1 / 10

Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита

Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита Научный руководитель профессор Халатур П.Г. Тема доклада «Моделирование цепочек пептида ( VAL - THR ) 6 в водном растворе методом молекулярной динамики». Введение. Задачи.

arella
Download Presentation

Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Исполнитель студент группы 517 Третьяков Никита Научный руководитель профессор Халатур П.Г. Тема доклада«Моделирование цепочек пептида (VAL-THR)6в водном растворе методом молекулярной динамики»

  2. Введение

  3. Задачи • Провести моделирование 2-х, 3-х и 4-х цепочек (VAL-THR)6 в случаях параллельной и антипараллельной ориентации • Посмотреть, происходит ли образование вторичных структур. Если такие структуры образуются, то выяснить, стабильны ли они на времени МД-эксперимента • Сделать статистику по количеству элементов вторичной структуры в файлах МД-траектории. На основании этой статистики сделать вывод о присутствии различных мотивов вторичных структур на МД-траектории

  4. Явный учёт растворителя Неявный учёт растворителя Явный и неявный учёт растворителя

  5. Параллельный и антипараллельныйβ-листы Основная цепь полипептида вытянута зигзагообразно. Несколько цепей могут быть упакованы плечо к плечу, и, сформировать структуру, представляющую собой серию складок

  6. Получение и начальная конформация цепочек • Цепочки собирались в модуле PROTEIN из пакета TINKER, начальная конформация достигалась с помощью модуля MINIMIZE из пакета TINKER • 2 цепочки • 3 цепочки • 4 цепочки

  7. 2 антипараллельные цепочки • 3 параллельные цепочки • 4 антипараллельные цепочки • 4 параллельные цепочки МД - эксперимент • amber 96 • схема неявного учёта воды SASA (с подобранными параметрами гидрофобности / гидрофильности) • NVT – ансамбль, T = 300К • термостат Берендсена • алгоритм интегрирования Верле • ПГУ 100Åх 100Åх 100Å • радиус обрезки потенциалов 45Å

  8. Анализ вторичных структур • H tot - total number of Alpha Helixes G tot - total number of 3-10 Helixes • I tot - total number of PI-Helixes E tot - totl number of Extended conformations • B tot - total number of Isolated Bridges T tot - total number of Turns • C tot - total number of None of the above

  9. Что было сделано? • Написана программа для подсчёта статистики по МД-траектории • Изучены цепочки (VAL-THR)6

  10. Что планируется делать дальше? • Вместо конецевых групп (–NH2)и (–CO-CH3)пришить к концам цепочек тиофеновый блок и ПЭО

More Related