1 / 88

Interrogation des banques de séquences sur différents serveurs

Interrogation des banques de séquences sur différents serveurs. SRS (EBI) DKFZ, NL ACNUC (Lyon) Expasy _ UNIPROT NCBI UCSC EnSembl ENCODE. European Bioinformatic Institute (EBI). http://www.ebi.ac.uk/. http://www.ebi.ac.uk/services. SRS http://srs.ebi.ac.uk/srs7.

bardia
Download Presentation

Interrogation des banques de séquences sur différents serveurs

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Interrogation des banques de séquences sur différents serveurs • SRS (EBI) DKFZ, NL • ACNUC (Lyon) • Expasy _ UNIPROT • NCBI • UCSC • EnSembl • ENCODE

  2. European Bioinformatic Institute (EBI) http://www.ebi.ac.uk/

  3. http://www.ebi.ac.uk/services

  4. SRS http://srs.ebi.ac.uk/srs7 http://www.dkfz.de/srs/

  5. 4 niveaux de requêtes : sélection des champs (par défaut l'ensemble des champs indexés) • Liens entre les niveaux : AND (par défaut) OR et BUTNOT • Extension des mots par * (défaut) . (case wildcard *) • Utilisation des opérateurs logiques : & (et) , | (ou) , ! (but not) dans un champ • Opérations plus complexes dans un champ: (critere1* | critere2*) & ( critere3 ! critere4) En général les requêtes doivent se faire sur des mots simples (éventuellement liés par des opérateurs logiques) : "globin & mouse" et non "globin mouse" Seuls les champs organismes sont composés : homo sapiens (et non homo & sapiens) Certains champs sont numériques : SeqLength, avec bornes max et min (1000:50000) • Output fields: Sélection des champs à visualiser dans la liste résultante • Display list: Affichage des réponses sous forme de liste (par défaut) ou de tableau • Sequence Format: Sélection des formats de séquences • Info: Liste et description du champ Alltext ou du champ sélectionné

  6. Liste sélectionnée :Affichage sous forme de tableau Affichage de la liste résultante :un clic sur une ligne de la liste visualise le document associé

  7. Sauvegarde de séquences (format FASTA) ID: 5HT1A

  8. Links sur d autres databases Sélection des banques pour établir des liens avec une vue particulière (ici la liste seule des identifieurs) Par défaut : recherche de liens vers les banques cibles L'opération réverse (non symétrique) permet de sélectionner les entrées dans les banques cibles qui ont comme liens l'ensemble source) Exemple : 5 séquences SwissProt ayant un lien avec 3 entrées PROSITE. Réversement, les 2 signatures PROSITE peuvent avoir 10 ou 20 liens avec des séquences SwissProt.

  9. Historique des Query : Results Q5 > SwissProt construction d'équation permettant l'obtention de cibles : Q5 & Q6 Q5>SwissProt > PDB SwissProt >PDB ....

  10. http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/BN000065

  11. http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

  12. http://doua.prabi.fr/templates/services

  13. sequence name accession species organelle molecule ... autres queries : organelle= mitochondrion and keyw= complete genome key=*globin* and species=hominidae and molecules = mrna

  14. Notion de sequences-filles (add subsequences - PE, RNA ..)

  15. en général : Fasta Direct sending

  16. http://www.expasy.org/

  17. UNIPROT

  18. 3 nodes au début Nucleotides Proteines Biblio URL obsolète

More Related