SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL SOFTWARE SNAPGENE

1. INFORME DE PRACTICA SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL SOFTWARE SNAPGENE CURSO: BIOTECNOLOGIA DOCENTE: DR. HEBERT HERNAN SOTO GONZALES ESTUDIANTE: ANCO MARTINEZ, SALMA GABRIELA ILO - PERU

2. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL INFORME DE PRÁCTICA: SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAP GENE EN BASE AL ARTÍCULO : Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui - Amazonas - Perú CURSO: BIOTECNOLOGÍA ESTUDIANTE: Anco Martínez, Salma Gabriela DOCENTE: Dr. Hebert Hernan Soto Gonzales 02 DE JUNIO DEL 2023 ILO- MOQUEGUA

3. ÍNDICE 1) INTRODUCCIÓN............................................................................................................... 3 2) OBJETIVOS.........................................................................................................................4 2.1 Objetivo General............................................................................................................4 2.2 Objetivos Específicos.....................................................................................................4 3) MARCO TEÓRICO............................................................................................................4 3.1 Software Snapgene.........................................................................................................4 3.2 Electroforesis..................................................................................................................5 3.3 Agarosa...........................................................................................................................5 3.4 ADN...............................................................................................................................5 4) METODOLOGÍA................................................................................................................6 4.1 Materiales.......................................................................................................................6 4.2 Procedimiento.................................................................................................................6 5) RESULTADOS...................................................................................................................10 5) CONCLUSIONES..............................................................................................................11 6) REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS.............................................................................11

4. 1) INTRODUCCIÓN Con el paso del tiempo el avance científico y tecnológico van incrementando nuevas metodologías para tratar la manipulación genética de los seres vivos, una de ellas presentes en el mundo de la ciencia es el estudio de las moléculas de ADN con la finalidad de aislar algunos de estos con una visión de realizar diferentes actividades como clonación de genes, crear otras especies, mejorar la naturaleza de las especies, etc. A través de estas tecnologías también se crearon sistemas tecnológicos como el software SnapGene proporcionando una forma sencilla, segura de planificar, visualizar y documentar los procedimientos diarios de biología molecular que admite el intercambio de documentos y datos. SnapGene proporciona la forma sencilla de planificar, visualizar y registrar sus procedimientos diarios de biología molecular. Es por eso que los científicos de las principales instituciones y empresas del mundo confían en la eficiencia de tratamiento de secuenciación de ADN en SnapGene. La electroforesis como término en sí, se usa para poder describir la migración de una partícula cargada bajo o la influencia de un campo eléctrico. Diversas moléculas importantes (aminoácidos, péptidos, proteínas, nucleótidos, ácidos nucleicos) poseen grupos ionizables y existen en solución como especies, que pueden ser aniones o cationes.

5. 2) OBJETIVOS 2.1 Objetivo General Realizar una simulación de electroforesis en el gel agarosa utilizando el software Snap Gene teniendo como base de datos el artículo “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui - Amazonas - Perú 2.2 Objetivos Específicos - Analizar las secuencias de 13 bandas de nucleótidos de los datos del artículo, empleando la búsqueda eficaz en la página web NCBI para su obtención. - Comprender el procedimiento sobre el software Snap Gene aplicando los conocimientos adquiridos para generar la simulación de electroforesis en el gel de agarosa. 3) MARCO TEÓRICO 3.1 Software Snapgene El software SnapGene permite de forma sencilla, segura de planificar, visualizar y documentar los procedimientos cotidianos de biología molecular. Con una interfaz intuitiva, el software permite la visualización de secuencias de ADN, la anotación de secuencias, la edición de secuencias, la clonación, la visualización de proteínas y la simulación de métodos de clonación comunes. Este software es usado principalmente como complemento de los trabajos de laboratorios y reconoce una gran cantidad de formatos de archivos y todos se pueden compartir distintos mapas o secuencias generadas.

