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Projet Informatique

Projet Informatique. Dess Bioinformatique Sabine Carnet et Pierre Marguerite. Le projet. Une application composée de quatre services: Consultation d’une enzyme Liste des enzymes apparaissant dans un chemin de réactions Liste des motifs contenant une enzyme

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Presentation Transcript

  1. Projet Informatique Dess Bioinformatique Sabine Carnet et Pierre Marguerite

  2. Le projet • Une application composée de quatre services: • Consultation d’une enzyme • Liste des enzymes apparaissant dans un chemin de réactions • Liste des motifs contenant une enzyme • Recherche d’un motif dans une séquence protéique Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  3. Plan • Analyse • Cas d’utilisation • Concepts métiers • Conception • Outils d’administration • Outil de visualisation • Architecture • Démonstration • Conclusion Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  4. Analyse du projet Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  5. AnalyseCas d’utilisation Consultation fonction enzymatique Liste des enzymes Visualiser les motifs Prosite Recherche de motifs dans une séquence Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  6. AnalyseConcept métiers 1..* 1..* 0..* 1..* Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  7. Conception Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  8. Conception • Décomposition en deux parties: • Administration - Traitement et stockage des données • Utilisation - Visualisation des données Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  9. Base de données ConceptionAdministration Fichier XML Fichier enzyme Analyseur Fichier XML et Remplissage BDD Analyseur de la base Ligand Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  10. Analyseur base Ligand <ENZYME> <ENTRY>EC 1.1.1.5</ENTRY> <NAME>acetoin dehydrogenase</NAME> <CLASS>Oxidoreductases</CLASS> <CLASS>Acting on the CH-OH group of donors</CLASS> <CLASS>With NAD+ or NADP+ as acceptor</CLASS> <SUB>acetoin</SUB> <SUB>NAD</SUB> <PRO>diacetyl</PRO> <PRO>NADH</PRO> <COM>NADP also acts as acceptor.</COM> <PATH IDP="MAP00650">Butanoate metabolism</PATH> <MOTIF IDM="PS00061">[LIVSPADNK]-x(12)-Y-[PSTAGNCV]-[STAGNQCIVM]-[STAGC]-K -{PC}-[SAGFYR]-[LIVMSTAGD]-x(2)-[LIVMFYW]-x(3)-[LIVMFYWGAPTHQ]-[GSACQRHM]</MOTIF> <PDB>1GEG</PDB> </ENZYME> ENTRY EC 1.1.1.5 NAME acetoin dehydrogenase diacetyl reductase CLASS Oxidoreductases Acting on the CH-OH group of donors With NAD+ or NADP+ as acceptor SYSNAME acetoin:NAD oxidoreductase REACTION acetoin + NAD = diacetyl + NADH2 SUBSTRATE acetoin NAD PRODUCT diacetyl NADH COMMENT NADP also acts as acceptor. REFERENCE 1 [UI:74290075] Diez, V., Burgos, J. and Martin, R. Pigeon liver diacetyl reductase: purification and some properties. Biochim. Biophys. Acta 350 (1974) 253-262. 2 Strecker, H.J. and Harary, I. Bacterial butylene glycol dehydrogenase and diacetyl reductase. J. Biol. Chem. 211 (1954) 263-270. PATHWAY PATH: MAP00650 Butanoate metabolism ORTHOLOG KO: K03366 acetoin dehydrogenase GENES RNO: 171408(glb) SMU: SMU.1322(budC) MOTIF PS: PS00061 [LIVSPADNK]-x(12)-Y-[PSTAGNCV]-[STAGNQCIVM]-[STAGC]-K- {PC}-[SAGFYR]-[LIVMSTAGD]-x(2)-[LIVMFYW]-x(3)- [LIVMFYWGAPTHQ]-[GSACQRHM] STRUCTURES PDB: 1GEG DBLINKS IUBMB Enzyme Nomenclature: 1.1.1.5 ExPASy - ENZYME nomenclature database: 1.1.1.5 WIT (What Is There) Metabolic Reconstruction: 1.1.1.5 BRENDA, the Enzyme Database: 1.1.1.5 CAS: 9028-49-3 /// Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  11. Conception: administrationAnalyseur XML Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  12. Conception: AdministrationBase de données Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  13. Conception: Utilisation Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  14. Les différents outils :Base Ligand KEGG :Base De données :Analyseur Base :Fichier XML :Analyseur XML :Interface lit crée lit remplit consulte Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  15. Architecture Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  16. Architecture technique • Perl: pour l’analyseur de la base ligand • JAVA SAX: pour l’analyseur XML • PostgreSQL: pour le remplissage et la consultation de la base de données • JAVA Server Page (JSP): pour une interface WEB • PS SCAN (Prosite): recherche de motifs dans une séquence protéique Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  17. Démonstration Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  18. Conclusion • Application • Problèmes rencontrés • Améliorations possibles • Apport du projet • Travail d’équipe • Réalisation complète d’un projet Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

  19. ??? Pierre MARGUERITE et Sabine CARNET

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