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原核生物基因的預測

原核生物基因的預測. DNA 片段全長 2412 bp 先以 DNA-star 軟體的 MapDraw 預測其可能的 ORF 以 BLASTX 預測可能的基因 ……. 這樣可知 6 個 frame 所有以 ATG 起始的 ORF. 此 DNA 序列含有兩個與資料庫中高度相似的蛋白質 但最後方的序列應該為一不完整的基因. 此 DNA 片段中應含有 beta-1,3-glucanase 基因. 回到 MapDraw 軟體端詳 +2 的 frame. 從 BLASTX 的結果來看基因起始位置要比第 341 核苷酸還前面. 所轉譯的蛋白質序列的 N 端可能還有其它訊息存在.

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原核生物基因的預測

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Presentation Transcript

  1. 原核生物基因的預測 • DNA片段全長2412 bp • 先以DNA-star軟體的MapDraw預測其可能的ORF • 以BLASTX預測可能的基因……..

  2. 這樣可知6個frame所有以ATG起始的ORF

  3. 此DNA序列含有兩個與資料庫中高度相似的蛋白質此DNA序列含有兩個與資料庫中高度相似的蛋白質 但最後方的序列應該為一不完整的基因

  4. 此DNA片段中應含有beta-1,3-glucanase基因

  5. 回到MapDraw軟體端詳+2的frame 從BLASTX的結果來看基因起始位置要比第341核苷酸還前面

  6. 所轉譯的蛋白質序列的N端可能還有其它訊息存在所轉譯的蛋白質序列的N端可能還有其它訊息存在

  7. MapDraw軟體所預測的+2 frame ORF 僅這個最有可能性

  8. 用DNA-star的edit sequence轉譯出蛋白質， 此蛋白質序列再用BLASTp比對

  9. 可能是signal peptide的位置

  10. 與許多細菌beta-1,3-glucanase相似度非常高

  11. SignalP 3.0 Server - prediction results 此基因的N端應是具有signal pepetide

  12. ORF finder所預測的基因位置也是176-1054

  13. GeneMark軟體所預測ORF也是從176-1054

  14. SOFTBERRY軟體預測最可能 ORF也是從176-1054

  15. ACGGGCGCGAGGACAGGGACCCCCACATGCCGCACGA • 所預測基因起始位置第176核苷酸 ATG的上游-8的位置具有GA rich區域，這可能是RBS (ribosome binding site) • 根據以上資訊 • MapDraw ORF prediction、BLASTX、BLASTp、NCBI ORF finder, GeneMark, Softberry FgeneSB, Signal pepetide server prediction • 所以判讀此基因起始於176終止於1054，共含有879 bp，可轉譯出292 amino acid

  16. DNA片段全長3058 bp • 先以BLASTX比對

  17. 含有一beta-1,3-glucanase基因

  18. 基因在+2 frame

  19. MapDraw顯示的 +2 frame 可能的ORF有很多 最大的ORF為686-2122u有1437bp

  20. 一定是從686開始嗎？

  21. Softberry FGENESB預測結果 ORF：686-2122

  22. GENEMARK所預測起點有多個

  23. CTCCCGAGAGGCCACCCATGAGTGATTCCTCCGGCACCCCCAGACCCCGTTCCCACTCCCGCCCCCGCTCCCGCTCCGTGCGCCGCGCCCTCATGGCGGCCGTCGCGACGTTCGGCCTCGCCGCGGCCGTCGCCACCGCGGCCACCGGCCCCGCGGACGCCTCCGCCCCGGCGCCGCCCTCCGGCTGGTCGCAGGTGTTCCTCGACGACTTCGACGGCGCGGCCGGAAGCAGCGTCAACACCGCCAACTGGCAGTTCGACACCGGCACTTCGTACCCCGGCGGGGCAGGCAACTGGGGCACTGGCGAGGTCGAGTCGATGACGTCGAGCACCTCCCGAGAGGCCACCCATGAGTGATTCCTCCGGCACCCCCAGACCCCGTTCCCACTCCCGCCCCCGCTCCCGCTCCGTGCGCCGCGCCCTCATGGCGGCCGTCGCGACGTTCGGCCTCGCCGCGGCCGTCGCCACCGCGGCCACCGGCCCCGCGGACGCCTCCGCCCCGGCGCCGCCCTCCGGCTGGTCGCAGGTGTTCCTCGACGACTTCGACGGCGCGGCCGGAAGCAGCGTCAACACCGCCAACTGGCAGTTCGACACCGGCACTTCGTACCCCGGCGGGGCAGGCAACTGGGGCACTGGCGAGGTCGAGTCGATGACGTCGAGCAC 從DNA序列上找類似RBS序列，686與986都可找到， 要判讀需有進一步佐證 預測其signal peptide 以686起始可以預測到， 但以986起始則預測不到

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