“SIMULACION MOLECULAR DE ADN USANDO EL SOFTWARE SNAPGENE”

1. “SIMULACION MOLECULAR DE ADN USANDO EL SOFTWARE SNAPGENE” INTEGRANTES: Anyelit Akemy Cossi Cruz DOCENTE: Soto Gonzales, Hebert Hernan CURSO: Biotecnología CURSO: 1

2. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL BIOTECNOLOGÍA PRÁCTICA: “SIMULACION MOLECULAR DE ADN USANDO EL SOFTWARE SNAPGENE” Elaborado por: Anyelit Akemy Cossi Cruz Docente: HEBERT HERNAN SOTO GONZALES VII CICLO FECHA DE ENTREGA: 02 de junio de 2023 ILO – PERÚ 2

3. I. INTRODUCCION Al investigar sobre el ADN durante el año 1869 el biólogo suizo Johan Friedrich, utilizó el alcohol caliente y luego una pésima enzimática, la cual separa la membrana celular y el citoplasma de la célula, lo que se quería lograr era aislar el núcleo de la célula. Este proceso se llevó a cabo con los núcleos de las células obtenidas del pus de vendajes quirúrgicos desechados y del esperma de salmón, sometiéndose a estos materiales y a una fuerza centrífuga para aislar a los núcleos y luego realizó un análisis químico a los núcleos. Continuando con ello hoy en días ya se investigó sobre el ADN reconocidos en lo que estas investigaciones para el desarrollo de nuevas están guardadas en el banco en la que nosotros podemos tener acceso. Existen programas como el snapgene que ayudan a simular estos procesos, para poder conocer anticipadamente los resultados de la manipulación que se realice. El snapgene proporciona una forma sencilla y segura de planificar, visualizar y documentar los procedimientos diarios de la biología molecular En el presente informe realizaremos una simulación de agregar enzimas dentro del plásmido pgem t-easy usando el software snapgene para así poder adquirir conocimientos del proceso. 3

4. II. OBJETIVOS 1.1Objetivo general •Desarrollar en el programa snapgene la electroforesis y el análisis de secuencia del ADN escogiendo 15 nucleótidos de la pagina web NCBI 1.2Objetivo especifico •Aprender a usar el software snapgene y su funcionamiento básico •Analizar las secuencias de las bandas de nucleótidos de la pagina web NCBI con la asimilación del gen agarosa en el programa” SnapGene”. III. MARCO TEORICO 3.1.SnapGene Es un programa de biología molecular utilizado para documentar secuencias de ADN. Herramientas proporcionadas que le permiten planificar, visualizar y documentar todos sus procedimientos de biología molecular. La herramienta de clonación In-Fusión del programa simula fusiones de genes de sus fragmentos de ADN seleccionados. Mientras trabaja, SnapGene Resalta los sitios de restricción del ADN, marcando automáticamente los sitios bloqueados por metilación, y le permite elegir o definir conjuntos de enzimas personalizadas. Proporciona una serie de herramientas útiles de análisis de secuencias de ADN y soporta una variedad de formatos de archivos comunes. SnapGene es un gran recurso de laboratorio que le ayudara en su visualización y Análisis de secuencias de ADN. 3.2.Electroforesis La electroforesis en gel es una técnica utilizada para separar fragmentos de ADN (tus otras macromoléculas, como _ARN y proteínas) por su Tamaño y carga. La electroforesis consiste en aplicar una corriente a través de un gel que contiene las moléculas de interés. Con base en su tamaño y carga, las moléculas se desplazarán por el gel en diferentes direcciones o a distintas velocidades, con lo que se separan unas de otras. Todas las moléculas de ADN tienen la misma cantidad de carga por masa. Debido a esto, la electroforesis en gel separa los fragmentos de ADN únicamente por su tamaño. La electroforesis nos permite ver cuantos fragmentos 4

