150 likes | 879 Views
Kristalisasi protein. = Pengendapan protein secara lambat dan terkendali. Pengendapan protein. Pengendapan dalam pemurnian protein - ammonium sulfat - etanol (dingin) - propanol and isopropanol - polyetilen glikol (PEG) Prinsip: pengikatan air sehingga mengurangi kelarutan protein.
E N D
Kristalisasi protein = Pengendapan protein secara lambat dan terkendali
Pengendapan protein • Pengendapan dalam pemurnian protein- ammonium sulfat- etanol (dingin)- propanol and isopropanol- polyetilen glikol (PEG) • Prinsip: pengikatan air sehingga mengurangi kelarutan protein
4 tahap penting dalam kristalisasi • Penentuan kemurnian protein • Kelarutan protein dalam pelarut yang cocok (biasanya larutan bufer) • Membawa larutan protein ke superjenuh (pembentukan inti kristal) • Setelah pembentukan inti, pertumbuhan kristal (pada derajat superjenuh rendah)
Bagaimana mencapai superjenuh? • Mengubah suhu • Meningkatkan konsentrasi pengendap • Teknik yang banyak dipakai: difusi uap tetes mengantung (hanging drop vapour diffusion) • Tetes mengandung 50% larutan proteinsolution dan 50% larutan induk (reservoir) • Difusi lambat pelarut dari tetes ke reservoir hingga kesetimbangan
Contok: kristalisasi fosfolipase A membran luar • Hanging-drop vapour diffusion • Protein solution: • 8 mg/ml OMPLA • 1,5 % -oktil-glukosida • 10 mM buffer suksinat, pH 6,5 • 1 mM NaN3 • Reservoir solution: • 25-29 % 2-metil,2,4-pentanediol • 1 mM CaCl2 • 0,1 M Bis-Tris pH 6.0
Jancarik and Kim, 1991 • Merancang matriks jarang untuk kondisi kristalisasi, berbagai pengendap, PH, dan tambahan • Seakrang ada di pasaran, seperti oleh Hampton Research, California (Crystal Screen I) • Kondisi yang menjanjikan dioptimasi; PH dapat berbeda dari yang tertulis • Penapisan mengandung bufer, dan saeringkali cryo-protectant
Data kristalisasi dari PDB • 26 Agustus 2008: 52 684 struktur • 44 936 melalui kristalografi sinar-X • 8 289 mengandung informasi kristalisasi yang dapat diterjemahkan: • 23 793 jenis bahan kimia dipakai • 415 diantaranya hanya digunakan sekali • 38 bahan kimia ditemukan lebih dari 100 kristalisasi
Bahan kimia yang paling banyak dipakai • 2 070 ammonium sulfat • 1 623 Tris / Tris-Cl • 1 271 PEG 4000 (all PEGS 4 652 times) • 1118 (Na+) HEPES • 1116 (Na+) asetat • 934 PEG 8000 • 864 (Na+) sitrat • 849 NaCl • 641 (Na+) MES
References • Jancarik, J., Kim, S.H. (1991) J. Appl. Crystallogr. 24, 409-411 • Tran, T.T., Sorel, I., Lewit-Bentley, A. (2004) Acta Crystallogr. D60, 1562-1568 • Peat, T.S., Christopher, J.A., Newman, J. (2005) Acta Crystallogr. D61, 1662-1669