Семейства белков-регуляторов транскрипции у эукариот .

1. Семейства белков-регуляторов транскрипции у эукариот.

2. Типы транскрипционных факторов • Базальные – обязательно необходимые, для связывания РНК-полимеразы с промотором. • Активаторы- белки, связывающиеся с промотором и усиливающие транскрипцию • Репрессоры - белки, связывающиеся с промотором и угнетающие транскрипцию • В эукариотах последовательность на промоторе,узнаваемая активаторами называется response element • Коактиваторы- факторы не связывающиеся с ДНК, но необходимые для связывания факторов с ДНК.

3. Response element • Heat shock response element (HRE) • Glucocorticoid response element (CRE) • Estrogen response element (ERE) • Serum response element (SRE)

4. Способы активации ТФ

5. Классификация транскрипционных факторов • Факторы, ДНК-связывающий домен которых обогащен положительно заряженными аминокислотными остатками -Факторы с доменами спираль-петля-спираль (bHLH) • Факторы, у которых ДНК-связывающий домен формируется с участием координированных ионов цинка - zinc-coordinated DNA-binding domain • Факторы, имеющие ДНК-связывающий мотив типа спираль-поворот-спираль ( helix-turn-helix DNA binding motif, 369 факторов ). -Гомеодомены

6. Cys-X2-4-Cys-X3-Phe-X5-Leu-X2-His-X3-His His и Cys остатки связываются с Zn благодаря чему весь мотив сворачивается в компактный домен В одном белке может Содержаться от 2 до 30 Цинковых пальцев Zn-finger (Цинковый палец).”Классический” C2H2

7. Zn-finger C2H2 • С- концевая часть каждого пальца формирует альфа-спираль. • N-концевая часть Каждого пальца формирует бета-лист. • Каждая альфа- спираль формирует 2 специфичных контакта с ДНК

8. Взаимодействие с ДНК

9. Ядерные рецепторы гормонов как активаторы • Лиганд-зависимые активаторы. • Имеют отдельные ДНК - и лиганд – связывающие домены.

10. Способы активации ТФ

11. Стероидные рецепторы имеют Zn-finger типа C4 • ДНК –связывающие домены стероидных рецепторов – разновидность Zn-finger, имеющих Cys ,но не His остатки. • Cys-X2-Cys-X13-Cys-X2-Cys • Стероидные рецепторы связываются с ДНК как димеры(палиндромный сайт посадки на ДНК)

12. Глюкокортикоидные и эстрагеновые рецепторы • 2 цинковых пальца • 1ый участвует ДНК-связывании. • 2ой отвечает за димеризацию. • Образуют гомодимеры

13. Тиреоидные и ретиноидные рецепторы. • Образуют гетеродимеры. • Сайт посадки – прямые ДНК повторы. • Разным гетеродимерам соответствуют последовательности на ДНК с разной длиной между прямыми повторами.

14. Zn-finger(Zn2C6) в структуре фактора GAL4

15. К вопросу о димерах и мономерах..

16. Белки с гомеодоменами • Гомеодомен – ДНК-связывающий домен ок. 60 а.о.,образующих 3 альфа-спирали. • 17 а.о третьей альфа-спирали на С-конце взаимодействуют с большой бороздкой ДНК • Белки с гомеодоменами могут быть как активаторами,так и репрессорами транскрипции

17. Белки с гомеодоменами

18. НТН-мотив встречающийся в гомеодоменах также встречается у прокариот. HTH мотив Спецефические Взаимодействия Не специфические Взаимодействия 

19. Нelix-loop-heliх • helix-loop-helix (HLH) =спираль-петля-спираль – мотив,ответственный за димеризацию класса транскрипционных факторов (HLH белков) • bHLH белки имеют ДНК-связывающий участок,прилегающий к HLH мотиву. • HLH белки длиной 40-50 а.о.,содержат 2 амфипатический альфа-спирали,разделенные 15-16 а.о • HLH белки связываясь с bHLH белками образуют гетеродимер не способный связываться с ДНК.

20. Нelix-loop-heliх

21. Пример регуляции при помощи HLH белков

22. Leucine zippers – Лейциновая молния • Лейциновая молния – тип димеризующего мотива. • Димеризация происходит за счет амфипатической cпирали, в которой каждым седьмым аминокислотным остатком является Leu • Все боковые остатки Leu выступают с одной стороны альфа-спирали и при воздействии двух полипептидных цепей переплетаются друг с другом, как в застежке-молнии

23. Signaling