5. diferentes de ADN están presentes en una muestra y cuanto grandes son unos con respecto a otros. 3.3.ADN El ADN, o ácido desoxirribonucleico, es el material que contiene la información hereditaria en los humanos y casi todos los demás organismos. Casi todas las células del cuerpo de una persona tienen el mismo ADN. La mayor parte del ADN se encuentra en el núcleo celular (o ADN nuclear), pero también se puede encontrar una pequeña cantidad de ADN en las mitocondrias (ADN mitocondrial o ADNmt). Una propiedad importante del ADN es que puede replicarse o hacer copias de sí mismo. Cada hebra de ADN en la doble hélice puede servir como patrón para duplicar la secuencia de bases. Esto es fundamental cuando las células se dividen, porque cada célula nueva necesita tener una copia exacta del ADN presente en la célula antigua. 3.4.Gel de agarosa El gel de agarosa es un material ampliamente utilizado e biología molecular y genética para la separación y análisis de fragmentos de ADN y ARN y proteínas en un proceso conocido como electroforesis. La agarosa es un polisacárido derivado de las algas marinas, y se utiliza en forma de gel debido a su capacidad para formar una matriz porosa cuando se disuelve en agua caliente y se enfría. Esta matriz de gel actúa como un tamiz molecular, permitiendo que los fragmentos de ácidos nucleicos o proteínas se muevan a través de ella en función de su tamaño y carga eléctrica cuando se aplica un campo electrico.los fragmentos más pequeños se mueven más rápido a través del gel, mientras que los fragmentos más grandes se desplazan con mayor dificultad. Esto permite la separación de los fragmentos según su tamaño y facilita su posterior análisis o purificaciones gel de agarosa es una herramienta esencial en la investigación genética, permitiendo el estudio de la estructura y diversidad genética identificación de mutaciones, la clonación de fragmentos de ADN, entre otras aplicaciones. 5

6. IV. METODOLOGIA 4.1.Materiales M ateriales Laptop NCBI Snap Gene 4.2.Metodología a)Primero se descargó el programa SnapGene una vez instalado el programa comenzamos a utilizarlo. Para ello debemos descargar los archivos del cuadro que nos brindó el Ing. en el artículo. b)Insertamos los N°de Accesion en la pagina NCBI 6

7. c)Ingresando aparece la información, muestra una ventana con su código general, donde seleccionamos la opción SEND TO y se nos muestra una ventana en el cual se puede seleccionar el archivo en formato FASTA y para guardar seleccionamos en CREATE FILE. d)Una vez guardado el archivo se realiza el mismo procedimiento para los demás códigos mostrados en el cuadro . e)Luego abrimos el programa SnapGene. En donde haremos clic en la opción “Abrir” y sí desplegaran mas opciones, elegiremos la que dice“Open Files” y saldrá una ventanita, en donde debemos hacer clic enla opción “OK” f)Posteriormente elegimos la opción TOOLS,ahí se nos abrirá la ventana y seleccionamos la opción SIMULATE AGAROSE GEL. 7

8. g)Finalizando realizamos lo mismo con las demás secuencias y se nos mostrara la simulación del Gel Agarosa. V. CONCLUSIONES •Cuando una molécula de ADN es cortada con una enzima de restricción y los fragmentos se genera sopran por electroforesis en un gel de agarosa, se puede determinar el número de sitios de restricción y la distancia entre ellos a partir del número y la posición de las bandas en el gel. 8

9. •El uso del NCBI fue de gran utilidad para poder almacenar y actualizar constantemente la información sobre la secuencia genética, y así poder determinar el tipo de microrganismo el porcentaje de similitud que corresponde a la secuencia •SnapGene es una excelente herramienta de clonación que ayuda en planeación y simulación manipulaciones de ADN, pudiendo ser extraída de bacterias, hongos o diferentes microbios de estudio en la investigación científica VI. BIBLIOGRAFIA DESCUBRIMIENTO DEL ADN. (s. f.). El-descubrimiento-del-ADN.pdf. https://www3.gobiernodecanarias.org/medusa/ecoblog/aldiamor/files/2014/04/El- descubrimiento-del-ADN.pdf Electroforesis en gel (artículo) | Khan Academy. (s. f.). Khan Academy. https://es.khanacademy.org/science/ap-biology/gene-expression-and- regulation/biotechnology/a/gel-electrophoresis 9