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文摘索引型数据库的检索方法. MEDLINE 光盘检索. MEDLINE 光盘检索. 一、 WinSpirs 简介 二、 MEDLINE 光盘数据库 简介 三、 WinSpirs 主要界面 四、用 WinSpirs 检索 MEDLINE 数据库的方法与技巧 (一)自由词检索 (二)叙词检索 (三)限制字段检索 (四)检索结果的输出 (五) WinSpirs 提供的其它辅助功能. 一、 WinSpirs 简介.
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文摘索引型数据库的检索方法 MEDLINE光盘检索
MEDLINE光盘检索 一、WinSpirs简介 二、MEDLINE光盘数据库简介 三、WinSpirs主要界面 四、用WinSpirs检索MEDLINE数据库的方法与技巧 (一)自由词检索 (二)叙词检索 (三)限制字段检索 (四)检索结果的输出 (五)WinSpirs提供的其它辅助功能
一、 WinSpirs简介 WinSpirs是美国Silverplatter(银盘)公司基于Windows平台开发的,适用于该公司所有光盘数据库的专业信息检索软件。WinSpirs的含义是SilverPlatter Information Retrieval System for Windows。与大多数优秀软件一样,PcSpirs和WebSpirs分别是Spirs的DOS和Internet版本。 WinSpirs是一个用户介面友好的易操作软件。它的检索功能强大,检索文献时,提供多种检索入口和检索方案,给用户以很大的自由度和灵活性,查全率与查准率较高。
二、MEDLINE光盘数据库简介 • 美国国立医学图书馆(National Library of Medicine, NLM)编辑出版 • 内容涵盖三种重要的纸本医学文献检索工具: 《Index Medicus》(医学索引) 《Index to dental Literature》(牙科文献索引) 《International Nursing Index》(国际护理索引) • 国际综合生物医学信息书目数据库, • 是当今世界上最大也是最权威的生物医学文献数据库 • 收录范围:1965年以来、70多个国家和地区出版、3900余种生物医学核心期刊的文献、每年50万条记录递增,
TI: Kharakteristika kDNK gena rpa43+ Schizosaccharomyces pombe: strukturnoeskhodstvo sub''edinitsy Rpa43 RNK-polimerazy I s sub''edinitsei Rpc25 RNK-polimerazy III. [Characteristics of the cDNA of the Schizosaccharomyces pombe rpa43+ gene: structural similarity of the Rpa43 subunit of RNA-polymerase I with the Rpc25 subunit of RNA-polymerase III] AU: Shpakovskii,-G-V; Shematorova,-E-K AD: Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia. gvs@ibch.siobc.ras.ru SO: Bioorg-Khim. 1999 Oct; 25(10): 791-6 IS: 0132-3423 PY: 1999 LA: Russian; Non-English CP: RUSSIA AB: We isolated and characterized full-length cDNA of the rpa43+ gene encoding one of subunits of the nuclear RNA polymerase I of Schizosaccharomyces pombe. …… MESH:*RNA-Polymerase-I-genetics; *RNA-Polymerase-III-genetics; *Schizosaccharomyces-genetics MESH: Amino-Acid-Sequence; Base-Sequence; DNA,-Complementary; Molecular-Sequence-Data; RNA-Polymerase-I-chemistry; RNA-Polymerase-III-chemistry; Sequence-Homology,-Amino-Acid TG: Animal PT: Journal-Article SH: chemistry; genetics RN: 0; EC 2.7.7.-; EC 2.7.7.- NM: DNA,-Complementary; RNA-Polymerase-I; RNA-Polymerase-III SI: GENBANK/AF129106 SB: Index-Medicus UD: 20001218 AN: 20110078 XREC: ABSTRACT (AB)
