Мобильные ретроэлементы в геноме эукариот.

1. Мобильные ретроэлементы в геноме эукариот.

2. Ревертаза. РНК-зависимая ДНК-полимераза (ревертаза) способна катализировать синтез ДНК-копии (кДНК) на РНК-матрице.

4. Не LTR-содержащие

5. LINE (long interspersed elements) Структура мРНК • кодирующие • характерна усечённость копий с 5’-конца • нумерация нуклеотидов в последовательности LINE принято вести с 3’-конца и выражать в отрицательных числах

6. Схема жизненного цикла L1.

7. TPRT – реакция.(target-primed reverse transcription) • в ДНК-мишень вносится одноцепочечный разрыв • 3’-конец одной из цепей используется в качестве затравки для синтеза кДНК • разрезание второй цепи ДНК-мишени [там же] • далее in vivo происходит: • лигирование цепей ДНК • разрушение РНК в составе гетеродуплекса • репаративный синтез второй цепи ДНК

9. SINE(short interspersed elements) • не содержат кодирующих последовательностей • при транспозициях используют обратную транскриптазу из других источников • в качестве таких «доноров» выступают LINE • заканчивается олиго(А)-трактом • гомогенны по длине внутри одного семейства • не содержат 5’-концевых делеций • нумерацию нуклеотидов ведут с 5’-конца

10. Происхождение. • Из 7SL РНК с внутренней делецией - B1 грызунов, Alu приматов. • “tRNA-derived SINE” - в 5’-части есть высокая гомология с последовательностями определённых тРНК - В2 грызунов, TS табака, MIR всех млекопитающих. В то же время их 3’-концевой домен является АТ-богатым и происходит, по-видимому, из 3’-конца LINE-элементов. • Известны случаи происхождения SINE из генов малых ядерных РНК - Bm1 B. mori – из U1. • SINE-R из генома человека обязан своим происхождением длинному концевому повтору эндогенного ретровируса семейства HERV-K

11. LTR-содержащие

12. Структура LTR-содержащих элементов на примере ретровирусов.

13. Механизм обратной транскрипции.

14. Возможная эволюция LTR-ретротранспозоны Ретровирусы Эндогенные ретровирусы