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INFORME DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA
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INFORME: “SIMULACIÓN MOLECULAR DEL ADN USANDO EL SOFTWARE SNAPGENE” ASIGNATURA DOCENTE: Dr. Hernan Hebert Soto Gonzales ALUMNA: Yanina Maribel Mamani Goya CURSO: Biotecnologia CICLO: VII ILO-PERU
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL “Año de la unidad, la paz y el desarrollo” BIOTECNOLOGIA VII CICLO TEMA: “SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL SOFTWARE SNAPGENE” DOCENTE: Dr. SOTO GONZALES, HEBERT HERNAN DESARROLLADO POR: MAMANI GOYA YANINA MARIBEL ILO-PERU Junio 2023
INDICE INDICE I. INTRODUCCION ..........................................................................................................................3 II. OBJETIVOS ..................................................................................................................................4 2.1. Objetivo General: ...............................................................................................................4 2.2. Objetivos Específicos: .........................................................................................................4 III. MARCO TEORICO ....................................................................................................................4 3.1. Electroforesis: .....................................................................................................................4 3.2. Secuencias del ADN: ...........................................................................................................5 3.3. Gel de Sacarosa ..................................................................................................................5 3.4. Software “SnapGene” .........................................................................................................5 3.5. Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI): .............................................6 IV. MATERIALES Y METODOLOGIA ...............................................................................................6 V. METODOLOGIA...........................................................................................................................6 VI. CONCLUCIONES ....................................................................................................................10 VII. REFERENCIAS BIBLIOGRAFICAS .............................................................................................11
I. I. INTRODUCCION INTRODUCCION El estudio del ADN de los microorganismos ha potenciado la identificación de estos a partir de diferentes técnicas moleculares, tal es caso de la electroforesis, la electroforesis en gel es una técnica utilizada para separar fragmentos de ADN (u otras macromoléculas, como ARN y proteínas) por su tamaño y carga. La electroforesis consiste en aplicar una corriente a través de un gel que contiene las moléculas de interés. Con base en su tamaño y carga, las moléculas se desplazarán por el gel en diferentes direcciones o a distintas velocidades, con lo que se separan unas de otras. en la electroforesis en gel participa un gel: un bloque de material similar a la gelatina. Los geles para separar ADN suelen estar hechos de un polisacárido llamado agarosa, que se consigue como hojuelas secas pulverizadas. Cuando la agarosa se calienta en una solución amortiguadora (agua mezclada con algunas sales) y deja enfriar, se forma un gel sólido ligeramente blando. A nivel molecular, el gel es una matriz de moléculas de agarosa que se mantienen unidas por puentes de hidrógeno y que forman pequeños poros. El software SnapGene proporciona la forma más fácil y seguro de planificar, visualizar y registrar sus procedimientos diarios de biología molecular.
II. II. OBJETIVOS OBJETIVOS 2.1. 2.1. Objetivo General: Objetivo General: Realizar la electroforesis en gel de agarosa utilizando el software Bioinformática “SnapGene” de un artículo científico. 2.2. 2.2. Objetivos Específicos: Objetivos Específicos: Aprender a utilizar y conocer las características delsoftware“SnapGene”. Utilizar los conceptos básicos del software Snap Gene y el programa NCBI. III. III. MARCO TEORICO MARCO TEORICO 3.1. 3.1. Electroforesis Electroforesis: : La electroforesis es una técnica de laboratorio que se usa para separar moléculas de ADN, ARN o proteínas en función de su tamaño y carga eléctrica. Se usa una corriente eléctrica para mover las moléculas a través de un gel o de otra matriz. Una electroforesis se realiza generalmente en una especie de caja que tiene una carga positiva en un extremo y una carga negativa en el otro. Y como todos aprendimos en las clases de física, cuando se pone una molécula cargada en un entorno así, las moléculas negativas van a la carga positiva, y viceversa. Al analizar las proteínas en un gel, en una de estas cajas, por lo general se toma la proteína completa para ver lo grande que es. Cuanto más corta, más migran en el gel, de modo que las proteínas pequeñas terminarán en la parte inferior del gel.