三、WinSpirs主要界面 • 数据库选择屏 • 数据库版权页 • 检 索 屏 • 索 引 屏 • 叙 词 屏
四、用WinSpirs检索MEDLINE数据库的方法与技巧 (一)自由词检索 (二)限制字段检索 (三)叙词检索 (四)检索结果的输出 (五)WinSpirs提供的其它辅助功能
用WinSpirs检索MEDLINE数据库的方法与技巧 (一)自由词检索 MEDLINE光盘检索过程中,如果没有特别指定叙词字段或用词表功能检索,一般的检索词都是自由词。数据库中的自由词来源于所有记录基本字段的单词、词组、数字、字符组合(禁用词除外)。 自由词检索可以在三种状态下实现: 1. 检索屏 Search: 提示符后 2. 命中结果显示区内 3. 索引屏状态下
用WinSpirs检索MEDLINE数据库的方法与技巧 (1) 检索屏 Search: 提示符后,可输入: ①任意的字母或数字组合,如:123,abc,3m等。 ②任意的单词或词组(禁用词除外),如:cancer;hepatitis b virus;AIDS; alpha adrenoceptor ③连缀词组,如:Interleukin-6; drug-abuse ④词根(截词)检索,如:comput*;cardi* (*为截词符,代表任意个字母) ⑤带通配符“?”的单词,例如:Colo?r可检索Color或Colour的文献,“?”表示0或1个字母。 ⑥以前的检索序号,如:#6 ⑦逻辑检索式:用逻辑运算符连接检索词形成的检索式就是逻辑检索式。 ⑧带引号的运算符的检索,“near”death experience
WinSpirs检索方法与技巧 WinSpirs中有以下几个逻辑运算符可进行逻辑复合检索: ①逻辑“与”运算 AND: 检索式写成A and B,表示文献中同时包含检索词A和检索词B的文献才是命中文献。hepatitis B and therapy 。 ② 逻辑“或”运算 OR: 检索式写成A or B,表示包含检索词A的文献或者包含检索词B的文献或者同时包含检索词A和B的文献为命中文献。hepatitis and (diagnosis or therapy)。 ③ 逻辑“非”运算 NOT: 检索式写成A not B,表示包含检索词A同时不包含检索词B的文献为命中文献。hepatitis B virus not human NOT运算符应该慎用,它容易漏检需要的文献。
④ 邻近度算符 with: 逻辑“与”运算符And的延伸 检索式写成A with B,表示检索词A和检索词B不仅要同时出现在一条记录中,还要同时出现在一个字段里的文献才是命中文献。 drug with abuse ⑤ 邻近度算符 near: 邻近度算符with的延伸 检索式写成A near B,表示检索词A和检索词B不仅要同时出现在一条记录的同一字段里,还必须在同一个子字段(一句话)里的文献才是命中文献。drug near abuse 邻近度算符 near#: “#”代表一个常数):near的延伸 检索式写成A near# B,表示检索词A和检索词B之间有0~#-1个单词的文献(A和B在同一记录、同一字段里)。在near后加一个数字,指定两个词的邻近程度,且不论语序。information near2 retrieval
⑥ 邻近度算符 adj: 两词紧紧相连,且顺序不能颠倒。 aids adj therapy aids therapy (词序可颠倒,中间可有标点符号、连接符) ⑦ 在一个检索式中,可以同时使用多个逻辑运算符,构成一个复合逻辑检索式。复合检索式中,优先级为: 括号 > not > adj >near > with > and >or 例如:(therapy and aids near hiv) not animal
用WinSpirs检索MEDLINE数据库的方法与技巧 (2)命中结果显示区内 指令Show是用来显示检索命中结果的,如果在浏览已检到的检索结果时,发现文中有更好的,更确切的词,那么你可以通过鼠标加亮该词或词组,按Add to Search按钮送到检索提示符Search:后进行检索。这种从显示的记录中选词再检索也称为横向检索。在横向检索中,既可以选择一个单词也可以选择一串单词(词组或短语)作为检索式。选择的短语长度不超过140个字符。
用WinSpirs检索MEDLINE数据库的方法与技巧 (3)索引屏状态下 索引屏所展现的是MEDLINE数据库的基本索引,又称主要倒排档。它列出了MEDLINE数据库中全部记录的所有可以检索的词、词组或字符组合。可检的索引条目包括了用户可以用以检索的任意单词、数字、字符组合、词组和短语。在索引屏状态下,用户既可以按字顺查看数据库中所有被索引的词及用连字符连接起来的术语,并允许从中选择一个或多个词进行自动检索,也可以在Index:提示符后输入一个特定的词或词根,索引会自动停留在相关的条目上。如果同时选择多个词,那么WinSpirs将对这些词进行“或”(or)运算。
