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Bamfile compress

Bamfile compress. 试验结果. 参数设置： 生成的基因序列长度为 3000 每个 slot 长度为 150 每个 read 长度为 100 变量： 覆盖 概率 P. 试验结果（区间数量）. 变化概率 P. 试验结果（最大区间长度）. 变化概率 P. 试验结果 （ 平均 区间长度）. 变化 P. 文件大小. 原来如果按一个 ACTG 之类的基因 2 个 bit 算，对于 3000 长度的序列以及 100 的覆盖，需要 6M 左右 P 变化. 写文章中的问题. 1. 还需要做哪些实验 2. 编码的理论我不知道该怎么写.

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Presentation Transcript

  1. Bamfile compress

  2. 试验结果 • 参数设置： • 生成的基因序列长度为3000 • 每个slot长度为150 • 每个read长度为100 • 变量： • 覆盖 • 概率P

  3. 试验结果（区间数量） • 变化概率P

  4. 试验结果（最大区间长度） • 变化概率P

  5. 试验结果（平均区间长度） • 变化P

  6. 文件大小 • 原来如果按一个ACTG之类的基因2个bit算，对于3000长度的序列以及100的覆盖，需要6M左右 • P变化

  7. 写文章中的问题 • 1. 还需要做哪些实验 • 2. 编码的理论我不知道该怎么写

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