 分布 棲地 文獻 註解 學名 圖檔名稱 中文名 文獻 描述 分布 棲地 學名 中文名 科名 同物異名 標本採集號 描述 分布 文獻

  20. Darwin core Archive 的重要性 • 1. 生物多樣性資料分享的國際標準 • 2. 結構化資料

  21. Darwin core Archive 的重要性 • 1. 生物多樣性資料分享的國際標準 • 2. 結構化資料 • 3. 回傳一致的搜尋結果

  22. Darwin core Archive 的重要性 • 1. 生物多樣性資料分享的國際標準 • 2. 結構化資料 • 3. 回傳一致的搜尋結果 • 4. 學術出版

  23. Darwin core Archive 的重要性 • 1. 生物多樣性資料分享的國際標準 • 2. 結構化資料 • 3. 回傳一致的搜尋結果 • 4. 學術出版 • 5. 資料備份 • 生物多樣性面臨的危機 • 環境破壞、物種滅絕 • 累積的資料知識失落

  24. Darwin core Archive 的重要性 • 1. 生物多樣性資料分享的國際標準 • 2. 結構化資料 • 3. 回傳一致的搜尋結果 • 4. 學術出版 • 5. 資料備份 6.資料可再利用與分析，Ecological Niche Model Analysis / Applications

  25. Darwin core archive

  26. Darwin core archive Darwin Core

  27. Darwin core archive

  28. 物種出現紀錄（Primary Biodiversity Data） • 物種出現紀錄包含博物館動物標本、植物標本、生態調查與物種觀察等資料。

  29. 10 分鐘看懂 Darwin core

  30. Darwin core is divided into classes and terms • http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm dcterms:modified：最後修正日期 資料中的任何欄位修正完成時的日期及時間。使用ISO-8601格式，如：1994-11-05

  31. Darwin core is divided into classes and terms • http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm dcterms:rights：資料授權的方式 如：創用CC 姓名標示、姓名標示─非商業性

  32. Darwin core is divided into classes and terms • http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm • basisOfRecord：資料基底，如： • PreservedSpecimen- 標本收藏 • FossilSpecimen- 化石標本 • LivingSpecimen- 活體標本 • HumanObservation- 人為觀測 • MachineObservation- 機器觀測 • StillImage- 靜態影像 • SoundRecording- 錄製聲音 • OtherSpecimen- 其它標本

  33. Darwin core is divided into classes and terms • http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm recordedBy：資料記錄者 為主要的採集者或觀測者

  34. Darwin core is divided into classes and terms • http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm samplingProtocol：採集方法 如採集時使用方法或步驟的名稱、參考或簡短描述。例如：紫外光陷阱、霧網、底拖網

  35. Darwin core is divided into classes and terms • http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm eventDate：資料發生日期 如採集日期，1997-12-02

  36. Darwin core is divided into classes and terms • http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm locality：位置、採集地，如里龍山 decimalLatitude：十進位緯度，採集或觀測事件發生地點中心位置的緯度，以十進位表示 decimalLongitude：十進位經度，採集或觀測事件發生地點中心位置的經度，以十進位表示

  37. Darwin core is divided into classes and terms • http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm

  38. Darwin core is divided into classes and terms • http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm scientificName：學名， 該分類群最低階層的完整名稱，應採用最近被接受的分類方式，盡可能地精確，包含作者、發表年代、看法引證來源、不確定性的指示。 例如： "Coleoptera" (目), "Vespertilionidae" (科), "Manis" (屬), "Ctenomyssociabilis" (屬 + 種小名), "Ambystomatigrinumdiaboli" (屬 + 種小名 + 亞種小名), "Quercusagrifolia var. oxyadenia (Torr.) J.T. Howell" (屬 + 種小名 + 種下階層 + 種下名 + 學名作者

  39. Darwin core is divided into classes and terms • http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm taxonRank：分類等級 該分類群最低階層的等級，如"subspecies", "varietas", "forma", "species", "genus“, “family”

  40. Darwin core extension • http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm paleontology - 古生物學常用詞彙已經被整合到GeologicalContext

  41. Darwin core 的近期發展 • Darwin core 與基因多樣性的標準

  42. Darwin core 的更改記錄 • http://rs.tdwg.org/dwc/terms/history/index.htm

  43. 8 個運用Darwin core要注意的事情(1) • 對於分享的每一筆記錄，需要產生一個獨特唯一的”核心 ID(core ID)” • 流水編號 • lsid

  44. 8 個運用Darwin core要注意的事情(2) • 盡可能使用Darwin core 欄位

  45. 8 個運用Darwin core要注意的事情(3) • 不要使用類別名稱，如Occurrence, Event, MaterialSample, Location, Taxon

  46. 8 個運用Darwin core要注意的事情(4) • 使用Darwin core已經定義的說明

  47. 8 個運用Darwin core要注意的事情(5) • 盡可能的填上所調查資料屬性

  48. 8 個運用Darwin core要注意的事情(6) • 格式需要符合定義的規範

  49. 8 個運用Darwin core要注意的事情(7) • 若有些資料被想公開，可以用informationWithheld來加以說明 • 如：此物種為瀕危物種，因此座標隱藏（location information not given for endangered species）

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