用WinSpirs检索MEDLINE数据库的方法与技巧 (二)限制字段检索 在检索屏Search:提示符后的检索词输入区内,对任何自由词可用“in”或“=”等限定符加上字段标识符指定在某个字段内检索。这种指定字段检索可使检索结果非常精确,并使用户感到检索的随意性和易操作性。
MEDLINE光盘数据库的结构 (1) 标识符 字段名称 属性 TI Title(篇名) AU Author(著者姓名) AD Address of Author(著者通讯地址) SO Source(文献来源) PY Publication Year(出版年份) * LA Language of Article(文献语种) * CP Country of Publication(出版国家) * AB Abstract(文摘) (包括MA和OA) XREC Record Features(记录特征) * MESH Medical Subject Headings(医学主题词) MIME Minor MeSH Headings(次要MeSH词) MJME Major MeSH Headings(主要MeSH词) SH Subheadings(副主题词) *
MEDLINE光盘数据库的结构 (2) 标识符 字段名称 属性 PS Personal name as Subject(人名作为主题词) CN Contract or Grant Numbers(合同号或资助号) RN CAS Registry Number or EC Number (化学物质登记号或酶号) NM Name of Substance(物质名称) IS International Standard Serial Number(国际标准刊号) * TG Checktags(特征词) * AN Accession Number(MEDLINE存取号) * UD Update code(更新代码) * SI Secondary Source Identifier(第二文献来源标识) SB Subset(MEDLINE子集) * CM Comments(评论) GS Gene Symbol(基因符号) PT Publication Type(出版类型) *
MEDLINE数据库的所有字段都可进行 in 限制检索,其中 = 只能用于限制性字段检索。
限制字段检索举例: (1)篇名内检索:leukocytes in ti (2)文摘内检索:cholesterol in ab (3)出版年份(限制性字段)检索:2000 in py 出版年份的限制除可用“in”之外,还可用>、<、=、>=、<=限制,如py>=1998 (4)语种(限制性字段)的限制检索:la=german或german in la (5)作者的限制检索:han-q-d in au
(6)医学主题词的限制:epilepsy in mesh; epilepsy in mjme; epilepsy in mime (7)出版类型(限制性字段)的限制检索:review in pt; pt=editorial (8)期刊名称的限制:nature in so; ann-o* in so (9)著者通讯地址检索:peking university in ad (10)文献标识(限制性字段)限制检索:xrec=ab; ab in xrec
用WinSpirs检索MEDLINE数据库的方法与技巧 (三)叙词检索 叙词也可称为主题词,它是对自然语言进行规范化处理后的结果。叙词检索是MEDLINE CD-ROM数据库的重要检索途径。 MEDLINE数据库的叙词有主题词(Headings)和副主题词(Subheadings)两种。另外,每一篇文献的主题词也有主次之分:主要主题词(MJME)描述文献重点讨论的内容;次要主题词(MIME)描述文献一般涉及的问题。 自由词与叙词检索最重要的差别在于前者是字面检索,后者是概念检索。 叙词检索可以在两种状态下实现: (1)叙词屏状态下 (2)检索屏 Search: 提示符后
用WinSpirs检索MEDLINE数据库的方法与技巧 (1)叙词屏状态下 叙词屏展示的是MEDLINE数据库特有的一个主题词表(Medical Subject Headings, MeSH)。MeSH词表是帮助检索人员查找与自己课题相关的叙词进行检索的辅助工具。该词表提供友好的界面,灵活的查找方法,详尽的叙词说明与使用规则。它是叙词检索的最好方式。主题词检索过程主要由三部分组成: ①轮排索引(Permuted Index) ②所选词注释信息(Term Information) ③副主题词表选择屏(Subheadings Selection)
用WinSpirs检索MEDLINE数据库的方法与技巧 (2)Search状态下: ①用符号“/”连接主题词与副主题词作为叙词检索表达式 表达式为:主题词/副主题词 例如:hepatitis B / diagnosis ②用字段标识符限定检索, 表达式为:主题词in MeSH 例如:hepatitis B in MeSH
