SIMULACIÓN MOLECULAR DE ADN USANDO EL SOFTWARE SNAPGENE

1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL Biotecnología Facultad de ingenierías: Escuela Profesional De Ingeniería Ambiental INFORME: ‘‘SIMULACIÓN MOLECULAR DE ADN USANDO EL SOFTWARE SNAPGENE” PRESENTADO POR: Mayra Geraldine Távara Lira- 2019205133 Docente: Soto Gonzales, Hebert Hernan CURSO: Biotecnología FECHA DE ENTREGA: 7 de Junio del 2023

2. RESUMEN El presente trabajo abarca el procedimiento realizado de la electroforesis en gel de agarosa a través del software biotecnológico SnapGene, cabe resaltar que los datos a manipular son del artículo “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas –Perú”.

3. ÍNDICE RESUMEN ............................................................................................................... 2 1INTRODUCCIÓN ............................................................................................ 1 2OBJETIVOS ...................................................................................................... 2 2.1 GENERAL ................................................................................................... 2 2.2 ESPECÍFICOS ............................................................................................. 2 3MARCO TEÓRICO ......................................................................................... 2 3.1 ELECTROFORESIS ................................................................................... 2 3.2 Secuencia ADN ........................................................................................... 3 3.3 GEL DE AGAROSA ................................................................................... 3 3.4 SnapGene ..................................................................................................... 3 4MATERIALES Y MÉTODOS ........................................................................ 4 4.1 MATERIALES ............................................................................................ 4 4.2 METODOLOGIA ........................................................................................ 4 5CONCLUSIONES ............................................................................................. 8 6BIBLIOGRAFÍA ............................................................................................... 9 7ANEXOS ............................................................................................................ 9 ÍNDICE DE FIGURAS

4. 1 INTRODUCCIÓN En la era de la biología molecular y la genética, la capacidad de comprender y manipular el ADN es fundamental para avanzar en el campo de la investigación científica y la medicina. La simulación molecular es una herramienta poderosa que nos permite explorar y comprender los procesos biológicos a nivel molecular de una manera virtual y controlada. En este informe, nos centraremos en la simulación molecular de ADN utilizando el software SnapGene. SnapGene proporciona herramientas que le permiten planificar, visualizar y documentar todos sus procedimientos de biología molecular. La herramienta de clonación In-Fusion del programa simula fusiones de genes de sus fragmentos de ADN seleccionados. Mientras trabaja, SnapGene resalta los sitios de restricción del ADN, marcando automáticamente los sitios bloqueados por metilación, y le permite elegir o definir conjuntos de enzimas personalizados. SnapGene puede importar y exportar una variedad de formatos de archivos de secuenciación de ADN comunes, como ApE, Gene Construction Kit, GenBank, DNASTAR Lasergene y MacVector. La aplicación le permite explorar grandes secuencias de ADN y navegar rápidamente por los cromosomas con la ayuda de controles inteligentes de búsqueda y zoom. Mientras realiza todas estas funciones, SnapGene registra automáticamente cada paso de su proyecto de clonación, cada vez que edita una secuencia o realiza una simulación, el procedimiento se registra en un historial gráfico. SnapGene es una aplicación impresionante para manejar los procedimientos de biología molecular. Proporciona una serie de útiles herramientas de análisis de secuencias de ADN y soporta una variedad de formatos de archivo comunes. GSL Biotech SnapGene es un gran recurso de laboratorio que le ayudará en su visualización y análisis de secuencias de ADN. 1

5. 2 OBJETIVOS 2.1GENERAL Es poder realizar la electroforesis en Gel de Agarosa con sus análisis de secuencia de ADN con el software SnapGene con datos de un artículo científico 2.2ESPECÍFICOS Demostrar la secuencia del ADN usando el Software de SnapGene Aprender a usar el Software SnapGene y poder aprender su funcionamiento Poder analizar los resultados obtenidos de la electroforesis y del comportamiento de cada uno 3 MARCO TEÓRICO 3.1ELECTROFORESIS La electroforesis es una técnica de laboratorio que se usa para separar moléculas de ADN, ARN o proteínas en función de su tamaño y carga eléctrica. Se usa una corriente eléctrica para mover las moléculas a través de un gel o de otra matriz. La electroforesis es una técnica que se utiliza de forma generalizada en la que, fundamentalmente, se aplica corriente eléctrica a moléculas biológicas, ya sean ADN, proteínas o ARN..., y se separan en función de si son más grandes o más pequeñas. Se utiliza en una gran variedad de aplicaciones... como en medicina forense para determinar la identidad de las personas que puedan haber participado en un delito, mediante la vinculación de su patrón de ADN -su patrón de electroforesis- a uno que esté en una base de datos 2

