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Plant Disease Resistance Protein Database

Plant Disease Resistance Protein Database. 學生 : 951429 許嘉麟 指導教授 : 趙雅婷 951511 李思賢 951518 李岳勳 951524 呂文瑋. 報告綱要. 動機與目的 資料來源 研究方法 結果. 動機與目的. 研究植物 R 基因序列可以為病蟲害問題提供突破點 收集已經過實驗驗證的植物抗病基因，建立一個資料庫平台. 資料來源. 將 趙雅婷教授提供的植物抗病序列加以分割和整理，這些資料已確認為實驗驗證之抗病序列。

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Plant Disease Resistance Protein Database

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Presentation Transcript

  1. Plant Disease Resistance Protein Database 學生: 951429 許嘉麟 指導教授: 趙雅婷 951511 李思賢 951518 李岳勳 951524 呂文瑋

  2. 報告綱要 • 動機與目的 • 資料來源 • 研究方法 • 結果

  3. 動機與目的 • 研究植物R基因序列可以為病蟲害問題提供突破點 • 收集已經過實驗驗證的植物抗病基因，建立一個資料庫平台

  4. 資料來源 • 將趙雅婷教授提供的植物抗病序列加以分割和整理，這些資料已確認為實驗驗證之抗病序列。 • 我們經由NCBI內建的database至Entrez Tools的Batch Entrez下載GenBank file並擷取出相關資訊。

  5. 研究方法 • I. PFAM • II.TMHMM & Coiled-coil • III.資料庫

  6. 1.PFAM: 利用Pfam的batch sequence search做序列比對將pfam domain擷取出來，得知具有親緣關係的蛋白質序列。

  7. 2.TMHMM＆Coiled-coil TMHMM： 用來分析序列是否有穿膜蛋白的工具。 Coiled-coil： 用來預測是否為捲曲螺旋的工具，利用胺基酸的鄰近序列和已知包含捲曲螺旋的序列做比較判斷是否為捲曲螺旋。

  8. 3.資料庫（PHP＆SQL） • 資料庫：將整理好的資料上傳到資料庫

  9. 結果 • HOME：網站首頁，有抗病基因的介紹

  10. Biological Source • Definition:介紹物種的定義。 • TM＆CC：物種是否有穿膜以及是否為捲曲螺旋。 • Pfam Domain：物種序列的Pfam Domain以及標示Pfam區段的範圍

  11. 經過分類的物種

  12. 阿拉伯芥的抗病基因序列列表

  13. 阿拉伯芥抗病基因序列相關資訊

  14. BLAST 可以讓研究者從資料庫中找出所要查詢的序列相關的資訊 。 阿拉伯芥的blast

  15. SEARCH 使用者可以依照Accession number 例：ACC49123），物種名稱（例：Arabidopsis thaliana ），物種定義（例：Eli3-1 ）來搜尋。

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