Quels examens de biologie moléculaire prescrire et obtenir en 2011?

1. Quels examens de biologie moléculaire prescrire et obtenir en 2011? I Rouquette

2. Plateformes hospitalières de génétique moléculaire des cancers Elles ont pour vocation de réaliser les tests moléculaires innovants pour l’ensemble des patients de la région, quel que soit l’établissement où ils sont pris en charge, CHU, CLCC, CH ou établissement privé.

3. Plateforme de génétique moléculaire des cancers • Directeur de plateforme: E Delabesse • Trois sites: • Rangueil I Rouquette: poumon EGFR/ALK/BRAF/HER2 • ICR G Favre PI3K poumon • Purpan J Selves Lamant: colon mélanome E Delabesse: BCR ABL/KIT

4. A Rangueil • 2005 projet ligue: séquençage de 100 patients acquisition d’une expertise formation technicien Tenon • 2007 demande d’activité nouvelle: acquisition d’équipements et budget fonctionnement sur 2 ans pour commande réactifs • 2009 : intégration plateforme biologie moléculaire des cancers du CHU (E Delabesse) • 2009 ORPAMIP: Structuration de la biologie moléculaire.(Kras, EGFR, MSI, 1p19q). • 2010: Subvention EGFR INCa: pas de facturation clinicien patient, remboursement déstockage • 2011: subvention INCa biomarqueurs émergents

6. AUJOURD’HUI • Une AMM première ligne: gefitinib • Une ATU: Crizotinib • Des essais cliniques plus ou moins avancés Un seul examen aujourd’hui indispensable pour guider la conduite thérapeutique: recherche des mutations activatrices d’EGFR

7. GEFITINIB (IRESSA®) is indicated for the treatment of adult patients with locally advanced or metastatic non small cell lung cancer (NSCLC) with activating mutations of EGFR.

8. 3% 5% 3% 48%

9. 2142 adénocarcinomes exon 19 et L858R Incidence of EGFR Exon 19 Deletions and L858R in Tumor Specimens From Men and Cigarette Smokers With Lung Adenocarcinomas Sandra P. D’Angelo et al J Clin Oncol 2011

10. Indications • Financement INCa: Tous les patients atteints d’un adénocarcinome du poumon devraient pouvoir avoir accès au test EGFR pour déterminer le statut mutationnel de leur tumeur. • Non acceptés par la plateforme: épidermoïdes du fumeur, NEGC • Acceptés après discussion: épidermoïdes du non fumeur, adéno-squameux, CNPC.

11. Circuit des examens de biologie moléculaire Pathologiste détenteur du matériel CHG, CHU, Secteur Privé Pathologiste de la plateforme

12. Contrôle morphologique Extraction d’ADN PCR Criblage Séquençage des variants

13. BILAN EGFR 2010

16. une altération moléculaire peut être identifiée chez environ 40 % des patients atteints d’un cancer du poumon non à petites cellules. 20-30% 12-14% 5%

19. Translocation EML4-ALK 81 Activité de l’inhibiteur oral de ALK, le PF-02341066, dans une population de CBNPC positifs pour ALK (n = 82) 60 Progression Stabilité 40 Réponse partielle confirmée 20 Réponse complète confirmée 0 Variation maximale de la tailletumorale (%) -30 % -20 -40 -60 -80 Taux de réponse = 57% Contrôle à 8 semaines : 87 % SSP à 6 mois : 72 % -100 Kwak, NEJM 2010

20. Protéine de fusion EML4-ALK: partie N-term. EML4 (echinoderm michrotubule associated protein like 4) + portion intracellulaire du récepteur tyrosine-kinase ALK (anaplastic lymphoma kinase) inversion du bras court du chromosome 2 [Inv(2)(p21p23)] qui fait joindre exons 1–13 de EML4 aux exons 20–29 de ALK. 20

21. Split signal en FISH • FISH: examen de biologie moléculaire: • Problèmes: • Fixateur • Echantillonnage • Eosine • Equipement spécifique • Aide à la lecture • On n’identifie que la cassure d’ALK

22. Clin Cancer Res 2010 D5F3 or D9E4 antibodies J Clin Pathol 2010 ALK 5A4 Journal of Thoracic Oncology 2011 ALK1+ système de révélation

24. Bilan ALK 2011

25. Mutations de K-Ras Exon 1 GGT GGC GCA CCA Codon 12 Codon 13 Codon 59 Codon 61 Glycin TGT Cystin CGT Arginine GTT Valine AGT Serine GAT Aspartate GCT Alanine • Mutations activatrices en position 12,13 or 61 • Mutuellement exclusives avec celles d’ EGFR • Associées au tabac (transv. G en T ou C) • 22% des ADC ( très rares ds malpighiens) • Mais chez 15% des non fumeurs (transition G en A)

