1 / 30

Ген - ориентированные базы данных и геномные браузеры

Ген - ориентированные базы данных и геномные браузеры. Что такое ген-ориентированные базы данных ? Самые простые примеры таких БД Примеры геном-ориентированных баз данных и геномные браузеры Human Genome Browser. Что такое ген-ориентированные базы данных ?.

elwyn
Download Presentation

Ген - ориентированные базы данных и геномные браузеры

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Ген-ориентированные базы данных и геномные браузеры • Что такое ген-ориентированные базы данных? • Самые простые примеры таких БД • Примеры геном-ориентированных баз данных и геномные браузеры • Human Genome Browser

  2. Что такое ген-ориентированные базы данных? • Единица исследования – ген (а не экспериментальная последовательность) • Призваны снабжать информацией по конкретному гену, а не “последовательностям, относящимся ко данному конкретному гену” – интегрируют все такие части в единое целое за Вас

  3. Первый пример – Gene Entrez (бывший LocusLink) в NCBI • Единица – генетический локус – конкретное место на хромосоме, кодирующее данный белок и/или соответствующее данному гену

  4. DUT ген человека

  5. Продолжение записи: • Bibliography • Related Articles in PubMed • GeneRIFs: Gene References Into Function • Interactions • General gene information • Markers • Genotypes • Pathways • Homology • GeneOntology • General protein information (Names, ECs, ACs) • NCBI Reference Sequences (RefSeq) • mRNAs and proteins • Reference assembly + Alternate assembly: Genomic • Related Sequences (links between ACs of different types) • Additional Links (OMIM, PharmGKB, HRDP, UniGene)

  6. MapViewer

  7. Геномные базы данных • Объект – полный геном • Возможность одновременно изучать все гены одного генома • Сравнение друг с другом целых геномов – сравнительная геномика (comparative genomics) • Интеграция всей доступной информации о данном геноме • Основная информация о генах, но в геномном контексте • Геномные браузеры – графическое представление всей интегрированной информации NCBI -> Genomic Biology (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genomes/)

  8. Вирусные геномы Под таблицей – поиск (точное название генома или любого другого уровня таксономии) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/VIRUSES/viruses.html

  9. HIV2 геном

  10. Sequence Viewer

  11. “Protein coding genes” link

  12. gMap (comparative genomics) • Zoom in, zoom-out • Выбрать подмножество геномов • Или кластер • (!) Графическая схема в каждом окне своя!

  13. Бактериальные геномы на сайте NCBI Tools legend: T - TaxMap; P - ProtTable; C - COG Table; D - 3-D neighbors; L - BLAST; S - CDD search; G - GenePlot; X - TaxPlot; M - gMap; F - FTP; R - Publications

  14. COG Table

  15. COG Table – регион (Overview)

  16. Каждая точка – ген Положение – слева направо, сверх вниз Цвет соответствует таксону лучшего BLAST-хита Только выше выставленного порога Распределение всех бласт хитов – нижняя диаграмма Click на точку – список бласт хитов к сегменту TaxMap

  17. Genomes in progress

  18. TIGR Comprehensive Microbial Resources http://cmr.tigr.org/tigr-scripts/CMR/CmrHomePage.cgi Стратегия – от инструмента, а не от генома

  19. Все геномы на TIGR

  20. Эукариоты • NCBI – Map Viewer, FTP для полной последовательности, таксономические группы, ссылки на специализированные базы данных • MapViewer – подобно LocusLink

  21. Human Два основных браузера: • Ensembl (http://www.ensembl.org) – EBI & Sanger Institute, использует свои IDs, 35 эукариотических видов • Human Genome Browser (http://genome.ucsc.edu/) – UCSC, USA использует GenBank IDs, 41 эукариотический вид

  22. Ensembl Ensembl Tutorials and Worked Examples: http://www.ensembl.org/info/helpdesk/tutorials/index.html

  23. Human Genome Browser RefSeq ID Chr Band Gene name Coords

  24. DUT gene (dUTPAse)

  25. Анализ RefSeq трека

  26. Provided tracks (types)

  27. Custom Track Возможность визуализировать свою собственную аннотацию: места локализации каких-либо своих свойств Upload – в BED, GFF, GTF, WIG или PSLформате: Напр., chr1 15003 19498 name1 1 + chr1 58954 59871 name2 1 + chr1 321669 332669 name3 1 -

  28. Как это выглядит?

  29. BLAT BLAT = BLAST с параметрами, оптимизированными на поиск локализации последовательно-стей в родном геноме

  30. Table Browser

More Related