3.2. 3.2. Secuencias del Secuencias del ADN: ADN: Proceso de laboratorio que se usa para conocer la secuencia exacta (orden) de los cuatro bloques o bases que conforman el ADN. La información se almacena en el ADN en un código que resulta de la disposición de las cuatro bases (identificadas por las letras A, C, G, y T) en diferentes órdenes. La secuenciación de ADN se puede utilizar para encontrar mutaciones (cambios) en el ADN que pueden causar enfermedades. 3.3. 3.3. Gel de Sacarosa Gel de Sacarosa El gel de agarosa es un material ampliamente utilizado en biología molecular y genética para la separación y análisis de fragmentos de ADN, ARN y proteínas en un proceso conocido como electroforesis. La Agarosa es un polisacárido derivado de las algas marinas, y se utiliza en forma de gel debido a su capacidad para formar una matriz porosa cuando se disuelve en agua caliente y se enfría. Esta matriz de gel actúa como un tamiz molecular, permitiendo que los fragmentos de ácidos nucleicos o proteínas se muevan a través de ella en función de su tamaño y carga eléctrica cuando se aplica un campo eléctrico. 3.4. 3.4. Software Software “ “SnapGene SnapGene” ” Es un software de clonación que ayudas en planear y simulando manipulaciones de ADN. SnapGene es el software y herramienta de clonación molecular preferida por los científicos de hoy y de mañana. SnapGene hace que sus manipulaciones de ADN sean fáciles de visualizar y simular, le advierte de los errores antes de que sucedan y automáticamente documenta cada paso a lo largo del camino. Solicite patrocinio y reciba licencias SnapGene gratuitas para su equipo. (IGEM Foundation, s.f.)
3.5. 3.5. Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI): Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI): El Centro Nacional para la Información Biotecnológica (en inglés: National Center for Biotechnology Information [NCBI]) es parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos, una rama de los Institutos Nacionales de Salud. Está localizado en Bethesda (Maryland) y fue fundado el 4 de noviembre de 1988con la misión de ser una importante fuente de información de biología molecular. Almacena y constantemente actualiza la información referente a secuencias genómicas en Gen Bank, un índice de artículos científicos referentes a biomedicina, biotecnología, bioquímica, genética y genómica en Pub Med, una recopilación de enfermedades genéticas humanas en OMIM, además de otros datos biotecnológicos de relevancia en diversas bases de datos. El NCBI ofrece además algunas herramientas bioinformáticas para el análisis de secuencias de ADN, ARN y proteínas, siendo BLAST una de las más usadas. NCBI alberga genoma secuenciado en Gen Bank, y un índice de los artículos biomédicos de investigación en Pub Med Centraly Pub Med, así como otra información relevante a la biotecnología. Todas estas bases de datos son accesibles en línea con el motor de búsqueda de Entrez. IV. IV. MATERIALES Y METODOLOGIA MATERIALES Y METODOLOGIA NCBI SNAPGENE Laptop V. V. METODOLOGIA METODOLOGIA 1) 1)Primeramente, se utilizó los N° de Accesión de las cepas bacteriana aislada del Articulo, proporcionado por el docente.
2)Por consiguiente, se ingresaron los códigos de cada secuencia en el buscador del NCBI (Centro Nacional para la Información Biotecnológica) y se procede a descargar en formato FASTA. 3)Una vez ingresado cada código, se guardó en una carpeta, con el fin de llevar un orden.
4)Luego abrimos el programa software Bioinformática “SnapGene” y damos click en OPEN FILES , Continuando seleccionamos los archivos que guardamos para luego volver a guardarlos con la opción FILES SAVE AS y guardamos en formato “SnapGene” ADN. Formato guardado en “SNAP GENE” ADN o DNA
5)Seleccionamos en la barra de herramientas la opción TOOLS y luego en SIMULATE AGAROSE GEL, para realizar cada uno de los códigos guardados, la simulación en gel de agarosa de las secuencias guardadas en el archivo. 6)Posteriormente, aparecerá una ventana donde visualizaremos el rango de PCR y demás características y así sucesivamente agregamos las demás secuencias.
7)Finalmente se mostrará la simulación de Gel Agarosa. VI. VI. CONCLUCIONES CONCLUCIONES El Software “SnapGene” fue fácil de utilizar con cada una de las indicaciones dadas por el docente. Se pudo concluir satisfactoriamente la simulación de un Gel de Agarosa para las 13 cepas Bacterianas del Artículo. Nos permitió visualizar el rango de PCR y demás características de cada secuencia y conocer el grafico de las bandas sin ningún inconveniente. El software SnapGene es de mucha utilidad para visualizar cada secuencia de ADN, anotación de secuencias, la edición de las mismas secuencias, la clonación, la visualización de proteínas y nucleótidos.
VII. VII. REFERENCIAS BIBLIOGRAFICA REFERENCIAS BIBLIOGRAFICAS S SnapGene – Becker Medical Library. (n.d.). Becker Library. Retrieved June 6, 2023, from https://becker.wustl.edu/resources/software/snapgene/ Electroforesis. (2023, June 2). National Human Genome Research Institute. Retrieved June 6, 2023, from https://www.genome.gov/es/genetics- glossary/Electroforesis Electroforesis en gel (artículo). (n.d.). Khan Academy. Retrieved June 6, 2023, from https://es.khanacademy.org/science/ap-biology/gene- expression-and-regulation/biotechnology/a/gel-electrophoresis (n.d.). National Center for Biotechnology Information. Retrieved June 6, 2023, from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