6. 3.2Secuencia ADN La secuenciación del ADN se refiere a la técnica general de laboratorio para determinar la secuencia exacta de nucleótidos, o bases de una molécula de ADN. La secuencia de las bases (a la que se suele hacer referencia por la primera letra de su nombre químico: A, T, C y G) codifica la información biológica que las células usan para desarrollarse y funcionar. Establecer la secuencia de ADN es clave para comprender la función de los genes y otras partes del genoma. En la actualidad hay varios métodos diferentes para la secuenciación del ADN, cada uno con sus propias características, y el desarrollo de otros métodos es un área activa de investigación en materia de genómica. 3.3GEL DE AGAROSA La electroforesis en gel es una técnica utilizada para separar fragmentos de ADN (u otras macromoléculas, como ARN y proteínas) por su tamaño y carga. La electroforesis consiste en aplicar una corriente a través de un gel que contiene las moléculas de interés. Con base en su tamaño y carga, las moléculas se desplazarán por el gel en diferentes direcciones o a distintas velocidades, con lo que se separan unas de otras. 3.4 SnapGene SnapGene Es un software de clonación que ayudas en planear y simulando manipulaciones de ADN. Las secuencias de ADN de documentos de programa y se parece a SnapGene Espectador, excepto aquel SnapGene viene con más adelantado consta y está diseñado para Ventanas y OS X. 3

7. 4 MATERIALES Y MÉTODOS 4.1MATERIALES Laptop NCBI Snapgene 4.2METODOLOGIA Para comenzar utilizaremos los datos proporcionados en el artículo científico “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades 4

8. bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui - Amazonas - Perú” y entramos a la página NCBI (National Center for Biotechnology Information) y buscamos los códigos de la tabla anterior Ingresando en el primer resultado ,se nos mostrará una ventana con su código general, seleccionamos la opción SEND TO y se nos mostrará una ventana en la cual podremos seleccionar el archivo en formato FASTA y para guardarlo damos en CREATE FILE 5

9. Una vez guardado el archivo repetimos el proceso para todos los códigos mostrados en la tabla de datos , y los guardamos en una carpeta Luego lo que hacemos es abrimos el software SnapGene y seleccionamos la opción FILE>OPEN FILES y seleccionamos los archivos que guardamos para luego volver a guardarlos con la opción FILES > SAVE AS y guardamos en formato SnapGene ADN 6

10. Luego elegimos la opcion TOOLS , ahi se nos abrira una ventana y seleccionamos la opción SIMULATE AGAROSE GEL Y por último para finalizar realizamos lo mismo con los demás secuencias y se nos mostrará la simulación de Gel Agarosa 7

11. 5 CONCLUSIONES En el proceso de aprendizaje del software SnapGene, hemos adquirido una comprensión sólida de su funcionamiento básico y sus características principales. Hemos aprendido a diseñar y editar secuencias de ADN. Se obtuvo más conocimientos adquiridos sobre la secuencia de ADN y utilizar el software SnapGene, tambien fuimos capaces de realizar un análisis exhaustivo de la secuencia genética y comprender mejor su estructura y función. Se puede ver que el desarrollo de la electroforesis en gel de agarosa fue óptimo porque se ha comprobado que según la cantidad de nucleótidos mostrados a través del software SnapGene que fueron de los mismos que los datos del artículo elegido en el curso de biotecnología. 8

12. 6 BIBLIOGRAFÍA Geater, J. (s/f). ¿Qué Es SnapGene? (de GSL Biotech LLC). Solvusoft.com. Recuperado el 6 de junio de 2023, de https://www.solvusoft.com/es/file- extensions/software/gsl-biotech-llc/snapgene/ GSL Biotech SnapGene. (s/f). Abrirarchivos.info. Recuperado el 6 de junio de 2023, de https://abrirarchivos.info/software/gsl_biotech/snapgene Electroforesis. (s/f). Genome.gov. Recuperado el 6 de junio de 2023, de https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Electroforesis Secuenciación de ADN. (s/f). Genome.gov. Recuperado el 6 de junio de 2023, de https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Secuenciacion-del-ADN 7 ANEXOS Figura 1 Resultados de SnapGene 9