6. 3.2 Electroforesis Es una técnica utilizada para separar fragmentos de ADN por su tamaño y carga. La electroforesis consiste en aplicar una corriente a través de un gel que contiene las moléculas de interés. Con base en su tamaño y carga, las moléculas se desplazan por el gel en diferentes direcciones o a distintas velocidades, con lo que se separan unas de otras. 3.3 Agarosa La agarosa es un producto natural que forma una matriz inerte y no tóxica que supone una herramienta indispensable en gran cantidad de técnicas de biología molecular, bioquímica y biología celular. Su uso más extendido es para construir geles que permitan separar moléculas de ADN mediante electroforesis, además de ser utilizada para fijar moléculas a su estructura como anticuerpos, antígenos y enzimas. Igualmente se utiliza para el cultivo celular y en microbiología. Otros usos menos extendidos son la utilización de estos geles como matrices en la reparación de tejidos dañados. 3.4 ADN El ácido desoxirribonucleico (ADN) es la molécula que transporta información genética para el desarrollo y funcionamiento de un organismo. Compuesto por dos cadenas complementarias que se enrollan entre sí y parecen una escalera de caracol; esa forma se conoce como doble hélice. Cada hebra tiene una estructura principal compuesta por grupos alternados de azúcar (desoxirribosa) y fosfato. Unida a cada azúcar hay una de cuatro bases: adenina (A), citosina (C), guanina (G) o timina (T). Las dos hebras se conectan por enlaces químicos entre las bases: enlaces de adenina con timina y enlaces de citosina con guanina. La secuencia de las bases a lo largo de la estructura principal del ADN codifica información biológica, por ejemplo, las instrucciones para producir una proteína o molécula de ARN.

7. 4) METODOLOGÍA 4.1 Materiales ● Programa de SnapGene ● Página web NCBI ● Laptop ● Internet 4.2 Procedimiento a) Primero se debe de ingresar a la página Web (NCBI) para lograr colocar el primer código para descargar las secuencias a estudiar del artículo. b) Luego repetimos el mismo paso en la página web NCBI para descargar todos los datos que hay en la tabla del artículo.

8. c) Posterior a ello, abrimos las descripciones de la cepa que se va a utilizar y descargamos su composición en formato FASTA para proceder a importar los archivos al Software SnapGene. d) Guardamos todos los 13 códigos mencionados con su respectivo nombre y en una carpeta con el nombre “SECUENCIAS”.

9. e) Después se abre el software SnapGene para cargar el archivo descargado, para ello se debe de presionar “OpenFiles” y aceptar. f) Nos aparecerá la secuencia de ADN del primer dato cargado. g) Una vez obtenida la secuencia, se realiza la simulación del gel de agarosa así que se debe seleccionar en la barra de herramientas la opción “Tools” posterior a ello presionar en “Simulate agarose Gel”.

10. h) Luego de seleccionar la simulación del gel de agarosa, nos aparece una nueva ventana donde se aprecia en rango PCR. Realizamos el mismo procedimiento en orden de los trece archivos descargados.

11. 5) RESULTADOS Obtención de la simulación de gel de agarosa en los 13 códigos en archivos. 5) CONCLUSIONES De los resultados se puede concluir que se logró finalizar con eficiencia la práctica de simulación de electroforesis en gel de agarosa usando como recurso el programa de SnapGene por el sistema sencillo con el que cuenta y gracias a los conocimientos adquiridos por la explicación del docente encargado. Por otro lado en el aspecto de marco conceptual se pudo comprender mediante la práctica con un artículo científico que este tipo de técnica es precisa y favorece bastante el campo científico así como las prácticas de laboratorio dentro del proceso meticuloso de separación del ADN en fragmentos.

12. 6) REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS Castillo Rogel, R. T., More Calero, F. J., Cornejo La Torre, M., Fernández Ponce, J. N., & Mialhe Matonnier, E. L. (2020). Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui-Amazonas-Perú. Revista de Investigaciones Altoandinas, 22(3), 215-225. Fierro, F. F. (2014). Electroforesis de ADN. Herramientas moleculares aplicadas en ecología: aspectos teóricos y prácticos, 27. Watson, J. D. (2018). ADN. El secreto de la vida. Taurus. Hess, E. J., Jinnah, H. A., Kozak, C. A., & Wilson, M. C. (1992). Spontaneous locomotor hyperactivity in a mouse mutant with a deletion including the Snap gene on chromosome 2. Journal of Neuroscience, 12(7), 2865-2874.