1 / 31

Table Browser

UCSC. UCSC. Table Browser. UCSC. UCSC. Table Browser. Table Browser: Introduzione Table Browser: Setup e filtri Table Browser: Intersezioni Custom Tracks: Table Browser & User Generated Riepilogo Esercizi. UCSC Table Browser: http://genome.ucsc.edu/. UCSC. Table Browser.

bayard
Download Presentation

Table Browser

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. UCSC UCSC Table Browser

  2. UCSC UCSC Table Browser • Table Browser: Introduzione • Table Browser: Setup e filtri • Table Browser: Intersezioni • Custom Tracks: Table Browser & User Generated • Riepilogo • Esercizi UCSC Table Browser: http://genome.ucsc.edu/

  3. UCSC TableBrowser http://genome.ucsc.edu/

  4. UCSC visualizzazione ricerca e download Database (MySQL) Tabelle primarie: posizioni, nomi, ecc. Tabelle ausiliarie: correlazione tra dati Genome BrowserDatabase

  5. UCSC UCSC Table Browser • Table Browser: Introduzione • Table Browser: Setup e filtri • Table Browser: Intersezioni • Riepilogo • Esercizi UCSC Table Browser: http://genome.ucsc.edu/

  6. UCSC TableBrowser Apre TBL browser Apre TBL browser http://genome.ucsc.edu/

  7. UCSC TableBrowser scegliere il genoma Scegliere il genoma Nel genoma umano, cercare i repeats localizzati sul cromosoma 4 con numero di ripetizioni maggiore di 10 e scaricarne le sequenze.

  8. UCSC TableBrowser scelta della tabella da interrogare Scegliere la tabella Nel genoma umano, cercare i repeatslocalizzati sul cromosoma 4con numero di ripetizioni maggioredi 10 e scaricarne le sequenze.

  9. UCSC TableBrowser Visualizzazione struttura tabella Descr.. tablella

  10. UCSC TableBrowser regione genoma Definizione della regione genomica in cui effettuare la ricerca Scegliere regione per la ricerca Nel genoma umano, cercare i repeats localizzati sul cromosoma 4 nt: 3000000-4000000con numero di ripetizioni maggioredi 10 e scaricarne le sequenze.

  11. UCSC TableBrowser Incolla Carica Restrizione della ricerca usando liste di codici identificativi

  12. UCSC TableBrowser utilizzo di filtri per rendere più specifica la ricerca Crea filtro Accetta filtro Nel genoma umano, cercare i repeats localizzati sul cromosoma 4con numero di ripetizioni maggioredi 10 e scaricarne le sequenze.

  13. UCSC TableBrowser Gestione output Gestione modalità di output Nel genoma umano, cercare i repeats localizzati sul cromosoma 4con numero di ripetizioni maggioredi 10 e scaricarne le sequenze.

  14. UCSC TableBrowser Gestione output: formato tabella Campi testo Formati output

  15. UCSC TableBrowser Gestione output: formato FASTA Sequenze

  16. UCSC TableBrowser Gestione output: formato DATABASE Database

  17. UCSC TableBrowser Gestione output: custom Track Custom Track

  18. UCSC TableBrowser Gestione output: hyperlinks Hyperlinks

  19. UCSC TableBrowser L’inserimento di un nome crea file di output sul desktop. Lasciare vuoto per output nel browser. (eccezione: custom track) Riepilogo output Gestione output: ottenere l’output…

  20. UCSC TableBrowser Gestione output: configurazione formato output SEQUENZE Formato sequenze Preleva seq.

  21. UCSC UCSC Table Browser • Table Browser: Introduzione • Table Browser: Setup e filtri • Table Browser: Intersezioni • Riepilogo • Esercizi UCSC Table Browser: http://genome.ucsc.edu/

  22. UCSC TableBrowser Intersezione dei dati 2° tabella Sovrapposizioni Intersezioni Conferma Trovare tutti i repeats (numero copie > 10)all’interno di geni noti e scaricarne le sequenze.

  23. UCSC TableBrowser Repeats filtrati Repeats filtrati sovrapposti a geni noti. Intersezione dei dati Riepilogo

  24. UCSC TableBrowser Formato sequenze Ottieni seq. Intersezione dei dati

  25. UCSC UCSC Table Browser • Table Browser: Introduzione • Table Browser: Setup e filtri • Table Browser: Intersezioni • Riepilogo • Esercizi UCSC Table Browser: http://genome.ucsc.edu/

  26. UCSC TableBrowser Apri TBLbrowser Apri TBLbrowser Riepilogo http://genome.ucsc.edu/

  27. UCSC TableBrowser Ricerca avanzata Genomi Dati Posizione Filtri ed Intersezioni Output

  28. UCSC UCSC Table Browser • Table Browser: Introduzione • Table Browser: Setup e filtri • Table Browser: Intersezioni • Riepilogo • Esercizi UCSC Table Browser: http://genome.ucsc.edu/

  29. UCSC TableBrowser Esercizio 1 Nel genoma umano, trovare tutti i geni RefSeq compresi nella seguente regione: chrX:150000054-151383976 e visualizzare il riepilogo dei dati ottenuti

  30. UCSC TableBrowser Esercizio 2 1) Quante sono le colonne presenti nella tabella? 2) Come si chiamano le colonne riportanti la posizione di inizio della trascrizione e l’inizio della CDS? Visualizzare la struttura della tabella RefSeq genes Domande:

  31. UCSC TableBrowser Esercizio 3 Nell’intero genoma umano, trovare tutti i geni RefSeq sul filamento positivo per i quali NON è annotata una 5’UTR ATTENZIONE: L’esercizio richiede un filtro da costruire tenendo in considerazione le risposte dell’esercizio precedente!

More Related