用WinSpirs检索MEDLINE数据库的方法与技巧 (四)检索结果的输出 检索文献的目的是为得到最终的检索结果(题录或文摘),检索结果的输出有三种方式:显示(Show),打印(Print)和套录(Download)。在检索结果正式输出之前,系统允许用户对记录进行选择标记、横向检索,修改输出工作环境和参数设置。
用WinSpirs检索MEDLINE数据库的方法与技巧 (五)WinSpirs提供的其它辅助功能 WinSpirs除提供许多复杂的检索功能和途径以外,还提供了许多与检索有关的辅助功能,这些功能使我们能快捷方便的检索文献,是主要检索途径的补充和完善。 WinSpirs主要提供以下辅助功能: (1)检索史的管理 (2)使用建议词检索 (3)对检索结果的排序 (4)使用联机帮助学习检索方法
(1)检索史的管理 WinSpirs可以对用户已经输入的检索式进行管理,包括对检索式的再利用、删除、存储和运行一个检索史。 ①检索式的再利用: 点击加亮某检索式,并按Retype按钮,WinSpirs自动在Search:提示符后重新输入该检索式。 ②检索式的清除: 当检索史显示区的检索式太多,太乱,不便浏览和组织,可以删除一部分无用的检索式。
③检索史的存储: WinSpirs允许用户存储一个自己满意的检索史以便以后再利用。在选择其它数据库或更新数据库进行检索时,如果有存储好的检索式,检索将会变得简单和容易。 ④检索史的调用与运行: 检索史的调用与运行是检索史存储的相对行为,当已存储了一个检索史时,用户可以对其进行调用与运行。
用WinSpirs检索MEDLINE数据库的方法与技巧 • (2)使用建议词检索 当用户不能确定用什么词检索自己的课题更好时,WinSpirs可以给出一些建议词供用户选择,这些建议词往往都是能够保证查全查准的叙词。具体操作为:在检索屏Search:提示符后输入用户认可的任何一个自由词(不要回车),然后立即点击 Suggest 按钮,WinSpirs将提供一系列与该自由词相关的叙词供用户检索使用。
用WinSpirs检索MEDLINE数据库的方法与技巧 (3)对检索结果的排序 为了便于用户浏览或满足用户某种特定的需要,WinSpirs允许用户对检索结果进行排序,例如:用刊名对检索结果进行排序,使用户能方便地在图书馆找到文献原文,因为图书馆期刊是按刊名的字顺来排架的。对检出文献的任意字段都可进行排序,排序方式可以是升序(A-Z)或降序(Z-A)。 由于运算速度的原因,WinSpirs只对1000条以下的检索结果进行排序,超过1000条,WinSpirs将拒绝对检索结果进行排序。
用WinSpirs检索MEDLINE数据库的方法与技巧 (4)使用联机帮助学习检索方法 同许多软件一样,WinSpirs也提供联机帮助供用户自学。WinSpirs的联机帮助有两种:一种是WinSpirs本身的使用帮助,另一种是对用户正在使用的数据库的帮助。调出联机帮助的步骤是:在WinSpirs的任何状态下,按F1功能键或点击菜单条中Help选项,屏幕上立刻弹出联机帮助窗口,通过浏览联机帮助中的超链接文本,用户可以学习一切关于WinSpirs和相关数据库的使用方法和技巧。
检索举例 1. 查找“艾滋病诊疗进展”方面的文献AIDS 2. 统计MEDLINE 收录的:北京大学医学部2001年用中文发表的文献的数量 3. 查找“我校韩启德在国内杂志上用英文发表的有关心血管疾病”方面的文献 Cardiovascular Disease
#1 Cardiovascular Disease*#2 explode "Cardiovascular-Diseases"/ all subheadings#3 han-q-d in AU#4 china in CP#5 chinese in LA#6 ((#1 or #2) and #3 and #4) not #5
习 题 用MEDLINE光盘检索下列各题:(未特殊要求请选择2000年数据库) 1、查找“H2受体拮抗剂在胃溃疡治疗中的应用”的文献提示:stomach ulcer、 H2 receptor blockaders 2、查找“2001年韩启德发表文章的情况”提示: ①著者姓前名后,姓全称、名缩写②注意用著者地址辨别著者的真伪 3、查找“细胞程序化死亡的综述文献”提示:Apoptosis 4、查找“孕妇吸烟对胎儿影响”的相关文献提示:smoke、 pregnanct(gravida)、fetal
实习报告格式示例 • 检索策略: #1 9410 aids and (diagnosis or therapy) #2 487 "Acquired-Immunodeficiency-Syndrome"/ diagnosis , therapy #3 216243 review in pt # 4 1692 (#1 or #2) and #3 • 检索结果: TI: Highly active antiretroviral therapy in neonates and young infants. AU: Bell,-G-S SO: Neonatal-Netw. 2004 Mar-Apr; 23(2): 55-64