1 / 72

Istra živanja genoma čoveka

Istra živanja genoma čoveka. I. Novaković. Nasledna osnova čoveka. Podeljena je u 23 para hromozoma + DNK u mitohondrijama. 99.9995%. 0.0005%. Organi zacija humanog genoma. Jedinstvene ili srednje repetitivne sekvence. Genetički-DNK polimorfizam. Humani genom:

gilles
Download Presentation

Istra živanja genoma čoveka

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Istraživanja genoma čoveka I. Novaković

  2. Nasledna osnova čoveka • Podeljena je u 23 para hromozoma • + DNK u mitohondrijama 99.9995% 0.0005%

  3. Organizacija humanog genoma Jedinstvene ili srednje repetitivne sekvence

  4. Genetički-DNK polimorfizam • Humani genom: 3x109 parovasvaki 1000. nukleotid nukleotidaje polimorfan • Razlike u nukleotidnom sastavu tj. gradji DNK koje se sreću u populaciji zdravih ljudi • falela > 1%, hetrozigoti > 2% • Genetički markeri, DNK profil, predispozicija za bolest... 3x109 bp

  5. AAGGT C ili TGTTC (CA)5 = ALEL 1 (CA)10 = ALEL 2 (CA)25 = ALEL 5 (CA)15 = ALEL 3 (CA)20 = ALEL 4 Tipovi DNK polimorfizma • Polimorfizam pojedinačnih nukleotida (SNP) • Različiti broj uzastopnih ponovaka(VNTR, CNV) • Deleciono/insercione varijante

  6. Izvori DNK za analizu • Biološki materijal u kome su ćelije sa jedrom: • krv • horionske resice, • amnionska tečnost, • krv iz pupčanika • bris bukalne sluzokože • trag telesne tečnosti • koren dlake • ...

  7. PCR – lančana reakcija polimerizacijemolekula DNK PCR ( umnožavanje odredjenog segmenta DNK pomoću enzima Taq polimeraze

  8. Real-time PCR

  9. Sekvenciranje DNK

  10. “Genski čip”- test hibridizacije na mikroploči

  11. “Genski čip”- test hibridizacije na mikroploči

  12. Genetička osnova bolesti • Hromozomske aberacije • Monogenske bolesti • AD, AR • X vezano • preko mtDNK • Poligenske bolesti

  13. Rodoslovna stabla

  14. Mutacije gena • Delecije = gubitak dela ili celog gena • Duplikacije/insercije = “višak” dela gena • Supstitucije (point mutacije) = zamena jednog para bazadrugim parom • Povećanje broja ponovaka u genu Rezultat: Protein za koji je gen zadužen je IZMENJEN ili ODSUTAN

  15. Segregaciona analiza • Na koji način se svojstvo-bolest prenosi u porodici? • Da li način prenošenja odgovara nekom od Mendelskih načina nasleđivanja: • AR, AD • XR, XD • Y

  16. Mapiranje gena = određivanje mesta tj. pozicije u genomu

  17. METODE MAPIRANJA GENA funkcionalno poziciono 1,2 2,3 protein 1,3 1,4 3,4 2,4 RNK 1,4 DNK Linkage analiza Lod skor > 3

  18. Linkageanaliza –analiza vezanosti • Zajedničko nasleđivanje dve (ili više) osobina • Osobina + osobina • Osobina + bolest • Bolest + bolest Odgovorni geni se nalaze na istom hromozomu

  19. Analiza vezanosti = Analiza polimorfnih DNK markera u genomu

  20. Lod skor • Lod > 3 verovatnoća vezanosti lokusa = 103 : 1 = 1.000 : 1 ( • Lod < -2 verovatnoća vezanosti lokusa = 10-2 : 1 = 0,01 : 1

  21. Fahrov sindromIdiopatska kalcifikacija bazalnih ganglija

  22. Am. J. Hum. Genet. 65:764–772, 1999 Identification of a Locus on Chromosome 14q for Idiopathic Basal GangliaCalcification (Fahr Disease) Daniel H. Geschwind,1,2 Maxim Loginov,1,2 John M. Stern2 1Neurogenetics Program and 2Department of Neurology, UCLA School of Medicine, Los Angeles

  23. starost početak glavni simptomi III-15a 73 60 Parkinsonizam, distonija III-18 76 70 Parkinsonizam III-26 70 58 disfagija, Parkinsonizam IV-7 50 23 psihoza, Parkinsonizam IV-25 52 37 fokalna distonija, tremor, napadi panike IV-27 58 * grčevi, jerking IV-32 43 36 ataksija, tremor IV-45 46 37 fokalna distonija, disfagija IV-49 41 40 Parkinsonizam IV-51 40 18 tremor pri pisanju, fokalna distonija, horea V-4 38 * fokalna distonija, grčevi V-74b 29 12 fokalna distonija, tremor V-75b 28 13 Tremor, disfagija V-83 10 6 disfagija, fokalna distonija V-84 9 5 Tremor, distonija *početak ne (10–20 years, by history). a Pozitivan CT, poznata klinička slika, ali nije ispitivan (deceased). b Verovatno aficiran (negativan CT, <30 god.)

