1 / 20

iGEM Chiba 2009

iGEM Chiba 2009. E.coli Time Manager Since 2008. ヒトが時間を知る方法. 周期的振動型. 掛け時計・腕時計. “今”が何時なのか、という瞬間を知る方法. 累積型. 水時計・砂時計. 過去のある時点から現在までの 経過した時間の累積を知る方法. それぞれの時計のメリットとデメリット. （ 07, 08Paris ） （ 08 Melbourne ）. 「 周期的振動型 」 ：掛け時計・腕時計. メリット. 「今何時か」という瞬間の時間を知ることに特化している. 経過した時間の長さを知る場合

urbain
Download Presentation

iGEM Chiba 2009

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. iGEM Chiba2009 E.coli Time Manager Since 2008

  2. ヒトが時間を知る方法 周期的振動型 掛け時計・腕時計 “今”が何時なのか、という瞬間を知る方法 累積型 水時計・砂時計 過去のある時点から現在までの 経過した時間の累積を知る方法

  3. それぞれの時計のメリットとデメリット （07, 08Paris） （08Melbourne） 「周期的振動型」：掛け時計・腕時計 メリット 「今何時か」という瞬間の時間を知ることに特化している 経過した時間の長さを知る場合 ある時間からある時間までを頭の中で計算する デメリット 「累計型」：水時計・砂時計 07Missouri/08Chiba, 08Taipei メリット 特定の長さの時間の経過を知ることに特化している 時間の流れをつくることができない デメリット

  4. 具体例1：’0７ Missouri Miners Arabinose Time ・シンプルな回路デザイン ・簡単なダイナミックレンジの調節 優位点 課題 ・抑制を使っているので、スイッチの入りが鈍い。 （系中の全ての個体の同時制御が難しい。） ・一つの培地では一種類のタイマーしか動かせない

  5. 具体例2：’08 CHIBA AHL シグナル分子の蓄積を利用するので、過去の情報を記憶するといった 記録装置などの応用例が考えられる。 優位点 ・GFPの蛍光強度の変化を見る限り、AHLの蓄積ではなくて GFPの蓄積で時間を計っているようにも考えられる。 ・一つの培地では一種類のタイマーしか動かせない。 課題 Time

  6. 具体例3：’０８ NYMU-Taipei NYMU-Taipei Cll Cll Time ・周期的な出力と通信の組み合わせによって、 　ダイナミックレンジの調節が可能である。 ・長いダイナミックレンジ（16-40h） 優位点 ・細胞の周期をシンクロさせることが困難 課題

  7. これまでのiGEMでの課題と’09 CHIBAの目標！ これまでのタイマープロジェクトのどれもが、 精確性と、時間の流れが弱点である。 ０９CHIBAは精確性と流れのあるTime Managerをつくる！

  8. 精確性を向上させるには シグナル分子濃度が閾値を越えたときから、レポータによる色調変化が観察されるときまでのTime Lag を解消する必要がある。 Time lag Time lag Visible zone Visible zone Concentration of AHL ≒ Time Concentration of AHL 　　≒Time

  9. 時間を精確に刻ませるための具体的なアイデア時間を精確に刻ませるための具体的なアイデア 1, Positive feedback system This system can produce AHL and increase express GFP gene 2, Check about AHLaccumulation rate and the threshold level 3, グラム陽性菌のコミュニケーションの利用 Com系のものでの差＝ペプチドタイプのクオラムセンシングは遅い。

  10. 精確性の向上のためのアイデア：Using positive feedback system Ptet LuxI LuxI Plac LuxI luxR Plux luxI GFP The positive feedback system can produce AHL and increase express GFP gene. ‘07 Cambridge luxR luxR luxR

  11. 時間の流れをつくるには 直列型 並列型

  12. 時間の流れをつくるための具体的なアイデア 1, 直列回路： (Ⅰ) Whisper down the lane system UsingCascade of Quorum Sensing (Ⅱ) Pass the torch system UsingCascade of inside the cell 2, 並列回路： Lux Mutants to make variations in delay time is to create a number of LuxR mutants with different sensitivity

  13. 　流れをつくるためのアイデアその１：Whisper down the lane Usingthe cascade of our bacterial communication, we make the system like the whisper down the late. Delayed More Delayed メリット 追越しがおこらない デメリット トラブルがあると途中で止まり最後まで着かない

  14. LuxI Family ProteinAHL Synthase Varieties

  15. 流れをつくるためのアイデアその2：LuxR mutant We think the most straightforward approach to make variations in delay time is to create a number of LuxR mutants with different sensitivity. Rapid GFP Plux Wild type LuxR Dyll luxR Sensitive luxR Normal AHL Plux GFP Delay Plux GFP luxR luxR luxR luxR luxR luxR

  16. ’09 CHIBAの目標！ ０９CHIBAは精確性と流れのあるTime Managerをつくる！ そのために以下のことにトライします！ １．精確性・・・・p-feedback ２．流れ・・・・直列型（リレータイプ） 並列型（mutant）

  17. ‘08 ＣＨＩＢＡの咲くことのなかった花 こうなる予定だった Last yearはここまで 去年は2段階のモノしか作れなかった。 昨年度は写真の通り、花の開花を見ることは できなかった・・・。

  18. ‘０９ＣＨＩＢＡは大輪の花火を打ちあげます！‘０９ＣＨＩＢＡは大輪の花火を打ちあげます！ 割薬（わりやく）、割粉（わりこ） 芯星 親星 ちば ０９ 導火線 寒天培地のイメージ図 実際の花火の構造 今までにない明確な順序制御を可能に！

  19. 直列回路と並列回路の差 直列型 並列型 ちば ０９ 1 2 3 ちば ０９ 4 5 6 エラーが起きても動く。＝追い越しがおこる エラーが起きたら止まる。 ＝順番を追い越さない

  20. ご清聴ありがとうございました。

More Related