质谱测试分析

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蛋白质质谱鉴定流程 酶解酶解片断样品 PMF 肽指纹图谱一级质谱序列数据库对库检索 PSMs及后筛选串联质谱成功鉴定未知蛋白 De-novo 序列分析上海博苑生物科技有限公司 http://www.boyuanbio.com

肽指纹图谱（PMF）鉴定 • PMF（Peptide Mass Fingerprinting）是根据一级质谱（MS）所测酶解片段的精确分子质量鉴定蛋白质的一种方法 • 一般采用MALDI-TOF进行鉴定。因为MALDI质谱图中的离子一般只带一个电荷，比较容易计算 • 其原理就是利用了蛋白序列数据库中的多肽质量的信息与实际测得的质量信息进行对比而实现鉴定上海博苑生物科技有限公司 http://www.boyuanbio.com

优点与缺点 优点： • 是用一级质谱鉴定蛋白质的经典方法，算法简单，速度快缺点： • 质量相近的多肽增加匹配难度 • 无法实现混合蛋白的鉴定上海博苑生物科技有限公司 http://www.boyuanbio.com

二级质谱鉴定 • 质谱仪选择一级质谱中的一个峰，让这些峰所代表的离子高速撞击质谱仪中的惰性气体，使其肽键断裂，并对库搜索鉴定蛋白质 • 常用MALDI-TOF／TOF仪器进行上海博苑生物科技有限公司 http://www.boyuanbio.com

优点与缺点 优点： • 鉴定准确度更高，可以得到蛋白的序列 • 可以实现多个蛋白的鉴定缺点： • 增加了一步操作 • 算法更复杂，而且需要更多的操作经验上海博苑生物科技有限公司 http://www.boyuanbio.com

串联质谱结果 ——质谱图一级质谱图二级质谱图从一级质谱图里选出部分峰做二级质谱上海博苑生物科技有限公司 http://www.boyuanbio.com

串联质谱结果 ——报告单蛋白点编号理论分子量蛋白名称蛋白GI号蛋白得分理论等电点串联质谱离子得分可信度串联质谱匹配的序列上海博苑生物科技有限公司 http://www.boyuanbio.com

蛋白的选择 • 一般以protein score C.I.%大于95或者单个肽段的Total Ion C.I.%大于95作为蛋白成功的标准 • 对于一个样品点鉴定得到多个成功鉴定的结果，以蛋白得分（ protein score ）最高的最为可信 • 一般而言，多个成功鉴定的不同蛋白之间相似性也是非常高的，可以通过这个特点来判定结果的可靠性上海博苑生物科技有限公司 http://www.boyuanbio.com

蛋白信息查询 • 首先根据蛋白名称可以了解该蛋白的大致功能 • 使用该蛋白的GI号码可以到NCBI数据库进一步查询该蛋白的信息 • 对于未知蛋白，可以采用BLAST或者其它功能预测软件预测该蛋白的功能上海博苑生物科技有限公司 http://www.boyuanbio.com

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