  24. Mapiranje gena = određivanje mesta tj. pozicije u genomu

  25. Mapiranje gena = određivanje mesta tj. pozicije u genomu 14q13-21

  26. Gen kandidat…. Genomics 84 (2004) 577–586 Cloning, genomic structure, and expression profiles of TULIP1 (GARNL1), a brain-expressed candidate gene for 14q13-linked neurological phenotypes, and its murine homologue Thomas Schwarzbraun,a John B. Vincent,b Axel Schumacher,b Daniel H. Geschwind,cJoao Oliveira,c Christian Windpassinger,a Lisa Ofner,a Michael K. Ledinegg,aPeter M. Kroisel,a Klaus Wagner,a and Erwin Peteka,* a Institute of Medical Biology and Human Genetics, Medical University of Graz, Harrachgasse 21/8, A-8010 Graz, Austria bNeurogenetics Section, Centre for Addiction and Mental Health, Clarke Division, 250 College Street, Toronto, ON M5T 1R8, Canada c Department of Neurology and Neurogenetics Program, David Geffen School of Medicine, University of California at Los Angeles, Los Angeles, CA 90095, USA

  27. Ali... American Journal of Medical Genetics Part B (Neuropsychiatric Genetics) 147B:1319–1322 (2008) Brief Research Communication Exclusion of Linkage to Chromosome 14q in aLarge South Tyrolean Family With IdiopathicBasal Ganglia Calcification (IBGC) Claudia Be´u Volpato,1* Alessandro De Grandi,1 Ebba Buffone,2 Irene Pichler,1 Uwe Gebert,3 Gunther Schifferle,4 Rudolf Scho¨nhuber,2 and Peter P. Pramstaller1,2,5 1Institute of Genetic Medicine, European Academy, Bolzano, Italy 2Department of Neurology, Central Hospital, Bolzano, Italy 3Department of Radiology, Marienklinik, Bolzano, Italy 4Department of Radiology, Central Hospital, Bolzano, Italy 5Department of Neurology, University of Lubeck, Lubeck, Germany

  28. J Mol Neurosci (2009) 39:346–353 2q37 as a Susceptibility Locus for Idiopathic Basal Ganglia Calcification (IBGC) in a Large South Tyrolean Family Claudia Béu Volpato, Alessandro De Grandi, Ebba Buffone, Maurizio Facheris, Uwe Gebert, Günther Schifferle, Rudolf Schönhuber, Andrew Hicks & Peter P. Pramstaller

  29. Mapiranje gena za ICBG

  30. Analiza vezanosti u porodici iz Srbije

  31. Kostić Vladimir, M. Lukić-Ječmenica, I. Novaković, V. Dobričić, L. Brajković, M. Krajinović, C. Klein, A. Pavlović: Exclusion of linkage to chromosomes 14q, 2q37 and 8p21.1-q11.23 in a Serbian family with idiopathic basal ganglia calcification. J Neurol. 2011;258(9):1637-42.

  32. Wang C, Li Y, Shi L, Ren J, Patti M, Wang T, de Oliveira JR, Sobrido MJ, Quintáns B, Baquero M, Cui X, Zhang XY, Wang L, Xu H, Wang J, Yao J, Dai X, Liu J, Zhang L, Ma H, Gao Y, Ma X, Feng S, Liu M, Wang QK, Forster IC, Zhang X, Liu JY "Mutations in SLC20A2 link familial idiopathic basal ganglia calcification with phosphate homeostasis". Nat Genet44 (February 2012). 8p12-p11 Sodium-dependent phosphate transporter 2 PIT-2, inorganic phosphate transporter

  33. Mutations in SLC20A2 are a Major Cause of Familial Idiopathic Basal Ganglia Calcification Neurogenetics, November 2012

  34. F1 Family c.508delT F5 Family c.583_584delGT

  35. ICBG porodica iz Srbije • Nema mutacije u SLC20A2 genu! • GENETIČKA HETEROGENOST!

  36. NATURE METHODS, VOL.5 NO.1, JANUARY 2008 Next-generation sequencing transforms today’sbiology Stephan C Schuster

  37. Poligenske bolesti fenotip Genetička osnova (više parova gena) Faktori sredine

  38. Studije asocijacije Udruženost genskih polimorfizama sa nekom od poligenskih bolesti. Sklonost tj. podložnost!

More Related