1 / 10

BLAST:

BLAST:. Basic Local A lignment S earch T ool. BLAST – алгоритм для нахождения участков локального сходства между последовательностями.

erelah
Download Presentation

BLAST:

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. BLAST: Basic Local Alignment Search Tool

  2. BLAST – алгоритм для нахождения участков локального сходства между последовательностями. Алгоритм сравнивает входную последовательность с последовательностями в базе данных, ищет сходные последовательности в базе данных и оценивает статистическую значимость находок.

  3. Protein BLAST: поиск аминокислотной последовательности в базе данных белков • Алгоритмы • blastp • psi-blast • phi-blast Здесь описан интерфейс, установленный на «родине» BLAST: National Center for Biotechnology Information(NCBI) в США, http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

  4. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ → protein blast вводим последовательность база данных организм (если надо ограничить) дополнительные параметры

  5. максимальный размер выдачи Параметры сервиса порог на E-value параметры выравнивания борьба с «участками малой сложности»

  6. Участок малой сложности Ищем: белок P02929 если отключить “Compositional adjustments” и фильтр, то одной из находок (18-ой от начала) будет следующее: в исходном белке имеется участок, содержащий очень много пролина и глутаминовой кислоты Данное выравнивание не свидетельствует о гомологии, несмотря на хорошее значение E-value (10-9)

  7. Переход к текстовому виду Чтобы увидеть выдачу самой программы (а не его обработку интерфейсом), можно поступить так: выбираем formatting options подтверждаем выбор

  8. Что выдает BLAST? • Набор последовательностей, сходных с входной последовательностью • для каждой находки приведены • E-value (“Expect”), BitScore и Score • процент идентичности, сходства (Positives)и пробелов (Gaps)в выравнивании • информация о найденной последовательности

  9. Выравнивание, выданное BLAST Длина найденного белка Вес Length=129 Score = 78.6 bits (192), Expect = 9e-15, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 34/73 (47%), Positives = 50/73 (68%), Gaps = 0/73 (0%) Query 17 YRLEEVQKHNNSQSTWIIVHHRIYDITKFLDEHPGGEEVLREQAGGDATENFEDVGHSTD 76 Y EEV +H W+I++ ++Y+I+ ++DEHPGGEEV+ + AG DATE F+D+GHS + Sbjct 11 YTHEEVAQHTTHDDLWVILNGKVYNISNYIDEHPGGEEVILDCAGTDATEAFDDIGHSDE 70 Query 77 ARALSETFIIGEL 89 A + E IG L Sbjct 71 AHEILEKLYIGNL 83 Вес в битах E-value Длина выравнивания Число совпадений

  10. E-value – ожидаемое количество случайных находок с таким же и лучшим Score (в той же базе данных, с теми же параметрами): E-value=Kmn·e-λS S – Score (вес)m– длина исходной последовательности n – размер базы данных (суммарная длина всех последовательностей) Kи λ - параметры B= Bit score (вес в битах) E-value= Выражение E-value через биты Чем меньшеE-value, тем больше значимость находки.

More Related