26. BRAF Marchetti et al J Clin Oncol 2011 1,046 NSCLCs BRAF mutations were present in 36 ADCs (4.9%) and one SCC (0.3%). Twenty-one of the mutations (56.8%) were V600E, and 16 (43.2%) were non-V600E. Paik et al J Clin Oncol 2011 BRAF mutations occur in 3% of patients with lung adenocarcinoma and occur more commonly in current and former smokers

27. BRAF mutations occur in approximately 5% of pulmonary adenocarcinomas, often with a papillary architecture, but in the micropapillary subgroup, the incidence rises to approximately 20%, similar to that seen in thyroid and ovarian papillary adenocarcinoma. Yousem et al The histopathology of BRAF-V600E-mutated lung adenocarcinoma. Am J Surg Pathol. 2008 Rosane De Oliveira et al Micropapillary LungAdenocarcinomaEGFR, K-ras, and BRAF Mutational ProfileAm J Clin Pathol 2009

28. Shigematsu Cancer Res 2005; HER2 mutations were present in 1.6% (11 of 671) of NSCLC Pao Lancet Oncol 2011 HER2 mutations are present in 2% of NSCLC

29. PIK3CA PIK3CA Mutations and Copy Number Gains in Human Lung Cancer Cancer Res 2008;68(17):6913–21]1,6% de mutations. PIK3CA copy number gains occur at much higher frequencies in lung cancers than do activating mutations and the gains target squamous cell carcinomas. IGR Essai précoce: GDC-0941, inhibiteur de la protéine PI3 kinase

30. Autres biomarqueurs

31. Améliorations Techniques EGFR: Passage techniques plus rapides et sensibles, redesign des amorces, sensibilisation fixateur: moins de prélèvements non interprétables, délais raccourcis FISH ALK: criblage IHC systématique corrections éosine acidité, contrôle externalisé des cas litigieux

33. Améliorations gestion • Interface cliniciens/plateforme: Mélanie Boussard • Fiche modifiée téléchargeable • Développements informatiques pour recueil de données et rendu résultats (fiches complémentaires)

38. BILAN EGFR 2011

39. ANNEE 2010 ANNEE 2011

40. Evolution du tabagisme et du nombre de femme/homme (en %)

41. Aujourd’hui • Un dossier enregistré le vendredi • Résultats exon 19/21/20 IHC ALK le mercredi • Résultats KRAS BRAF HER2 le vendredi • Si demande PI3K transfert ICR si matériel restant

42. Délais Délai de rendu des résultats (en jours) Délai d’acheminement de la demande entre le prescripteur et le laboratoire de biologie moléculaire (en jours)

43. Augmentation du nombre de dossiers pour les différentes analyses depuis le début de l’activité

44. Les non conformités les plus retrouvées • Fiches de prescription directement envoyée au laboratoire de biologie moléculaire sans prélèvement • Le stade TNM de la maladie n’est pas indiqué ou ne correspond pas aux indications précisées pour la prescription de l’analyse • Le statut tabagique n’est pas renseigné • La date de prélèvement n’est pas renseignée • Le fixateur n’est pas renseigné • Le numéro du prélèvement inscrit sur la fiche de prescription est absent ou ne correspond pas au numéro du bloc • La congélation du prélèvement n’est pas indiquée • 1 dossier de prescription sur 3 n’est pas conforme… • Ce qui entraine: • Un retard de traitement et donc un retard de rendu des résultats • Une perte de temps pour l’ingénieur qui doit rappeler les prescripteurs/anatomopathologiste • Un défaut dans les statistiques rendus à l’INCA

45. Reste à améliorer • Délai d ’acheminement • Délai de réponse (protéinase K, DCC) • Évolution continue des techniques • Renseignements cliniques • Projet IFCT de recueil des données

46. Le futur sur la plateforme • Prescrire via le DCC ONCOMIP (Suivi, rendu des résultats) • Améliorer la détection des anomalies les plus utiles (plateforme aide lecture FISH, MAD pyroséquenceur) • Participer aux études nationales et aux STIC • Développer l’IHC • Développer la détection de nouveaux biomarqueurs (amplification c-met, FGFR…) • Exploitation des données recueillies projet IFCT

48. Le futur • ALK: algorithme IHC/FISH • EGFR: place des anticorps? • Marqueurs prédictifs de réponse (TS..): IHC Etudes multicentriques de validation, STIC