在线网站的应用

1. 在线网站的应用 郭雪娇

3. 酵母基因组数据库（SGD） 1994年由美国国家卫生研究院(US National Institutes of Health.)人类基因组研究所创立，专门收集有关酿酒酵母（俗称面包酵母或发芽酵母）的遗传学和分子生物学信息，包括酵母基因和蛋白质序列及其生物学作用、分子功能、酵母亚细胞结构的描述和分类，并随时报道有关酿酒酵母的最新动态。 SGD的宗旨是帮助科研人员获取有关酵母的大量信息，同时帮助非科研人员寻找酵母虚拟图书馆。用户通过注册后可为该数据库提供有关酵母的信息、提交个人研究的基因图谱、发布建议和问题等。SGD数据库在美国斯坦福大学注册，美国斯坦福大学医学院遗传系的工作人员负责数据的维护和更新，为用户提供在线咨询等服务。 http://www.yeastgenome.org/

6. 以“pyruvate”为例

7. KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes京都基因与基因组百科全书 是系统分析基因功能、基因组信息数据库，它有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。 KEGG是进行生物体内代谢分析、代谢网络研究的强有力工具。 http://www.genome.jp/kegg/

9. KEGG • 基因组信息存储在GENES数据库里，包括完整和部分测序的基因组序列 • 更高级的功能信息存储在PATHWAY数据库里，包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，还包括同系保守的子通路等信息 • LIGAND数据库包含关于化学物质、酶分子、酶反应等信息 • KEGG提供的整合代谢途径 (pathway)查询十分出色，包括碳水化合物、核苷、氨基酸等的代谢及有机物的生物降解，不仅提供了所有可能的代谢途径，而且对催化各步反应的酶进行了全面的注解，包含有氨基酸序列、PDB库的链接等等。

10. NCBI national center for biotechnology information美国国立生物技术信息中心 参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立法。

11. NCBI • NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。 • 建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统 • 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究 • 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用 • 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力

12. NCBI数据库 Nucleotide：由国际核苷酸序列数据库成员美国国立卫生研究院GenBank、日本DNA数据库（DDBJ）和英国Hinxton Hall的欧洲分子生物学实验室数据库（EMBL）三部分数据组成。 Genome：即基因组数据库，提供了多种基因组、完全染色体、Contiged序列图谱以及一体化基因物理图谱。 Structures：结构数据库或称分子模型数据库（MMDB），包含来自X线晶体学和三维结构的实验数据。 Taxonomy：生物学门类数据库，可以按生物学门类进行检索或浏览其核苷酸序列、蛋白质序列、结构等。 PopSet：包含研究一个人群、一个种系发生或描述人群变化的一组组联合序列。PopSet既包含核酸序列数据又包含蛋白质序列数据。

15. 蛋白序列 DNA序列

16. JCAT——Java Codon Adaptation Tool

17. 氨基酸序列优化结果

18. DNA序列优化结果

19. GENEDESIGN http://54.235.254.95/gd/

20. 优化的基因序列 基因名

23. THANK YOU